More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3894 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3894  cytochrome c553-like protein  100 
 
 		 271 aa  555  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.299257 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0129  cytochrome c-type protein  38.98 
 
 		 213 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19667  normal  0.20244 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1477  cytochrome c class I  39.44 
 
 		 226 aa  135  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.911342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32530  putative cytochrome c  40.31 
 
 		 217 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.274349 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2756  putative cytochrome c  40.31 
 
 		 217 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170388  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3192  cytochrome c class I  38.22 
 
 		 216 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0409  cytochrome c, class I  39.89 
 
 		 267 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2377  cytochrome c, class I  41.24 
 
 		 224 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000176036  hitchhiker  0.0000215746 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0552  cytochrome c, class I  37.23 
 
 		 209 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3147  cytochrome c, class I  37.21 
 
 		 219 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0194  cytochrome c, class I  35.12 
 
 		 220 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3538  cytochrome c class I  39.04 
 
 		 216 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.250632  normal  0.0110108 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1764  cytochrome c, class I  34.71 
 
 		 382 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000218169  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1947  cytochrome c, class I  38.5 
 
 		 216 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.457627  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3284  cytochrome c, class I  36.63 
 
 		 219 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3823  cytochrome c-type protein  38.5 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0082  cytochrome c class I  37.28 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000520703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4653  putative cytochrome c  36.56 
 
 		 243 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0057  cytochrome c class I  38.27 
 
 		 206 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53791  hitchhiker  0.00143417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4237  cytochrome c class I  36.7 
 
 		 262 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00192123  normal  0.323742 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00575  cytochrome c553  38.62 
 
 		 205 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0432  cytochrome c  40 
 
 		 205 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.660944  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0187  cytochrome c oxidase  39.77 
 
 		 208 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0207051  normal  0.526918 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001915  cytochrome c4  39.15 
 
 		 205 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.352914  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0157  cytochrome c, class I  41.53 
 
 		 201 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3388  cytochrome c553-like protein  36.87 
 
 		 283 aa  119  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485669  normal  0.152505 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0089  cytochrome c class I  37.36 
 
 		 205 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0351  putative periplasmic cytochrome c protein  38.07 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2985  cytochrome c553-like protein  33.85 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4605  cytochrome c, class I  40 
 
 		 228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0013993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3716  cytochrome c, class I  37.76 
 
 		 206 aa  116  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000156417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0664  cytochrome c, class I  37.43 
 
 		 225 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074134 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0629  cytochrome c, class I  35.93 
 
 		 236 aa  115  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0308  cytochrome c class I  36.51 
 
 		 217 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.618372  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0754  putative cytochrome c  34.95 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.161807  normal  0.0258714 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0299  cytochrome c, class I  36.51 
 
 		 217 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.194352  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02000  Cytochrome c4  36.72 
 
 		 210 aa  115  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1422  cytochrome c class I  37.65 
 
 		 222 aa  115  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2697  cytochrome c, class I  35.93 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2095  putative cytochrome c  33.33 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.709755 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2668  cytochrome c, class I  35.93 
 
 		 254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3479  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2593  cytochrome c, class I  35.93 
 
 		 229 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.412189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2721  cytochrome c, class I  35.93 
 
 		 229 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2807  cytochrome c class I  36.21 
 
 		 217 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2057  cytochrome c, class I  35.93 
 
 		 254 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380399  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0787  cytochrome c family protein  35.64 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887671  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0094  cytochrome c, class I  36.6 
 
 		 206 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00310871  decreased coverage  0.00000781089 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0380  cytochrome c, class I  37.57 
 
 		 217 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0359  cytochrome c class I  37.57 
 
 		 217 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2727  cytochrome c, class I  37.57 
 
 		 217 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0085  cytochrome c553-like protein  37.28 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4074  putative periplasmic cytochrome c protein  35.67 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84128 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0250  cytochrome c4, putative  32.93 
 
 		 253 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2599  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 215 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3138  cytochrome c, class I  39.88 
 
 		 205 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1956  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 265 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0916  cytochrome c  32.93 
 
 		 253 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.422985  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2381  putative cytochrome c4  32.93 
 
 		 249 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2462  putative cytochrome c4  32.93 
 
 		 249 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0091  cytochrome c, class I  37.76 
 
 		 206 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000145105  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0737  putative cytochrome  32.93 
 
 		 253 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3137  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 265 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3908  cytochrome c, class I  37.76 
 
 		 207 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6289  cytochrome c4 precursor  37.5 
 
 		 196 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484546  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0100  cytochrome c class I  35.03 
 
 		 206 aa  112  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0624  cytochrome c, class I  36.93 
 
 		 211 aa  112  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2696  putative cytochrome c4  32.93 
 
 		 234 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0750  putative cytochrome  32.93 
 
 		 249 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72460  cytochrome c4 precursor  37.5 
 
 		 201 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5996  cytochrome c, class I  34.73 
 
 		 236 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.203421 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4666  cytochrome c  37.24 
 
 		 207 aa  112  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1185  cytochrome c, class I  34.47 
 
 		 215 aa  112  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3772  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 206 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0383758  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3714  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 206 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3510  cytochrome c family protein  38.46 
 
 		 206 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3745  cytochrome C  38.46 
 
 		 545 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3448  putative cytochrome c  33.92 
 
 		 257 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0346  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 217 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0101877 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0051  cytochrome c class I  36.73 
 
 		 207 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00284279  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4347  cytochrome c class I  36.73 
 
 		 207 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000402028  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4292  cytochrome c class I  36.73 
 
 		 207 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000136847  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0626  putative periplasmic cytochrome c protein  35.09 
 
 		 237 aa  112  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0822145  normal  0.288207 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3036  cytochrome c family protein  38.51 
 
 		 265 aa  112  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4487  cytochrome c class I  36.73 
 
 		 207 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000352733  normal  0.0165724 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0123  hypothetical protein  38.76 
 
 		 200 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2406  cytochrome c4  34.27 
 
 		 223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0523  cytochrome c family protein  37.79 
 
 		 199 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1242  putative cytochrome c  35.71 
 
 		 245 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.291072  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3999  cytochrome c, class I  36.73 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.898029  normal  0.022349 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0394  cytochrome c class I  38.37 
 
 		 209 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0159  cytochrome c, class I  31.98 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0281  cytochrome c class I  36.6 
 
 		 217 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.174718  normal  0.337626 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4111  cytochrome c, class I  36.73 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.590499 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0210  cytochrome c, class I  35.91 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.478667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3907  cytochrome c, class I  36.73 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0045605  normal  0.272938 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0138  hypothetical protein  38.2 
 
 		 200 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1283  putative cytochrome c  32.75 
 
 		 261 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.558146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0519  cytochrome c family protein  35.59 
 
 		 208 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2865  cytochrome c, class I  37.22 
 
 		 207 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.240799  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>