More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1139 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0613  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  80.04 
 
 		 473 aa  752    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0473  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  80.55 
 
 		 473 aa  756    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1825  microcin-processing peptidase 2  80.55 
 
 		 473 aa  756    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1139  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 473 aa  944    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3156  microcin-processing peptidase 2  81.22 
 
 		 474 aa  757    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.702304 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2337  microcin-processing peptidase 2  79.03 
 
 		 473 aa  744    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.652541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4322  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  73.57 
 
 		 479 aa  689    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0666  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  66.02 
 
 		 477 aa  621  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.231569  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0465  tldD protein, putative  64.02 
 
 		 470 aa  605  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.902755  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0579  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  64.02 
 
 		 470 aa  607  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0470  putative tldD protein  64.02 
 
 		 470 aa  605  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1036  TldD  64.5 
 
 		 471 aa  598  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0640  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.85 
 
 		 471 aa  595  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.481365 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0221  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  63.62 
 
 		 475 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0599  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.63 
 
 		 471 aa  594  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2043  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  64.52 
 
 		 486 aa  589  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0739  microcin-processing peptidase 2  61.1 
 
 		 471 aa  588  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0253  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  62.31 
 
 		 475 aa  585  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0825  putative peptidase TldD  62.61 
 
 		 475 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.454077 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4785  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  62.83 
 
 		 474 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.472355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0893  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.83 
 
 		 475 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4510  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  64.78 
 
 		 476 aa  580  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.526016  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4592  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  62.83 
 
 		 475 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.647978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1921  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  61.29 
 
 		 476 aa  571  1.0000000000000001e-162  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0505  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.56 
 
 		 471 aa  574  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.279079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0812  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  61.3 
 
 		 475 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.756344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0403  TldD/PmbA family protein  61.5 
 
 		 472 aa  568  1e-160  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1223  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  62.91 
 
 		 483 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0567  microcin-processing peptidase 2  60.3 
 
 		 480 aa  558  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0413  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.86 
 
 		 479 aa  556  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2236  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  63.48 
 
 		 471 aa  555  1e-157  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0328346 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2319  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  59.87 
 
 		 480 aa  552  1e-156  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.502377 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1220  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.89 
 
 		 481 aa  504  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182154  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0998  tldD protein  51.95 
 
 		 472 aa  499  1e-140  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01891  TldD  59.28 
 
 		 481 aa  498  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0100  microcin-processing peptidase 2  52.29 
 
 		 477 aa  500  1e-140  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.884188  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0980  TldD protein  55.38 
 
 		 480 aa  496  1e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2263  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  58.52 
 
 		 481 aa  495  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00176392  decreased coverage  0.00000000093987 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2637  tldD protein  58.52 
 
 		 481 aa  495  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0997282  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0152  tldD protein  53.54 
 
 		 467 aa  497  1e-139  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1013  TldD protein  55.41 
 
 		 480 aa  494  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3399  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  56.29 
 
 		 508 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.11018  normal  0.700717 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1496  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.5 
 
 		 496 aa  491  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.768084  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0382  tldD protein  56.46 
 
 		 481 aa  488  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1778  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  56.73 
 
 		 496 aa  491  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2898  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  58.17 
 
 		 481 aa  489  1e-137  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.728098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3646  microcin-processing peptidase 2  57.36 
 
 		 486 aa  485  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2956  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.36 
 
 		 486 aa  485  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1055  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.7 
 
 		 486 aa  485  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1487  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  59.42 
 
 		 486 aa  487  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1986  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  58.04 
 
 		 480 aa  487  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.312145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00271  putative suppressor of CsrA inhibitory activity; putative peptidase; involved in the control of DNA gyrase  55.58 
 
 		 490 aa  485  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0850  microcin-processing peptidase 2  59.87 
 
 		 486 aa  484  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140051 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3328  microcin-processing peptidase 2  55.28 
 
 		 481 aa  484  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000144333 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1093  microcin-processing peptidase 2  57.79 
 
 		 493 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2190  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  57.4 
 
 		 496 aa  484  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0190  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  53.56 
 
 		 480 aa  478  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.498345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0942  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.72 
 
 		 486 aa  475  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.382919  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1746  microcin-processing peptidase 2  54.85 
 
 		 491 aa  475  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2234  microcin-processing peptidase 2  56.25 
 
 		 484 aa  478  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58070  hypothetical protein  55.13 
 
 		 480 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5088  hypothetical protein  54.91 
 
 		 480 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3747  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.79 
 
 		 493 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0196173  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2659  TldD protein  55.03 
 
 		 486 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1027  microcin-processing peptidase 2  55.83 
 
 		 498 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.305449  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2896  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.26 
 
 		 487 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0991  microcin-processing peptidase 2  55.83 
 
 		 486 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0412  microcin-processing peptidase 2  53.71 
 
 		 483 aa  469  1.0000000000000001e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0307046  normal  0.0847552 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0472  TldD protein  56.64 
 
 		 485 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0623925  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0412  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.42 
 
 		 485 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.140999  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0939  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.27 
 
 		 487 aa  467  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0863  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.68 
 
 		 480 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.908777 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3369  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.88 
 
 		 490 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.355295  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3465  microcin-processing peptidase 2  55.23 
 
 		 497 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0486  microcin-processing peptidase 2  55.23 
 
 		 497 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3731  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  54.79 
 
 		 482 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3641  microcin-processing peptidase 2  55.23 
 
 		 497 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4275  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.81 
 
 		 479 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.7764  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0940  tldD protein  54.81 
 
 		 479 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0410  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  53.56 
 
 		 482 aa  462  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2490  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.61 
 
 		 487 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4156  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  54.81 
 
 		 479 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.867703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3769  TldD protein  56.64 
 
 		 487 aa  463  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162647  normal  0.0283692 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3829  protease TldD  53.3 
 
 		 481 aa  464  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.637682  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0512  putative modulator of DNA gyrase  56.38 
 
 		 490 aa  464  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.319675 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0980  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  54.55 
 
 		 479 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.324796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0845  microcin-processing peptidase 2  55.48 
 
 		 480 aa  462  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0947  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.81 
 
 		 479 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2509  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  52.42 
 
 		 488 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.274022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2267  TldD protein  55.13 
 
 		 481 aa  460  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12720  Peptidase U62, modulator of DNA gyrase activity  54.14 
 
 		 480 aa  460  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.437341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1129  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  51.01 
 
 		 481 aa  461  9.999999999999999e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00884663  normal  0.442465 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3972  microcin-processing peptidase 2  53.15 
 
 		 488 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0726  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  53.25 
 
 		 488 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.571248 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4395  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.57 
 
 		 482 aa  458  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3671  protease TldD  54.99 
 
 		 481 aa  456  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3327  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  52.78 
 
 		 482 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0462  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  53.12 
 
 		 481 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0510  microcin-processing peptidase 2 (TldD)  50.74 
 
 		 477 aa  451  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00345987  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2134  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  54.07 
 
 		 490 aa  449  1e-125  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>