More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2666 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2666  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  100 
 
 
423 aa  873    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.892577  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3054  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  51.95 
 
 
437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.613085  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2667  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  46.21 
 
 
442 aa  362  6e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.235578  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3053  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  45.23 
 
 
450 aa  362  9e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7097  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  30.27 
 
 
443 aa  209  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000373438  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3819  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  33.03 
 
 
445 aa  168  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.081272  normal  0.267024 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1114  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  37.42 
 
 
605 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1070  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  23.89 
 
 
593 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0359  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  32.08 
 
 
598 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3595  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  30.37 
 
 
607 aa  107  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0161652  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2141  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  31.65 
 
 
624 aa  104  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2411  MutS domain-containing protein  28.44 
 
 
595 aa  102  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.133991  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2123  MutS domain-containing protein  28.44 
 
 
595 aa  102  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0988  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.36 
 
 
615 aa  99.8  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.928875  normal  0.94372 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1769  DNA mismatch repair protein MutS  26.97 
 
 
846 aa  98.2  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1004  DNA mismatch repair protein MutS  28.4 
 
 
817 aa  97.1  5e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1768  DNA mismatch repair protein MutS  26.56 
 
 
846 aa  95.5  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0247  DNA mismatch repair protein MutS-like protein  30.09 
 
 
601 aa  95.1  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2469  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  32.21 
 
 
626 aa  93.6  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2547  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.86 
 
 
597 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2451  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.86 
 
 
597 aa  94  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.412357  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0913  DNA mismatch repair protein MutS  34.64 
 
 
882 aa  93.6  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3383  DNA mismatch repair protein MutS  27.84 
 
 
856 aa  91.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.130934  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2027  MutS-like mismatch repair protein, ATPase  28.96 
 
 
596 aa  91.3  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA07480  DNA mismatch repair protein MSH2, putative  26.28 
 
 
965 aa  90.5  5e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.271772  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3263  DNA mismatch repair protein MutS  24.68 
 
 
889 aa  90.5  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0156  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  28.18 
 
 
586 aa  90.1  7e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3182  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  31.75 
 
 
618 aa  89.7  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0299  DNA mismatch repair protein MutS  33.73 
 
 
873 aa  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.391446  normal  0.153174 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81012  Mismatch repair ATPase MSH6 (MutS family)  28.12 
 
 
1212 aa  88.2  2e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0833152 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1202  DNA mismatch repair protein MutS  27.35 
 
 
860 aa  87.4  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000170445  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1619  DNA mismatch repair protein MutS  25.73 
 
 
897 aa  87  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.510747 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3145  DNA mismatch repair protein MutS  27.18 
 
 
939 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0706  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  29.15 
 
 
438 aa  85.1  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.574952  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2612  DNA mismatch repair protein MutS  27.18 
 
 
939 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1671  DNA mismatch repair protein MutS  27.18 
 
 
891 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207117  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2424  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  27.18 
 
 
594 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720949  normal  0.166887 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2559  DNA mismatch repair protein MutS  27.18 
 
 
891 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1104  MutS2 family protein  28.45 
 
 
750 aa  85.1  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1446  DNA mismatch repair protein MutS  27.18 
 
 
939 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.350724  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2173  DNA mismatch repair protein MutS  27.18 
 
 
939 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.01775  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002517  DNA mismatch repair protein MutS  25.52 
 
 
853 aa  84.7  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.919799  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1355  DNA mismatch repair protein MutS  25.78 
 
 
872 aa  84.3  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.653089  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1913  DNA mismatch repair protein MutS  26.67 
 
 
893 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.396246  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0335  DNA mismatch repair protein MutS  29.25 
 
 
815 aa  84  0.000000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.213975  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1381  DNA mismatch repair protein MutS  25.78 
 
 
872 aa  84.3  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.640627  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2691  DNA mismatch repair protein MutS  26.67 
 
 
938 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0407651  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0063  DNA mismatch repair protein MutS  24.69 
 
 
862 aa  83.2  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1466  DNA mismatch repair protein MutS  34.31 
 
 
872 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0863  DNA mismatch repair protein MutS  25.78 
 
 
873 aa  82.8  0.00000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.462297  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0190  DNA mismatch repair protein MutS  26.5 
 
 
820 aa  82.8  0.00000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1061  DNA mismatch repair protein MutS  25.96 
 
 
861 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1299  DNA mismatch repair protein MutS  30.15 
 
 
914 aa  82.8  0.00000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.141225  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0355  DNA mismatch repair protein MutS  30.94 
 
 
910 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0171458 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1194  DNA mismatch repair protein MutS  23.65 
 
 
859 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3734  DNA mismatch repair protein MutS  28.22 
 
 
883 aa  82  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648477  decreased coverage  0.000000000582755 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1437  DNA mismatch repair protein MutS  29.31 
 
 
905 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.402439  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03515  DNA mismatch repair protein MutS  25.94 
 
 
853 aa  81.6  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0622  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  37.72 
 
 
112 aa  80.5  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000499338  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2101  DNA mismatch repair protein MutS  26.27 
 
 
858 aa  80.1  0.00000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_49314  predicted protein  26.21 
 
 
916 aa  80.1  0.00000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0725595  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1282  DNA mismatch repair protein MutS  24.89 
 
 
862 aa  80.1  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01708  protein required for mismatch repair in mitosis and meiosis (Eurofung)  29.32 
 
 
1186 aa  79.7  0.00000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3424  DNA mismatch repair protein MutS  26.8 
 
 
851 aa  79.7  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1424  DNA mismatch repair protein MutS  27.83 
 
 
872 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000138373  normal  0.619301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4137  DNA mismatch repair protein MutS  25.21 
 
 
872 aa  79.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.757749  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0833  DNA mismatch repair protein MutS  27.15 
 
 
851 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1617  DNA mismatch repair protein MutS  26.67 
 
 
878 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.387168 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1486  DNA mismatch repair protein MutS  27.59 
 
 
867 aa  79.7  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.387316  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0948  DNA mismatch repair protein MutS  27.55 
 
 
868 aa  79.7  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2761  DNA mismatch repair protein MutS  30.52 
 
 
904 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.572948  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2743  DNA mismatch repair protein MutS  34.46 
 
 
868 aa  78.2  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2095  DNA mismatch repair protein MutS  25.1 
 
 
903 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2520  DNA mismatch repair protein MutS  26.67 
 
 
894 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00821283  hitchhiker  0.000000391787 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3059  DNA mismatch repair protein MutS  23.87 
 
 
855 aa  79  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.725135 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2085  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  29.23 
 
 
536 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00891152  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3211  DNA mismatch repair protein MutS  24.69 
 
 
853 aa  78.6  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.864311  normal  0.594165 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3292  DNA mismatch repair protein MutS  26.29 
 
 
851 aa  78.2  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1160  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  25.33 
 
 
554 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2122  DNA mismatch repair protein MutS domain-containing protein  29.23 
 
 
536 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0365547  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3142  DNA mismatch repair protein MutS  25.89 
 
 
852 aa  79  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1576  DNA mismatch repair protein MutS  29.5 
 
 
854 aa  78.6  0.0000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1166  MutS2 family protein  29.23 
 
 
761 aa  78.6  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.690197  normal  0.0205926 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1181  DNA mismatch repair protein MutS  33.58 
 
 
927 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03081  DNA mismatch repair protein(MutS)  25.74 
 
 
863 aa  77.8  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2735  DNA mismatch repair protein MutS  27.32 
 
 
850 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2957  DNA mismatch repair protein MutS  23.33 
 
 
854 aa  78.2  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1510  DNA mismatch repair protein MutS  30.27 
 
 
870 aa  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101093  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1002  DNA mismatch repair protein  31.43 
 
 
858 aa  78.2  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0956  DNA mismatch repair protein MutS  26.29 
 
 
851 aa  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1256  DNA mismatch repair protein MutS  26.83 
 
 
887 aa  78.2  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.280018  hitchhiker  0.00178613 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2791  DNA mismatch repair protein MutS  31.17 
 
 
864 aa  78.2  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0656  DNA mismatch repair protein MutS domain protein  35.43 
 
 
604 aa  77.8  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3098  DNA mismatch repair protein MutS  23.46 
 
 
855 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603568  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02590  mismatch repair-related protein, putative  29.59 
 
 
1205 aa  77.4  0.0000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.102659  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3030  DNA mismatch repair protein MutS  23.46 
 
 
855 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3114  DNA mismatch repair protein MutS  23.46 
 
 
855 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0090493 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3218  DNA mismatch repair protein MutS  23.46 
 
 
855 aa  77.4  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.864156  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18351  DNA mismatch repair protein MutS  23.64 
 
 
913 aa  77  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0068  DNA mismatch repair protein MutS  30.64 
 
 
852 aa  77  0.0000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>