More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2370 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2370  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  444  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0785  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0635827  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  38.07 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  36.94 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10613  two component system DNA binding transcriptional regulatory protein tcrA  38.5 
 
 		 253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499525  normal  0.750249 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 243 aa  138  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18360  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.89 
 
 		 239 aa  139  4.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 226 aa  138  8.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04920  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.89 
 
 		 222 aa  136  2e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0898  DNA-binding response regulator  35 
 
 		 234 aa  136  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.57 
 
 		 239 aa  135  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0253056  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02230  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  35.91 
 
 		 229 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  32.89 
 
 		 224 aa  134  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 229 aa  134  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  31.36 
 
 		 219 aa  134  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  31.36 
 
 		 219 aa  134  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.68 
 
 		 236 aa  134  9.999999999999999e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07910  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.51 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.05 
 
 		 240 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.4 
 
 		 273 aa  133  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.19 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.61 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.87 
 
 		 227 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2632  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 229 aa  132  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5055  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 223 aa  132  3e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.51 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.22 
 
 		 231 aa  133  3e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5569  DNA-binding response regulator  34.8 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5385  DNA-binding response regulator  34.8 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.81 
 
 		 236 aa  132  5e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2866  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 231 aa  132  5e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5433  DNA-binding response regulator  34.8 
 
 		 223 aa  132  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.56 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.82 
 
 		 230 aa  132  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 262 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4944  DNA-binding response regulator  34.36 
 
 		 223 aa  131  6.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0109954  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2093  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 233 aa  131  6.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.582679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.16 
 
 		 225 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3856  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 227 aa  131  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3686  response regulator receiver  35.71 
 
 		 233 aa  131  9e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 223 aa  131  9e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.22 
 
 		 225 aa  131  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0311  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 232 aa  131  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.280613 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.23 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.58 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  34.68 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.93 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.57 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  35.27 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  36.05 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  36.74 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  34.84 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3997  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.73 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.65 
 
 		 219 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4959  DNA-binding response regulator  33.92 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000160223  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2549  response regulator receiver  36.32 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.18 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4998  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.709524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  35.16 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  36.48 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0784  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0102  response regulator receiver protein  36.24 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.294663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  34.56 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2062  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0133309  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5353  DNA-binding response regulator  33.92 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.89 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5379  DNA-binding response regulator  33.48 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  32.89 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  33.18 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  32.44 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0316  DNA-binding response regulator  33.77 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.74 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0029  DNA-binding response regulator CzrR  33.94 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000398254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0043  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.94 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.955175  hitchhiker  0.00039578 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.05 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01026  response regulator  35.53 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0046  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.94 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.398344  normal  0.151204 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  33.79 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>