More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1258 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1258  phosphate uptake regulator, PhoU  100 
 
 
236 aa  473  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.508687  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2600  phosphate uptake regulator, PhoU  70.82 
 
 
241 aa  339  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1258  phosphate uptake regulator, PhoU  70.82 
 
 
241 aa  339  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1923  phosphate uptake regulator, PhoU  71.74 
 
 
242 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.602202  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1537  phosphate transport system protein  69.57 
 
 
237 aa  328  3e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4326  phosphate uptake regulator, PhoU  67.98 
 
 
236 aa  313  1.9999999999999998e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545829  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2293  phosphate uptake regulator, PhoU  64.16 
 
 
236 aa  303  2.0000000000000002e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.612527  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0602  phosphate uptake regulator, PhoU  47.35 
 
 
243 aa  209  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.226674  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5256  phosphate uptake regulator, PhoU  47.32 
 
 
237 aa  206  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0641266  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7424  phosphate uptake regulator, PhoU  46.9 
 
 
239 aa  205  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6686  phosphate uptake regulator, PhoU  46.46 
 
 
240 aa  204  8e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0844932  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0398  phosphate uptake regulator, PhoU  47.39 
 
 
238 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5184  phosphate uptake regulator, PhoU  47.09 
 
 
237 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4717  phosphate transport system regulatory protein PhoU  47.09 
 
 
237 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.286694 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2340  phosphate uptake regulator, PhoU  46.46 
 
 
239 aa  201  7e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.521848  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0123  phosphate uptake regulator, PhoU  46.75 
 
 
237 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.325627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0182  phosphate uptake regulator, PhoU  45.8 
 
 
237 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0172  phosphate uptake regulator, PhoU  45.8 
 
 
237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165453  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0488  phosphate transport system regulatory protein PhoU  45.06 
 
 
235 aa  195  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.18906  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3412  phosphate uptake regulator, PhoU  46.22 
 
 
243 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.795673 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0822  phosphate uptake regulator, PhoU  46.15 
 
 
240 aa  192  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591011  hitchhiker  0.00503775 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0201  phosphate uptake regulator, PhoU  44.98 
 
 
242 aa  189  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440997  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2950  phosphate uptake regulator, PhoU  45.09 
 
 
239 aa  188  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0835  phosphate uptake regulator, PhoU  45.05 
 
 
236 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00587435 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0767  phosphate uptake regulator, PhoU  44.05 
 
 
240 aa  184  7e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0148031  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2142  phosphate transport system regulatory protein PhoU  44.05 
 
 
240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2057  phosphate transport system regulatory protein PhoU  44.05 
 
 
240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1542  phosphate uptake regulator, PhoU  39.91 
 
 
234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0547661  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0639  phosphate uptake regulator, PhoU  43.91 
 
 
238 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1990  phosphate uptake regulator, PhoU  43.91 
 
 
238 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0011  phosphate uptake regulator, PhoU  45.69 
 
 
242 aa  181  9.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.222321  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1350  phosphate regulon transcriptional regulator  41.41 
 
 
240 aa  179  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.026739  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3544  phosphate uptake regulator, PhoU  41.38 
 
 
256 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.506855  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1286  phosphate uptake regulator, PhoU  41.41 
 
 
240 aa  179  2e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4547  phosphate uptake regulator, PhoU  41.89 
 
 
229 aa  178  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678112  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0780  phosphate uptake regulator, PhoU  43.17 
 
 
238 aa  177  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.287945 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1307  phosphate uptake regulator, PhoU  42.17 
 
 
235 aa  177  9e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.226837 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00536  phosphate transport system regulatory protein PhoU  42.54 
 
 
236 aa  177  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.110007  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4919  phosphate uptake regulator, PhoU  42.61 
 
 
239 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0510  hypothetical protein  43.04 
 
 
238 aa  175  6e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.487232 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2687  phosphate uptake regulator, PhoU  43.98 
 
 
231 aa  175  6e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0840581  normal  0.852923 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3576  phosphate uptake regulator, PhoU  46.09 
 
 
232 aa  175  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0892  phosphate uptake regulator, PhoU  42.73 
 
 
238 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5262  phosphate uptake regulator, PhoU  42.29 
 
 
238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3117  phosphate uptake regulator, PhoU  40 
 
 
234 aa  171  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.585921  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2280  phosphate uptake regulator, PhoU  42.67 
 
 
228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0285843  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2022  phosphate uptake regulator, PhoU  41.74 
 
 
237 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.190943  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1714  phosphate uptake regulator, PhoU  41.74 
 
 
237 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0605857  normal  0.609426 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0622  phosphate uptake regulator, PhoU  40.09 
 
 
222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1533  phosphate transporter PhoU  40.37 
 
 
235 aa  161  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3273  phosphate uptake regulator, PhoU  40.97 
 
 
233 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0870914  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1224  phosphate transport system regulatory protein PhoU  40.17 
 
 
240 aa  159  4e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.123271  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3314  phosphate uptake regulator, PhoU  38.6 
 
 
233 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00113393  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3566  phosphate uptake regulator, PhoU  38.79 
 
 
229 aa  158  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3625  phosphate uptake regulator, PhoU  40.09 
 
 
240 aa  158  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3264  phosphate uptake regulator, PhoU  39.44 
 
 
239 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4144  phosphate uptake regulator, PhoU  38.96 
 
 
233 aa  155  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2181  phosphate uptake regulator PhoU  38.07 
 
 
234 aa  154  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1848  phosphate uptake regulator, PhoU  39.35 
 
 
223 aa  154  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5037  hypothetical protein  38.79 
 
 
253 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.638399  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2163  phosphate uptake regulator, PhoU  37.61 
 
 
234 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125702  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3161  phosphate uptake regulator, PhoU  38.97 
 
 
224 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.997477  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4141  transcriptional regulator PhoU  37.67 
 
 
241 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1276  phosphate uptake regulator, PhoU  37.9 
 
 
235 aa  153  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1275  phosphate uptake regulator, PhoU  37.61 
 
 
234 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1717  phosphate uptake regulator, PhoU  39.81 
 
 
223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0823  phosphate uptake regulator, PhoU  37.61 
 
 
234 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4118  phosphate uptake regulator, PhoU  38.96 
 
 
233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1304  phosphate uptake regulator, PhoU  37.61 
 
 
234 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1080  phosphate uptake regulator, PhoU  39.34 
 
 
219 aa  152  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0158991  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2769  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.07 
 
 
234 aa  152  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.338608  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4002  phosphate uptake regulator, PhoU  38.53 
 
 
233 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.584217  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0571  phosphate uptake regulator, PhoU  40.67 
 
 
217 aa  152  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000468215  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0025  phosphate uptake regulator, PhoU  39.45 
 
 
233 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115861 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0130  phosphate uptake regulator, PhoU  38.14 
 
 
235 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1658  phosphate uptake regulator, PhoU  38.81 
 
 
235 aa  151  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.764338 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0183  phosphate uptake regulator, PhoU  38.32 
 
 
242 aa  151  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2506  phosphate uptake regulator, PhoU  39.35 
 
 
223 aa  151  7e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5483  phosphate transport system protein PhoU  38.79 
 
 
253 aa  151  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5372  phosphate uptake regulator, PhoU  37.38 
 
 
256 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.411001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5325  phosphate transporter PhoU  37.38 
 
 
256 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0100793 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5233  phosphate uptake regulator, PhoU  37.38 
 
 
256 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0435  phosphate uptake regulator, PhoU  39.19 
 
 
235 aa  151  8.999999999999999e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2810  phosphate uptake regulator, PhoU  36.99 
 
 
234 aa  150  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1193  phosphate uptake regulator, PhoU  37.16 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.132592  normal  0.461227 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0784  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.07 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.701508  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1489  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.07 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1622  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.07 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1525  phosphate uptake regulator, PhoU  38.16 
 
 
230 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.874446  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4447  phosphate uptake regulator, PhoU  37.16 
 
 
234 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0573  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.07 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.219505  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0578  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.07 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141913  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1295  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.07 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.617631  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2016  phosphate uptake regulator, PhoU  37.16 
 
 
234 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.83984  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2315  phosphate uptake regulator, PhoU  36.29 
 
 
233 aa  150  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1181  phosphate uptake regulator, PhoU  37.16 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.449533  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1514  phosphate uptake regulator, PhoU  38.25 
 
 
223 aa  150  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.875491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1519  phosphate transport system regulatory protein PhoU  38.07 
 
 
234 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2562  phosphate uptake regulator, PhoU  38.25 
 
 
223 aa  150  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000003122  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1991  phosphate uptake regulator, PhoU  42.58 
 
 
217 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>