More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3007 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3007  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  100 
 
 
230 aa  464  9.999999999999999e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  55.36 
 
 
289 aa  251  7e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  47.01 
 
 
173 aa  109  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3372  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.62 
 
 
165 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3222  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35 
 
 
165 aa  99.8  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  42.34 
 
 
179 aa  85.5  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21900  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.95 
 
 
263 aa  84.7  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1729  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.6 
 
 
205 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.698671 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0200  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.96 
 
 
175 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.502395  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1663  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41.12 
 
 
283 aa  82  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3627  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.3 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000535955  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21380  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.81 
 
 
181 aa  79.3  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2404  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.86 
 
 
112 aa  77.8  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0101  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.77 
 
 
294 aa  77.8  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1303  peptidoglycan-binding LysM  41.23 
 
 
112 aa  77.4  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.290391  normal  0.428505 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  42.06 
 
 
307 aa  76.6  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1888  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.7 
 
 
332 aa  76.3  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0093  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.61 
 
 
192 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0318  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.74 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000150825  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1239  Peptidoglycan-binding LysM  33.11 
 
 
156 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00144568  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1978  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.04 
 
 
223 aa  74.7  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1510  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.04 
 
 
307 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360333  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2694  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.92 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0982  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.06 
 
 
382 aa  67.8  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000253435  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1583  peptidoglycan-binding LysM  40.74 
 
 
142 aa  67.8  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.79 
 
 
115 aa  67  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5172  hypothetical protein  31.4 
 
 
153 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5187  hypothetical protein  31.4 
 
 
153 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4899  hypothetical protein  31.4 
 
 
153 aa  67  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4762  hypothetical protein  31.4 
 
 
153 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5274  hypothetical protein  31.4 
 
 
153 aa  67  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0072  hypothetical protein  30 
 
 
153 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5143  hypothetical protein  31.4 
 
 
153 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2590  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.09 
 
 
307 aa  66.6  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4858  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.23 
 
 
153 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1148  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.48 
 
 
382 aa  66.2  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0738995  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0434  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.4 
 
 
266 aa  65.9  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4743  hypothetical protein  30.58 
 
 
153 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21410  Peptidoglycan-binding LysM  50.88 
 
 
530 aa  65.5  0.0000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1784  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.909249  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5178  hypothetical protein  29.29 
 
 
153 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0647  hypothetical protein  31.4 
 
 
180 aa  65.1  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0633  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.17 
 
 
253 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00165646  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1315  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.62 
 
 
411 aa  63.5  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000751939 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4260  hypothetical protein  33.85 
 
 
186 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4170  hypothetical protein  31.25 
 
 
186 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0975  hypothetical protein  33.85 
 
 
186 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0886923  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0573  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.77 
 
 
441 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4055  hypothetical protein  31.25 
 
 
186 aa  63.5  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3901  erfK/srfK protein  31.25 
 
 
186 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00361052  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4372  hypothetical protein  31.25 
 
 
186 aa  63.5  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.119165  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3989  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.31 
 
 
186 aa  63.5  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0123  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.11 
 
 
396 aa  63.2  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4221  hypothetical protein  32.31 
 
 
186 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00480298  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0590  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  24.75 
 
 
389 aa  62.8  0.000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0600559  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4281  hypothetical protein  32.31 
 
 
186 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0049222  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1998  peptidoglycan-binding LysM  35.59 
 
 
123 aa  62.8  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0170304  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1682  hypothetical protein  31.54 
 
 
163 aa  62.4  0.000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.412549  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1258  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.48 
 
 
294 aa  62  0.000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.818065  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07261  hypothetical protein  33.61 
 
 
243 aa  61.6  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3894  ErfK/SrfK protein  30.56 
 
 
186 aa  61.6  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000648074  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0223  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  37.07 
 
 
470 aa  61.2  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  34.48 
 
 
341 aa  61.2  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0476  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.17 
 
 
206 aa  61.2  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  37.08 
 
 
338 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0304  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35 
 
 
168 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1363  Peptidase M23  35.2 
 
 
402 aa  60.1  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.498283  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1637  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.23 
 
 
474 aa  59.7  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000221895  hitchhiker  0.00347843 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3616  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30 
 
 
156 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1457  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG protein family protein  28.23 
 
 
473 aa  59.3  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000050747  normal  0.073975 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2988  lytic transglycosylase  31.36 
 
 
503 aa  59.3  0.00000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.351153  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.33 
 
 
327 aa  58.9  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2845  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.5 
 
 
169 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0668  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.07 
 
 
253 aa  58.9  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.988638  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0625  NLP/P60 protein  34.17 
 
 
466 aa  58.5  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00171515  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2123  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  25.62 
 
 
219 aa  58.5  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1862  Peptidoglycan-binding LysM  27.13 
 
 
642 aa  58.5  0.00000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.746272  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1487  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.25 
 
 
255 aa  57.8  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2039  Peptidase M23  30.53 
 
 
414 aa  57.8  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0205491  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4725  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  54.17 
 
 
433 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  33.04 
 
 
442 aa  57.4  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2026  hypothetical protein  26.55 
 
 
303 aa  57  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000198404  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  30.56 
 
 
409 aa  57.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2287  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.99 
 
 
167 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000631193  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0664  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.59 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0825  hypothetical protein  27.59 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.2602e-53 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  34.91 
 
 
568 aa  56.6  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02660  Peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
191 aa  56.6  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3988  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.03 
 
 
409 aa  56.6  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  29.28 
 
 
445 aa  56.6  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  32.35 
 
 
274 aa  56.6  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0546  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.63 
 
 
415 aa  56.6  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4081  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.57 
 
 
409 aa  56.2  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3244  glycoside hydrolase family 25  36.79 
 
 
320 aa  56.2  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0027526  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2843  peptidoglycan-binding LysM  52 
 
 
187 aa  55.8  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.175188  normal  0.0579313 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3452  molybdenum ABC transporter, periplasmic molybdate-binding protein  39.05 
 
 
335 aa  55.8  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  37.74 
 
 
301 aa  56.2  0.0000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4888  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.56 
 
 
217 aa  55.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.550857  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4195  superoxide dismutase copper/zinc binding  43.64 
 
 
210 aa  55.8  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3112  peptidase M23B  38.82 
 
 
633 aa  55.5  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.233689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>