More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3429 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3429  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 		 238 aa  481  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4077  riboflavin synthase subunit alpha  99.16 
 
 		 238 aa  478  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.578538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5723  riboflavin synthase subunit alpha  77.39 
 
 		 234 aa  363  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01775  normal  0.65514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4731  riboflavin synthase subunit alpha  76.19 
 
 		 235 aa  362  2e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4434  riboflavin synthase subunit alpha  72.69 
 
 		 237 aa  328  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.563917  normal  0.0752647 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2300  riboflavin synthase subunit alpha  61.6 
 
 		 237 aa  291  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.745499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4568  riboflavin synthase subunit alpha  60.76 
 
 		 237 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5522  riboflavin synthase subunit alpha  60.76 
 
 		 237 aa  289  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189133  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3795  riboflavin synthase subunit alpha  60.76 
 
 		 237 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  normal  0.214246 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3729  riboflavin synthase subunit alpha  60.76 
 
 		 237 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal  0.402908 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3686  riboflavin synthase subunit alpha  60.76 
 
 		 237 aa  289  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0704066  normal  0.536312 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3144  riboflavin synthase subunit alpha  58.7 
 
 		 236 aa  286  2e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.212447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2113  riboflavin synthase subunit alpha  63.23 
 
 		 235 aa  268  7e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187169 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003523  lumazine protein  48.22 
 
 		 203 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.942929  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0812  riboflavin synthase subunit alpha  50.25 
 
 		 202 aa  175  5e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1940  riboflavin synthase subunit alpha  49.24 
 
 		 205 aa  175  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1713  riboflavin synthase subunit alpha  47.47 
 
 		 217 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2030  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 204 aa  170  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2674  riboflavin synthase subunit alpha  47.47 
 
 		 211 aa  169  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02237  riboflavin synthase subunit alpha  45.45 
 
 		 203 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1681  riboflavin synthase subunit alpha  46.83 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.665855  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2181  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000128558  normal  0.0219696 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2333  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0365218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1751  riboflavin synthase subunit alpha  44.29 
 
 		 218 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311618  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1857  riboflavin synthase subunit alpha  44.29 
 
 		 218 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462262  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2390  riboflavin synthase subunit alpha  47.47 
 
 		 211 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2036  riboflavin synthase subunit alpha  43.69 
 
 		 203 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357361  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2225  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 207 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00109556  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2024  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 206 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0115302  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2577  riboflavin synthase subunit alpha  44.29 
 
 		 218 aa  166  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1952  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 206 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000576135  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2040  riboflavin synthase subunit alpha  44.95 
 
 		 206 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000661862  normal  0.015006 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2020  riboflavin synthase subunit alpha  43.06 
 
 		 209 aa  164  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.025182  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2145  riboflavin synthase subunit alpha  43.94 
 
 		 207 aa  164  8e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110513  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1784  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999549 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2375  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00364593  normal  0.0367503 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01633  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1978  riboflavin synthase, alpha subunit  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000209039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1860  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000205404  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1742  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000343227  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01623  hypothetical protein  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1522  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.301438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1536  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1559  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.403477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1967  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.756733  hitchhiker  0.00000222488 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1748  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000886899  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1876  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1535  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0455024  hitchhiker  0.00124186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1917  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 		 213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2190  riboflavin synthase subunit alpha  46.23 
 
 		 216 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00893234  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1762  riboflavin synthase subunit alpha  43.65 
 
 		 202 aa  159  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.117708  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2296  riboflavin synthase subunit alpha  41.63 
 
 		 206 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2118  riboflavin synthase subunit alpha  40.78 
 
 		 210 aa  158  6e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00247576  normal  0.0673441 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1865  riboflavin synthase subunit alpha  44.93 
 
 		 218 aa  158  6e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.470997  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2099  riboflavin synthase subunit alpha  45.69 
 
 		 204 aa  158  7e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2495  riboflavin synthase subunit alpha  41.92 
 
 		 204 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634088  hitchhiker  0.00287874 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8148  predicted protein  43.68 
 
 		 188 aa  155  7e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.564807  normal  0.0620362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1243  riboflavin synthase, alpha subunit  43 
 
 		 210 aa  154  9e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2267  riboflavin synthase subunit alpha  43.15 
 
 		 205 aa  153  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00496217  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1703  riboflavin synthase subunit alpha  39.9 
 
 		 204 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.043412  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2115  riboflavin synthase subunit alpha  39.61 
 
 		 205 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.757101  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0087  riboflavin synthase subunit alpha  40 
 
 		 207 aa  152  5e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0316788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2867  riboflavin synthase subunit alpha  38.65 
 
 		 209 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.999273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2916  riboflavin synthase subunit alpha  38.65 
 
 		 209 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2775  riboflavin synthase subunit alpha  38.65 
 
 		 209 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1383  riboflavin synthase subunit alpha  43 
 
 		 203 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.850296  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2389  riboflavin synthase subunit alpha  40.21 
 
 		 203 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.160272  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2436  riboflavin synthase subunit alpha  40.21 
 
 		 203 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.399629 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2430  riboflavin synthase subunit alpha  40.21 
 
 		 203 aa  134  8e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10000  riboflavin synthase, alpha subunit  40.59 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  37.43 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11441  riboflavin synthase subunit alpha  38.81 
 
 		 201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.370285 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0061  riboflavin synthase subunit alpha  36.16 
 
 		 218 aa  128  8.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.201459  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01560  riboflavin synthase, alpha subunit  40.93 
 
 		 204 aa  128  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.913253 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  41.71 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3721  riboflavin synthase subunit alpha  37.14 
 
 		 203 aa  126  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0647678 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  39.36 
 
 		 218 aa  126  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2693  riboflavin synthase subunit alpha  38.5 
 
 		 205 aa  126  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0021  riboflavin synthase, alpha subunit  35.29 
 
 		 207 aa  125  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  37.43 
 
 		 217 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  41.05 
 
 		 217 aa  125  9e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  36.23 
 
 		 217 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  41.27 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1723  riboflavin synthase subunit alpha  37.44 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.516188  hitchhiker  0.00196087 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  35.83 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1624  riboflavin synthase subunit alpha  36.56 
 
 		 219 aa  122  4e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.137296  normal  0.0697591 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  39.5 
 
 		 213 aa  122  4e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10860  riboflavin synthase, alpha subunit  39.9 
 
 		 218 aa  122  5e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0695867  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  38.22 
 
 		 203 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1884  riboflavin synthase, alpha subunit  39.57 
 
 		 227 aa  122  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.219798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  40.11 
 
 		 208 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1379  riboflavin synthase subunit alpha  41.27 
 
 		 220 aa  122  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0417  riboflavin synthase subunit alpha  40 
 
 		 198 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.821706 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  39.79 
 
 		 200 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1220  riboflavin synthase subunit alpha  38.14 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1250  riboflavin synthase subunit alpha  38.14 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00577515 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2120  riboflavin synthase subunit alpha  38.66 
 
 		 204 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2979  riboflavin synthase, alpha subunit  40.53 
 
 		 209 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.209687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2417  riboflavin synthase subunit alpha  40.21 
 
 		 198 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.22207 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1675  riboflavin synthase subunit alpha  39.27 
 
 		 222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.420891  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>