More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2547 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  620  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 300 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 306 aa  258  9e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 312 aa  252  7e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 313 aa  249  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 297 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 297 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  42.47 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  44.67 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 322 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 316 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.48 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 322 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 317 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 315 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 295 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 295 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  38.97 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.55 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.52 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 296 aa  149  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  34.56 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.52 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  33.22 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  34.74 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>