More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4322 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0613  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  74.52 
 
 		 473 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1825  microcin-processing peptidase 2  74.42 
 
 		 473 aa  701    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1139  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  73.57 
 
 		 473 aa  672    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3156  microcin-processing peptidase 2  73.84 
 
 		 474 aa  683    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.702304 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2337  microcin-processing peptidase 2  72.46 
 
 		 473 aa  678    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.652541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4322  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 479 aa  944    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0473  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  74.42 
 
 		 473 aa  701    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0666  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  61.81 
 
 		 477 aa  582  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.231569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0221  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  61.04 
 
 		 475 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0567  microcin-processing peptidase 2  61.17 
 
 		 480 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4510  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  63.48 
 
 		 476 aa  561  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.526016  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0893  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.12 
 
 		 475 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0825  putative peptidase TldD  61.47 
 
 		 475 aa  560  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.454077 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0599  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  60.26 
 
 		 471 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0413  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  61.51 
 
 		 479 aa  557  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0640  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  59.83 
 
 		 471 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.481365 
 
 
-
 
NC_004310  BR0465  tldD protein, putative  58.97 
 
 		 470 aa  553  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.902755  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4592  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  61.69 
 
 		 475 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.647978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0253  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.17 
 
 		 475 aa  553  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2043  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  61.2 
 
 		 486 aa  554  1e-156  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0470  putative tldD protein  58.97 
 
 		 470 aa  551  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.259571  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1036  TldD  58.57 
 
 		 471 aa  548  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2236  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  62.42 
 
 		 471 aa  551  1e-155  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0328346 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1921  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  59.57 
 
 		 476 aa  546  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0579  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  58.52 
 
 		 470 aa  548  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4785  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  61.04 
 
 		 474 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.472355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0812  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.61 
 
 		 475 aa  547  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.756344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1223  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  61.39 
 
 		 483 aa  541  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2319  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.22 
 
 		 480 aa  545  1e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.502377 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0739  microcin-processing peptidase 2  59.6 
 
 		 471 aa  543  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0505  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  58.75 
 
 		 471 aa  538  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.279079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0403  TldD/PmbA family protein  56.95 
 
 		 472 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0998  tldD protein  50.65 
 
 		 472 aa  496  1e-139  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3328  microcin-processing peptidase 2  57.75 
 
 		 481 aa  493  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000144333 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0100  microcin-processing peptidase 2  52.16 
 
 		 477 aa  489  1e-137  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.884188  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01891  TldD  58.26 
 
 		 481 aa  485  1e-136  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2190  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  56.95 
 
 		 496 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.40389 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0382  tldD protein  55.65 
 
 		 481 aa  484  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00271  putative suppressor of CsrA inhibitory activity; putative peptidase; involved in the control of DNA gyrase  52.95 
 
 		 490 aa  483  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1487  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.18 
 
 		 486 aa  479  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3646  microcin-processing peptidase 2  54.36 
 
 		 486 aa  479  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2956  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.36 
 
 		 486 aa  481  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0152  tldD protein  52.05 
 
 		 467 aa  481  1e-134  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1220  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.31 
 
 		 481 aa  476  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182154  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0190  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  51.71 
 
 		 480 aa  476  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.498345  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0850  microcin-processing peptidase 2  56.05 
 
 		 486 aa  476  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140051 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3399  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  54.91 
 
 		 508 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.11018  normal  0.700717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3369  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  53.8 
 
 		 490 aa  474  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.355295  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1496  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.59 
 
 		 496 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.768084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2898  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.93 
 
 		 481 aa  470  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.728098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1055  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  54.16 
 
 		 486 aa  468  1.0000000000000001e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1778  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.03 
 
 		 496 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1093  microcin-processing peptidase 2  55.36 
 
 		 493 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1986  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.7 
 
 		 480 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.312145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2234  microcin-processing peptidase 2  54.24 
 
 		 484 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0939  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.6 
 
 		 487 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0942  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.03 
 
 		 486 aa  470  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.382919  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0980  TldD protein  51.12 
 
 		 480 aa  466  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2637  tldD protein  55.28 
 
 		 481 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0997282  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2263  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.28 
 
 		 481 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00176392  decreased coverage  0.00000000093987 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3829  protease TldD  52.88 
 
 		 481 aa  464  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.637682  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1013  TldD protein  51.13 
 
 		 480 aa  464  1e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3769  TldD protein  56.47 
 
 		 487 aa  464  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.162647  normal  0.0283692 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5088  hypothetical protein  53.79 
 
 		 480 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58070  hypothetical protein  54.24 
 
 		 480 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334392  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2659  TldD protein  52.47 
 
 		 486 aa  457  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4553  tldD protein  48.51 
 
 		 481 aa  456  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1129  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.22 
 
 		 481 aa  457  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00884663  normal  0.442465 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3465  microcin-processing peptidase 2  52.78 
 
 		 497 aa  455  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0486  microcin-processing peptidase 2  52.78 
 
 		 497 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0412  microcin-processing peptidase 2  53.03 
 
 		 483 aa  455  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0307046  normal  0.0847552 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0412  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.55 
 
 		 485 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.140999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4395  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  51.04 
 
 		 482 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1027  microcin-processing peptidase 2  52.36 
 
 		 498 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.305449  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0512  putative modulator of DNA gyrase  54.95 
 
 		 490 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.319675 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3747  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  50.1 
 
 		 493 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0196173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4404  protease TldD  53.33 
 
 		 481 aa  452  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2267  TldD protein  54.24 
 
 		 481 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0991  microcin-processing peptidase 2  52.36 
 
 		 486 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0472  TldD protein  54.55 
 
 		 485 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0623925  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0269  protease TldD  51.66 
 
 		 481 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3681  protease TldD  52.23 
 
 		 481 aa  452  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3641  microcin-processing peptidase 2  52.78 
 
 		 497 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03104  predicted peptidase  52.55 
 
 		 481 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0462  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  52.55 
 
 		 481 aa  448  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3671  protease TldD  53.44 
 
 		 481 aa  450  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0462  protease TldD  52.55 
 
 		 481 aa  448  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3433  protease TldD  52.55 
 
 		 481 aa  448  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3540  protease TldD  52.55 
 
 		 481 aa  448  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0726  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  51.68 
 
 		 488 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.571248 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0410  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  48.68 
 
 		 482 aa  449  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4561  protease TldD  52.33 
 
 		 481 aa  448  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.657779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0947  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  53.47 
 
 		 479 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2490  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  51.29 
 
 		 487 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2134  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.38 
 
 		 490 aa  451  1e-125  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03055  hypothetical protein  52.55 
 
 		 481 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3727  protease TldD  52.55 
 
 		 481 aa  448  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2896  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  51.82 
 
 		 487 aa  451  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0474  TldD protein  52.9 
 
 		 482 aa  449  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.862683  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1746  microcin-processing peptidase 2  52.14 
 
 		 491 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0350779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>