160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2881 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2881  periplasmic sugar-binding protein, putative  100 
 
 
367 aa  748    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333959  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4053  periplasmic sugar-binding protein, putative  57.6 
 
 
387 aa  395  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.299221  normal  0.087362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.17 
 
 
357 aa  249  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.18 
 
 
366 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00186046  normal  0.396691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2372  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.67 
 
 
358 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3323  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.12 
 
 
358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1979  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.46 
 
 
358 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.744859  normal  0.0549278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.35 
 
 
358 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2463  sugar-binding domain-containing protein  36.34 
 
 
366 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.155285  hitchhiker  0.00853045 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2731  periplasmic sugar-binding domain protein  35.78 
 
 
357 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.223231  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3287  periplasmic sugar-binding protein  32.23 
 
 
337 aa  159  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3835  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.75 
 
 
388 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4134  periplasmic sugar-binding protein, putative  29.7 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4037  periplasmic sugar-binding protein, putative  28.76 
 
 
342 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4015  periplasmic sugar-binding protein, putative  29 
 
 
342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3939  periplasmic sugar-binding protein, putative  29.19 
 
 
342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3671  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.1 
 
 
341 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.669909  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0355  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.43 
 
 
341 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0349  periplasmic sugar-binding protein, putative  30.18 
 
 
348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.748308  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4172  periplasmic sugar-binding protein, putative  27.67 
 
 
348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0841  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.78 
 
 
399 aa  107  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.41 
 
 
320 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2255  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.2 
 
 
322 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0934462  hitchhiker  0.00000332444 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  29.1 
 
 
289 aa  58.5  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  21.35 
 
 
1686 aa  57.4  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 
327 aa  56.6  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130889 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1341  d-galactose-binding periplasmic protein precursor  25.14 
 
 
354 aa  56.2  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000193689  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1548  putative galactoside ABC transporter, galactoside-binding protein  24.72 
 
 
354 aa  55.5  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00850993  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.3 
 
 
1681 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  21.3 
 
 
1681 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2238  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.6 
 
 
306 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0442154  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.78 
 
 
309 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2219  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 
343 aa  53.5  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000733875  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1684  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.24 
 
 
313 aa  53.5  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  27.33 
 
 
295 aa  53.1  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0054  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.2 
 
 
309 aa  52.8  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6223  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.57 
 
 
325 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.945898  normal  0.500437 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2473  periplasmic substrate-binding protein  28.57 
 
 
306 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.265832  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  26.71 
 
 
339 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
330 aa  50.8  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.35 
 
 
312 aa  50.8  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0766  putative LACI-type transcriptional regulator  26.76 
 
 
315 aa  50.8  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0284557  normal  0.148225 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.71 
 
 
339 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  30.4 
 
 
312 aa  51.2  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.61 
 
 
321 aa  51.2  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.74741  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0419  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 
333 aa  50.8  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0909  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  23.76 
 
 
333 aa  50.4  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2489  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.05 
 
 
314 aa  50.8  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.776207  normal  0.649417 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3878  sugar-binding periplasmic protein  23.76 
 
 
333 aa  50.4  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0286616 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.76 
 
 
333 aa  50.4  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  26.14 
 
 
307 aa  50.4  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.53 
 
 
326 aa  50.1  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.13 
 
 
311 aa  49.7  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2121  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.93 
 
 
333 aa  49.7  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.173687  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50140  Periplasmic substrate-binding protein of sugar ABC transporter  29.13 
 
 
310 aa  48.9  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0801  putative galactoside ABC transporter  26.21 
 
 
342 aa  48.9  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.269097  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2073  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.04 
 
 
313 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.269264  hitchhiker  0.00000246592 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.29 
 
 
292 aa  48.9  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.19022 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  26.17 
 
 
296 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1986  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.04 
 
 
313 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277686  normal  0.0546729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1988  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.04 
 
 
313 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.188386  hitchhiker  0.000242477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  26.17 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  26.17 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  21.8 
 
 
292 aa  48.1  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  26.17 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  26.17 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.1 
 
 
333 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.15 
 
 
312 aa  47.8  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1630  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25.14 
 
 
329 aa  47.4  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.44 
 
 
328 aa  47.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2059  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.79 
 
 
313 aa  47.4  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1574  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  25.14 
 
 
329 aa  47.4  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  25.64 
 
 
309 aa  47.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  36.71 
 
 
337 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  25.64 
 
 
309 aa  47.4  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  36.71 
 
 
350 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  25.64 
 
 
309 aa  47.4  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2435  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  24.28 
 
 
316 aa  47.4  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.919395  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  24.31 
 
 
296 aa  47  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2329  galactose/glucose-binding protein  24.06 
 
 
342 aa  47  0.0006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  27.83 
 
 
308 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.23 
 
 
297 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5046  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  23.61 
 
 
320 aa  46.6  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0810  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  29.23 
 
 
297 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1101  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  29.23 
 
 
297 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2074  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  29.23 
 
 
297 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2915  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.43 
 
 
315 aa  47  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.398438  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  29.09 
 
 
296 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  29.2 
 
 
292 aa  46.6  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1793  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.23 
 
 
342 aa  46.6  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.155472  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0362  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  29.23 
 
 
342 aa  46.6  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  29.09 
 
 
296 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  29.09 
 
 
294 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  29.09 
 
 
294 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  29.09 
 
 
296 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  29.09 
 
 
296 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  29.09 
 
 
296 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
320 aa  46.2  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.591469  normal  0.698974 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.18 
 
 
322 aa  46.2  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1720  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 
320 aa  46.2  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000157019  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>