More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1601 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1601  phosphate uptake regulator, PhoU  100 
 
 		 216 aa  431  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000531756  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2105  phosphate uptake regulator, PhoU  50.23 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2830  phosphate uptake regulator, PhoU  47.34 
 
 		 220 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2837  phosphate uptake regulator, PhoU  46.01 
 
 		 214 aa  173  9.999999999999999e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0571  phosphate uptake regulator, PhoU  43.33 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000468215  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1962  phosphate transport system regulatory protein PhoU, putative  43.54 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1991  phosphate uptake regulator, PhoU  42.45 
 
 		 217 aa  169  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1482  phosphate uptake regulator, PhoU  39.81 
 
 		 225 aa  159  4e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.12558  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2705  phosphate uptake regulator, PhoU  38.5 
 
 		 229 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0983  phosphate uptake regulator, PhoU  39.62 
 
 		 216 aa  153  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.073439 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1095  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.5 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102802  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4144  phosphate uptake regulator, PhoU  35.19 
 
 		 233 aa  148  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4002  phosphate uptake regulator, PhoU  35.19 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.584217  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2506  phosphate uptake regulator, PhoU  39.62 
 
 		 223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0602  phosphate uptake regulator, PhoU  39.81 
 
 		 243 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.226674  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4118  phosphate uptake regulator, PhoU  35.65 
 
 		 233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1848  phosphate uptake regulator, PhoU  39.62 
 
 		 223 aa  145  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0012  phosphate uptake regulator, PhoU  36.23 
 
 		 220 aa  144  7.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224503  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1014  phosphate uptake regulator, PhoU  38.5 
 
 		 220 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0435  phosphate uptake regulator, PhoU  35.32 
 
 		 235 aa  144  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0422  phosphate uptake regulator, PhoU  34.26 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980511 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1514  phosphate uptake regulator, PhoU  38.5 
 
 		 223 aa  141  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.875491  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2562  phosphate uptake regulator, PhoU  38.5 
 
 		 223 aa  141  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000003122  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1717  phosphate uptake regulator, PhoU  39.15 
 
 		 223 aa  141  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1415  phosphate uptake regulator, PhoU  37.09 
 
 		 218 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000133646  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4578  phosphate uptake regulator, PhoU  33.49 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.92814  normal  0.180696 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0622  phosphate uptake regulator, PhoU  38.89 
 
 		 222 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21540  phosphate uptake regulator, PhoU  36.79 
 
 		 215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3161  phosphate uptake regulator, PhoU  39.91 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.997477  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2395  phosphate transporter PhoU  36.32 
 
 		 237 aa  137  8.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0822  phosphate uptake regulator, PhoU  35.68 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591011  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1671  phosphate uptake regulator, PhoU  40 
 
 		 217 aa  136  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000164191  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0398  phosphate uptake regulator, PhoU  36.74 
 
 		 238 aa  134  8e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2649  phosphate uptake regulator, PhoU  35.07 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.436885  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1440  phosphate transport system protein PhoU  36.87 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1157  phosphate uptake regulator, PhoU  36.87 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.724725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0478  phosphate uptake regulator, PhoU  35.07 
 
 		 218 aa  132  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1863  phosphate uptake regulator, PhoU  35.65 
 
 		 227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0573  phosphate uptake regulator, PhoU  35.02 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0025  phosphate uptake regulator, PhoU  33.96 
 
 		 233 aa  131  6e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5262  phosphate uptake regulator, PhoU  35.19 
 
 		 238 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3566  phosphate uptake regulator, PhoU  34.11 
 
 		 229 aa  131  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1929  phosphate uptake regulator, PhoU  37.38 
 
 		 226 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0982293  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1486  phosphate transport system regulatory protein PhoU  37.86 
 
 		 224 aa  131  9e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.130643  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0115  phosphate uptake regulator, PhoU  39.07 
 
 		 234 aa  131  9e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2448  phosphate transport system protein PhoU  32.27 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.71201  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0488  phosphate transport system regulatory protein PhoU  34.1 
 
 		 235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.18906  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1080  phosphate uptake regulator, PhoU  35.55 
 
 		 219 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0158991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2950  phosphate uptake regulator, PhoU  34.88 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0594  phosphate uptake regulator, PhoU  33.49 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1011  phosphate uptake regulatory protein  33.95 
 
 		 218 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.158059  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0265  phosphate uptake regulator, PhoU  30.77 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.953672  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0892  phosphate uptake regulator, PhoU  34.26 
 
 		 238 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2451  transcriptional regulator PhoU  31.94 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.509556  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2971  phosphate uptake regulator, PhoU  34.27 
 
 		 222 aa  129  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3625  phosphate uptake regulator, PhoU  34.1 
 
 		 240 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1276  phosphate uptake regulator, PhoU  33.18 
 
 		 235 aa  128  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1906  phosphate uptake regulator, PhoU  34.76 
 
 		 218 aa  128  6e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2022  phosphate uptake regulator, PhoU  34.42 
 
 		 237 aa  128  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0780  phosphate uptake regulator, PhoU  33.18 
 
 		 238 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.287945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4919  phosphate uptake regulator, PhoU  34.72 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0201  phosphate uptake regulator, PhoU  32.42 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0123  phosphate uptake regulator, PhoU  32.42 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325627 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1714  phosphate uptake regulator, PhoU  34.42 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0605857  normal  0.609426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1990  phosphate uptake regulator, PhoU  35.19 
 
 		 238 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48560  phosphate transport system regulatory protein PhoU  34.11 
 
 		 247 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0182  phosphate uptake regulator, PhoU  32.42 
 
 		 237 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0748  phosphate uptake regulator, PhoU  34.45 
 
 		 216 aa  125  6e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00678381  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0835  phosphate uptake regulator, PhoU  32.71 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00587435 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1258  phosphate uptake regulator, PhoU  35.32 
 
 		 236 aa  125  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.508687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1238  phosphate uptake regulator, PhoU  35.05 
 
 		 219 aa  125  7e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.17919  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5256  phosphate uptake regulator, PhoU  31.96 
 
 		 237 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0641266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5184  phosphate uptake regulator, PhoU  31.96 
 
 		 237 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0700  phosphate uptake regulator, PhoU  34.58 
 
 		 219 aa  124  8.000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4717  phosphate transport system regulatory protein PhoU  31.96 
 
 		 237 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5483  phosphate transport system protein PhoU  32.72 
 
 		 253 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0510  hypothetical protein  34.26 
 
 		 238 aa  124  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.487232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2340  phosphate uptake regulator, PhoU  33.8 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.521848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0011  phosphate uptake regulator, PhoU  33.33 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.222321  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1533  phosphate transporter PhoU  34.82 
 
 		 235 aa  123  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4348  phosphate transport system regulatory protein PhoU, putative  35.89 
 
 		 218 aa  123  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2163  phosphate uptake regulator, PhoU  33.18 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125702  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0130  phosphate uptake regulator, PhoU  32.55 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3264  phosphate uptake regulator, PhoU  30.33 
 
 		 239 aa  123  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2181  phosphate uptake regulator PhoU  33.93 
 
 		 234 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0172  phosphate uptake regulator, PhoU  31.67 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2870  phosphate uptake regulator, PhoU  32.85 
 
 		 220 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.905503  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5325  phosphate transporter PhoU  32.72 
 
 		 256 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0100793 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0987  phosphate transport system regulatory protein PhoU  33.49 
 
 		 217 aa  122  3e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.188055  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4401  putative phosphate transport system regulatory protein PhoU  35.89 
 
 		 228 aa  122  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_150  phosphate transport system regulatory protein  37.62 
 
 		 221 aa  122  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5037  hypothetical protein  32.72 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.638399  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5372  phosphate uptake regulator, PhoU  32.72 
 
 		 256 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411001 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0639  phosphate uptake regulator, PhoU  34.26 
 
 		 238 aa  122  3e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0608  phosphate transport system regulatory protein PhoU  33.5 
 
 		 217 aa  122  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00182216  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5233  phosphate uptake regulator, PhoU  32.72 
 
 		 256 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2279  phosphate uptake regulator, PhoU  33.64 
 
 		 216 aa  122  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0959  phosphate uptake regulator, PhoU  34.4 
 
 		 219 aa  122  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2293  phosphate uptake regulator, PhoU  32.57 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.612527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0622  phosphate transport system regulatory protein PhoU  33.5 
 
 		 217 aa  122  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00632575  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>