More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0980 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0269  protease TldD  66.53 
 
 		 481 aa  643    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0940  tldD protein  99.79 
 
 		 479 aa  963    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.262825  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4553  tldD protein  64.38 
 
 		 481 aa  642    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4465  tldD protein  91.58 
 
 		 479 aa  833    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000206078  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4156  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  90.97 
 
 		 479 aa  848    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.867703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0980  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 479 aa  964    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.324796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4275  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  98.75 
 
 		 479 aa  955    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.7764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4404  protease TldD  67.36 
 
 		 481 aa  636    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0845  microcin-processing peptidase 2  90.83 
 
 		 480 aa  833    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5088  hypothetical protein  87.71 
 
 		 480 aa  833    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3747  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  67.92 
 
 		 493 aa  643    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0196173  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3829  protease TldD  67.99 
 
 		 481 aa  661    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.637682  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2267  TldD protein  69.31 
 
 		 481 aa  640    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0410  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  67.3 
 
 		 482 aa  644    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12720  Peptidase U62, modulator of DNA gyrase activity  84.79 
 
 		 480 aa  775    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.437341  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0863  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  88.75 
 
 		 480 aa  839    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.908777 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3465  microcin-processing peptidase 2  69.2 
 
 		 497 aa  643    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0486  microcin-processing peptidase 2  69.41 
 
 		 497 aa  645    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0412  microcin-processing peptidase 2  68.57 
 
 		 483 aa  660    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0307046  normal  0.0847552 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3731  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  68.13 
 
 		 482 aa  640    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0947  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  99.37 
 
 		 479 aa  959    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58070  hypothetical protein  87.92 
 
 		 480 aa  832    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.334392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3641  microcin-processing peptidase 2  68.99 
 
 		 497 aa  642    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0382  tldD protein  65.62 
 
 		 481 aa  629  1e-179  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2898  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  67.02 
 
 		 481 aa  628  1e-179  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.728098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0258  protease TldD  66.53 
 
 		 481 aa  629  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0472  protease TldD  67.78 
 
 		 481 aa  628  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.696737  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0405  protease TldD  67.78 
 
 		 481 aa  628  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1191  protease TldD  67.78 
 
 		 481 aa  627  1e-178  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000786436 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3560  protease TldD  66.74 
 
 		 481 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1055  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  63.31 
 
 		 486 aa  627  1e-178  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3671  protease TldD  66.53 
 
 		 481 aa  626  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3681  protease TldD  66.11 
 
 		 481 aa  624  1e-178  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03104  predicted peptidase  65.9 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0462  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  65.9 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3433  protease TldD  65.9 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3727  protease TldD  65.9 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4561  protease TldD  65.69 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.657779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3631  protease TldD  66.53 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0205399 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0462  protease TldD  65.9 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03055  hypothetical protein  65.9 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2234  microcin-processing peptidase 2  64.98 
 
 		 484 aa  622  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3559  protease TldD  66.53 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3666  protease TldD  66.53 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3728  protease TldD  66.32 
 
 		 481 aa  622  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.376622  normal  0.181005 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3540  protease TldD  65.9 
 
 		 481 aa  623  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1129  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  63.18 
 
 		 481 aa  622  1e-177  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00884663  normal  0.442465 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4395  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  66.88 
 
 		 482 aa  621  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3276  protease TldD  65.48 
 
 		 481 aa  615  1e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0581  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  68.78 
 
 		 482 aa  617  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00271  putative suppressor of CsrA inhibitory activity; putative peptidase; involved in the control of DNA gyrase  63.45 
 
 		 490 aa  615  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0504  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  68.78 
 
 		 482 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0529  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  68.78 
 
 		 482 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0525  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  68.78 
 
 		 482 aa  616  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0876014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01891  TldD  66.18 
 
 		 481 aa  617  1e-175  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2841  tldD protein  66.32 
 
 		 481 aa  615  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0190  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  63.26 
 
 		 480 aa  614  1e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.498345  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3815  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  68.78 
 
 		 482 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.434753  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3328  microcin-processing peptidase 2  64.56 
 
 		 481 aa  611  9.999999999999999e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000144333 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2134  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  66.81 
 
 		 490 aa  612  9.999999999999999e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1220  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  64.48 
 
 		 481 aa  614  9.999999999999999e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.182154  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1778  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  64.03 
 
 		 496 aa  613  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1496  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  64.24 
 
 		 496 aa  612  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.768084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3327  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  65.82 
 
 		 482 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4091  tldD protein  67.72 
 
 		 482 aa  610  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1013  TldD protein  62.08 
 
 		 480 aa  610  1e-173  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0980  TldD protein  62.29 
 
 		 480 aa  611  1e-173  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0472  TldD protein  65.62 
 
 		 485 aa  608  1e-173  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0623925  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0565  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  66.04 
 
 		 490 aa  609  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.153604 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0412  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  65.62 
 
 		 485 aa  608  1e-173  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.140999  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0490  protein TldD  65.48 
 
 		 481 aa  605  9.999999999999999e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2659  TldD protein  64.85 
 
 		 486 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1027  microcin-processing peptidase 2  65.13 
 
 		 498 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.305449  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2637  tldD protein  65.05 
 
 		 481 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0997282  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2263  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  65.05 
 
 		 481 aa  601  1.0000000000000001e-171  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00176392  decreased coverage  0.00000000093987 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1746  microcin-processing peptidase 2  62.58 
 
 		 491 aa  600  1e-170  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0474  TldD protein  65.42 
 
 		 482 aa  595  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.862683  normal  0.185697 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002390  TldD protein probably a protease  65.05 
 
 		 481 aa  596  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03678  hypothetical protein  64.44 
 
 		 481 aa  595  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2896  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  63.47 
 
 		 487 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0991  microcin-processing peptidase 2  63.24 
 
 		 486 aa  593  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2490  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  63.05 
 
 		 487 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1986  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  65.76 
 
 		 480 aa  590  1e-167  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.312145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0510  microcin-processing peptidase 2 (TldD)  61.13 
 
 		 477 aa  585  1e-166  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00345987  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3972  microcin-processing peptidase 2  63.88 
 
 		 488 aa  587  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.224519 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1643  TldD protein  61.01 
 
 		 477 aa  586  1e-166  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000416782  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0939  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  63.18 
 
 		 487 aa  580  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0276  microcin-processing peptidase 2  58.42 
 
 		 482 aa  581  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2509  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62 
 
 		 488 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.274022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3646  microcin-processing peptidase 2  61.3 
 
 		 486 aa  576  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2956  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  60.88 
 
 		 486 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3399  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.63 
 
 		 508 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.11018  normal  0.700717 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0512  putative modulator of DNA gyrase  64.63 
 
 		 490 aa  573  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.319675 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0726  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  62.21 
 
 		 488 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.571248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0942  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  60.46 
 
 		 486 aa  571  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.382919  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1487  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  60.59 
 
 		 486 aa  571  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0850  microcin-processing peptidase 2  60.38 
 
 		 486 aa  560  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140051 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3369  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  60.89 
 
 		 490 aa  559  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.355295  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1093  microcin-processing peptidase 2  60.25 
 
 		 493 aa  561  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0657  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  61.38 
 
 		 488 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>