More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1170 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1170  30S ribosomal protein S13  100 
 
 		 124 aa  248  2e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.716485  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0374  30S ribosomal protein S13  81.45 
 
 		 124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05835  30S ribosomal protein S13  79.03 
 
 		 124 aa  207  3e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.147231  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5763  30S ribosomal protein S13  71.2 
 
 		 125 aa  187  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3139  30S ribosomal protein S13  69.6 
 
 		 125 aa  184  2e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111016  normal  0.558725 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0626  ribosomal protein S13  69.6 
 
 		 125 aa  183  7e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4367  30S ribosomal protein S13  70.4 
 
 		 125 aa  178  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.128251  normal  0.316218 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1639  ribosomal protein S13  68.8 
 
 		 126 aa  178  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.43506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0136  30S ribosomal protein S13  68.6 
 
 		 121 aa  174  5e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000207382  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0132  30S ribosomal protein S13  66.94 
 
 		 121 aa  171  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0892  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 		 122 aa  171  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000337976  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0173  30S ribosomal protein S13  69.75 
 
 		 126 aa  167  4e-41  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.190252 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2253  30S ribosomal protein S13  67.77 
 
 		 121 aa  167  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025499  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2294  30S ribosomal protein S13  67.77 
 
 		 121 aa  167  5e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0866  ribosomal protein S13  64 
 
 		 126 aa  166  9e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.336367  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1914  30S ribosomal protein S13  71.54 
 
 		 126 aa  165  2e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2399  30S ribosomal protein S13  64.23 
 
 		 125 aa  164  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000797962  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1843  30S ribosomal protein S13  64 
 
 		 126 aa  164  5e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1807  30S ribosomal protein S13  66.12 
 
 		 121 aa  163  6.9999999999999995e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.258513  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0129  30S ribosomal protein S13  61.16 
 
 		 121 aa  161  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000082296  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0135  30S ribosomal protein S13  61.16 
 
 		 121 aa  161  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000332211  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0166  30S ribosomal protein S13  61.16 
 
 		 121 aa  161  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000872047  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2594  30S ribosomal protein S13  59.2 
 
 		 126 aa  161  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0246557  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0148  30S ribosomal protein S13  60.33 
 
 		 121 aa  161  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.03785e-60 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0135  30S ribosomal protein S13  60.33 
 
 		 121 aa  161  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000270668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0130  30S ribosomal protein S13  60.33 
 
 		 121 aa  161  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  5.1035300000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0128  30S ribosomal protein S13  60.33 
 
 		 121 aa  161  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000380498  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0135  30S ribosomal protein S13  60.33 
 
 		 121 aa  161  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000525555  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0156  30S ribosomal protein S13  60.33 
 
 		 121 aa  161  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000111603  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5170  30S ribosomal protein S13  60.33 
 
 		 121 aa  159  9e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000106186  unclonable  6.58795e-26 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2882  30S ribosomal protein S13  60.8 
 
 		 126 aa  159  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.617187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0338  ribosomal protein S13  63.64 
 
 		 121 aa  159  1e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2929  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 		 123 aa  159  1e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141788  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2205  30S ribosomal protein S13  62.6 
 
 		 125 aa  159  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000397378  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3642  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 		 122 aa  158  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195969  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0130  30S ribosomal protein S13  58.68 
 
 		 121 aa  158  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000556039  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3970  ribosomal protein S13  62.81 
 
 		 121 aa  156  7e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0204  30S ribosomal protein S13  62.6 
 
 		 125 aa  156  7e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0220  SSU ribosomal protein S13P  59.5 
 
 		 121 aa  156  8e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.953183 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1499  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 		 123 aa  155  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4937  30S ribosomal protein S13  57.94 
 
 		 127 aa  156  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000115792  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0784  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 		 122 aa  155  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0056634  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2988  30S ribosomal protein S13  57.6 
 
 		 125 aa  155  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.24286  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0590  30S ribosomal protein S13  59.2 
 
 		 126 aa  154  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.635023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2307  30S ribosomal protein S13  56.56 
 
 		 122 aa  154  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00023627  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0341  30S ribosomal protein S13  60.34 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000179312  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2666  30S ribosomal protein S13  57.38 
 
 		 122 aa  154  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0511  30S ribosomal protein S13  58.4 
 
 		 125 aa  154  4e-37  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1579  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 		 124 aa  153  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0447  30S ribosomal protein S13  59.84 
 
 		 123 aa  153  8e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.219651  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2688  30S ribosomal protein S13  61.98 
 
 		 121 aa  153  8e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2373  30S ribosomal protein S13  61.98 
 
 		 121 aa  153  8e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.768244  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2686  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 		 122 aa  152  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000961805  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0240  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 		 123 aa  152  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.696841  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl148  30S ribosomal protein S13  57.02 
 
 		 121 aa  152  2e-36  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142424  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01420  ribosomal protein S13  60.68 
 
 		 122 aa  152  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000243035  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1158  ribosomal protein S13  59.2 
 
 		 125 aa  152  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000034359  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4668  30S ribosomal protein S13  59.48 
 
 		 118 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000130627  unclonable  0.00000000812252 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0650  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 		 122 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.221495  hitchhiker  0.00000484055 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3729  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  151  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00146964  hitchhiker  0.00425653 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1459  30S ribosomal protein S13  61.16 
 
 		 121 aa  151  2.9999999999999998e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000394716  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0427  30S ribosomal protein S13  58.62 
 
 		 118 aa  151  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.621258  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1089  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 		 122 aa  150  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0717686  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1924  30S ribosomal protein S13  54.4 
 
 		 125 aa  150  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38502  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0957  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 		 122 aa  150  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.787526  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3304  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 		 122 aa  150  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0001925 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0703  30S ribosomal protein S13  59.84 
 
 		 122 aa  150  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885174  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2152  30S ribosomal protein S13  58.62 
 
 		 118 aa  150  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000893121  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4297  30S ribosomal protein S13  58.62 
 
 		 118 aa  150  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000201851  unclonable  0.0000000000355605 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0235  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  150  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000771174  unclonable  0.00000829235 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001720  SSU ribosomal protein S13p (S18e)  57.76 
 
 		 118 aa  149  8.999999999999999e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000208001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03149  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0567144  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053345  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2834  30S ribosomal protein S13  57.38 
 
 		 122 aa  149  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.161157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3784  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0191543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0415  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000337677  unclonable  0.000000013853 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3684  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000603669  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0725  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 		 122 aa  149  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.848573  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4620  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000695624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03100  hypothetical protein  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0375392  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3781  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000117376  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3686  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0131343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3614  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00105943  normal  0.48549 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3721  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0277516  normal  0.14692 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3613  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000260189  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3593  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00190616  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3492  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957981  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1567  30S ribosomal protein S13  56.56 
 
 		 122 aa  148  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0795251  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1251  30S ribosomal protein S13  60.8 
 
 		 127 aa  148  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00631403  normal  0.17118 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0081  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 		 118 aa  149  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000227347  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0170  30S ribosomal protein S13  58.62 
 
 		 118 aa  148  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000107267  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0275  30S ribosomal protein S13  56.8 
 
 		 125 aa  148  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0250  30S ribosomal protein S13  55.3 
 
 		 132 aa  148  3e-35  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1386  30S ribosomal protein S13  56.56 
 
 		 122 aa  148  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3982  30S ribosomal protein S13  56.2 
 
 		 127 aa  148  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0746926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0981  30S ribosomal protein S13  55.17 
 
 		 118 aa  147  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000395911  hitchhiker  0.00390271 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf414  30S ribosomal protein S13  60.83 
 
 		 122 aa  147  4e-35  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3426  30S ribosomal protein S13  55.74 
 
 		 122 aa  147  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.968346  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_441  ribosomal protein S13  56.25 
 
 		 129 aa  147  5e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306085  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1370  ribosomal protein S13  59.02 
 
 		 122 aa  147  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0625987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>