55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1695 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1695  cytochrome B561  100 
 
 		 209 aa  427  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0241  cytochrome B561  86.5 
 
 		 202 aa  346  1e-94  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0540804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0166  cytochrome B561  70.92 
 
 		 213 aa  282  2.0000000000000002e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.304607  normal  0.200906 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3004  cytochrome B561  56.16 
 
 		 215 aa  239  2e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0455486  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0091  cytochrome B561  56.59 
 
 		 222 aa  236  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000871818 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1393  cytochrome B561  58.97 
 
 		 213 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3141  cytochrome B561  49.75 
 
 		 218 aa  219  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105308  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0377  cytochrome b561  50.25 
 
 		 199 aa  199  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2159  cytochrome B561  48.76 
 
 		 201 aa  198  5e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.862051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3634  cytochrome B561  46.94 
 
 		 208 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.430483  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2425  cytochrome B561  47.76 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1198  hydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  47.24 
 
 		 201 aa  186  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2065  cytochrome B561  46.27 
 
 		 201 aa  185  4e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0878  cytochrome B561  50.77 
 
 		 197 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0580408  normal  0.0708671 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2105  cytochrome B561  46.23 
 
 		 201 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.818357  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1964  cytochrome B561  44.28 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156226  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0148  cytochrome b561  44.62 
 
 		 198 aa  160  9e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2186  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.95 
 
 		 254 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2740  cytochrome B561  33.33 
 
 		 214 aa  99  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000653715  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2233  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.95 
 
 		 254 aa  91.3  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0108837  normal  0.187454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2399  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.95 
 
 		 254 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.356417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2286  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  34.95 
 
 		 254 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.08232 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2240  thiosulfate reductase cytochrome B subunit  35.35 
 
 		 254 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.728815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2929  cytochrome B561  33.5 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129644  decreased coverage  1.11241e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0593  hypothetical protein  32.2 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000727349  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0283  cytochrome B561  33.33 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1961  cytochrome B561  32.67 
 
 		 261 aa  81.6  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190116 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1751  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.67 
 
 		 261 aa  81.6  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000335774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01639  predicted cytochrome  32.18 
 
 		 261 aa  81.6  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.467197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1972  cytochrome B561  32.18 
 
 		 261 aa  81.6  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01629  hypothetical protein  32.18 
 
 		 261 aa  81.6  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.5046  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1870  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.67 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26404  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2713  cytochrome B561  31.88 
 
 		 222 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2383  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.67 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00487401  hitchhiker  0.000175861 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1527  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.67 
 
 		 261 aa  78.6  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000201966  hitchhiker  0.0000439849 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1576  cytochrome b561  29.3 
 
 		 221 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1885  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  32.18 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0677  cytochrome B561  31.22 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0690  cytochrome B561  29.33 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000204207 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2741  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  28 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000157602  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4815  cytochrome B561  34.69 
 
 		 280 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2425  formate dehydrogenase gamma subunit  27.93 
 
 		 369 aa  48.9  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157549 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2569  cytochrome B561  32.38 
 
 		 280 aa  48.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08530  Ni,Fe-hydrogenase I cytochrome b subunit  26.92 
 
 		 229 aa  47.8  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.360929 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2730  oxidoreductase, molybdopterin binding protein  29.31 
 
 		 495 aa  47.8  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0908687  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1972  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  26.34 
 
 		 246 aa  44.3  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.184335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4155  hypothetical protein  25.66 
 
 		 242 aa  43.5  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187759  normal  0.879826 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3770  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  25.32 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0490  hypothetical protein  28.71 
 
 		 285 aa  43.9  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.333881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1156  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.93 
 
 		 242 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.190258  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1164  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  23.61 
 
 		 242 aa  42.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.210413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3908  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  23.38 
 
 		 253 aa  42  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0336  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  25.33 
 
 		 244 aa  41.6  0.008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00129504  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2321  Ni/Fe-hydrogenase, b-type cytochrome subunit  22.51 
 
 		 258 aa  41.6  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1367  cytochrome B561  26.11 
 
 		 390 aa  41.6  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>