More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0253 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0893  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  89.26 
 
 		 475 aa  852    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0825  putative peptidase TldD  88.19 
 
 		 475 aa  862    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.454077 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0599  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  69.81 
 
 		 471 aa  669    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0465  tldD protein, putative  69.1 
 
 		 470 aa  675    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.902755  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0505  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  69.81 
 
 		 471 aa  662    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.279079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0221  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  93.26 
 
 		 475 aa  911    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1036  TldD  68.95 
 
 		 471 aa  673    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0579  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  68.88 
 
 		 470 aa  678    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0666  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  69.98 
 
 		 477 aa  678    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.231569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4592  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  89.47 
 
 		 475 aa  849    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.647978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4785  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  88.19 
 
 		 474 aa  844    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.472355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0470  putative tldD protein  69.31 
 
 		 470 aa  677    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0812  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  89.47 
 
 		 475 aa  848    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.756344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0253  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 475 aa  959    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0739  microcin-processing peptidase 2  69.96 
 
 		 471 aa  676    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0640  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  69.16 
 
 		 471 aa  671    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.481365 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0567  microcin-processing peptidase 2  65.43 
 
 		 480 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0403  TldD/PmbA family protein  62.1 
 
 		 472 aa  597  1e-169  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2043  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.61 
 
 		 486 aa  593  1e-168  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4510  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.24 
 
 		 476 aa  573  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.526016  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0413  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.33 
 
 		 479 aa  570  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0473  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  62.09 
 
 		 473 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1825  microcin-processing peptidase 2  62.09 
 
 		 473 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1921  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.22 
 
 		 476 aa  565  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1223  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  63.18 
 
 		 483 aa  566  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2236  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  63.95 
 
 		 471 aa  565  1e-160  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0328346 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2319  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.21 
 
 		 480 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.502377 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1139  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.31 
 
 		 473 aa  560  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0613  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  63.15 
 
 		 473 aa  556  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2337  microcin-processing peptidase 2  60.76 
 
 		 473 aa  553  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.652541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3156  microcin-processing peptidase 2  59.91 
 
 		 474 aa  543  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.702304 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4322  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.17 
 
 		 479 aa  539  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0100  microcin-processing peptidase 2  55.44 
 
 		 477 aa  529  1e-149  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.884188  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0998  tldD protein  53.76 
 
 		 472 aa  523  1e-147  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0152  tldD protein  54.84 
 
 		 467 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1220  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.56 
 
 		 481 aa  504  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182154  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4275  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.46 
 
 		 479 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.7764  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0940  tldD protein  55.46 
 
 		 479 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262825  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0382  tldD protein  55.93 
 
 		 481 aa  499  1e-140  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1013  TldD protein  54.59 
 
 		 480 aa  499  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0980  TldD protein  54.59 
 
 		 480 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0980  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.46 
 
 		 479 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.324796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0947  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.46 
 
 		 479 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00271  putative suppressor of CsrA inhibitory activity; putative peptidase; involved in the control of DNA gyrase  54.91 
 
 		 490 aa  496  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2896  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.05 
 
 		 487 aa  496  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1746  microcin-processing peptidase 2  56.7 
 
 		 491 aa  496  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1496  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.08 
 
 		 496 aa  496  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.768084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0991  microcin-processing peptidase 2  58.2 
 
 		 486 aa  497  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1986  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.38 
 
 		 480 aa  496  1e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.312145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1778  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  56.31 
 
 		 496 aa  496  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3328  microcin-processing peptidase 2  56.53 
 
 		 481 aa  492  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000144333 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0863  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.02 
 
 		 480 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.908777 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0190  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  52.08 
 
 		 480 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.498345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5088  hypothetical protein  56.28 
 
 		 480 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2490  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.63 
 
 		 487 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0412  microcin-processing peptidase 2  54.12 
 
 		 483 aa  493  9.999999999999999e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0307046  normal  0.0847552 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58070  hypothetical protein  56.28 
 
 		 480 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1055  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  52.84 
 
 		 486 aa  489  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2267  TldD protein  56.41 
 
 		 481 aa  485  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3399  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  54.36 
 
 		 508 aa  486  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.11018  normal  0.700717 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3646  microcin-processing peptidase 2  55.88 
 
 		 486 aa  484  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2659  TldD protein  53.89 
 
 		 486 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1027  microcin-processing peptidase 2  56.4 
 
 		 498 aa  483  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.305449  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0850  microcin-processing peptidase 2  56.63 
 
 		 486 aa  483  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140051 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2263  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.02 
 
 		 481 aa  484  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00176392  decreased coverage  0.00000000093987 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0845  microcin-processing peptidase 2  56.95 
 
 		 480 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2637  tldD protein  57.02 
 
 		 481 aa  484  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0997282  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2956  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.65 
 
 		 486 aa  482  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01891  TldD  56.95 
 
 		 481 aa  481  1e-135  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1487  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.4 
 
 		 486 aa  484  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2190  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  54.61 
 
 		 496 aa  481  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2898  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.73 
 
 		 481 aa  483  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.728098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12720  Peptidase U62, modulator of DNA gyrase activity  55.83 
 
 		 480 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.437341  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4156  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.61 
 
 		 479 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.867703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0726  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.27 
 
 		 488 aa  478  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.571248 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4553  tldD protein  50 
 
 		 481 aa  478  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0942  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.51 
 
 		 486 aa  478  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.382919  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3369  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.33 
 
 		 490 aa  475  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.355295  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1093  microcin-processing peptidase 2  54.59 
 
 		 493 aa  478  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3972  microcin-processing peptidase 2  56.82 
 
 		 488 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2234  microcin-processing peptidase 2  55.73 
 
 		 484 aa  478  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4465  tldD protein  55.83 
 
 		 479 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000206078  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3465  microcin-processing peptidase 2  53.79 
 
 		 497 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0486  microcin-processing peptidase 2  53.79 
 
 		 497 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3641  microcin-processing peptidase 2  53.79 
 
 		 497 aa  472  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4395  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.34 
 
 		 482 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2509  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.6 
 
 		 488 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.274022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0939  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.73 
 
 		 487 aa  471  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2134  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.2 
 
 		 490 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0410  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  53.57 
 
 		 482 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3747  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  53.12 
 
 		 493 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0196173  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0709  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.6 
 
 		 488 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0657  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.82 
 
 		 488 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3829  protease TldD  52.44 
 
 		 481 aa  462  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.637682  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3731  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  52.56 
 
 		 482 aa  465  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0632  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  56.82 
 
 		 512 aa  463  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0512  putative modulator of DNA gyrase  55.41 
 
 		 490 aa  461  9.999999999999999e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.319675 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0472  TldD protein  54.57 
 
 		 485 aa  458  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0623925  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0412  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.79 
 
 		 485 aa  459  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.140999  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0739  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  56.38 
 
 		 488 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.951584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>