More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1567 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1567  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
122 aa  243  8e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0795251  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1386  30S ribosomal protein S13  98.36 
 
 
122 aa  240  3.9999999999999997e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2317  30S ribosomal protein S13  93.44 
 
 
122 aa  231  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572032  normal  0.403503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3426  30S ribosomal protein S13  91.8 
 
 
122 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.968346  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3162  30S ribosomal protein S13  92.62 
 
 
122 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548712  normal  0.297498 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3644  30S ribosomal protein S13  91.8 
 
 
122 aa  228  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.17106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5048  30S ribosomal protein S13  90.16 
 
 
122 aa  221  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0590197  normal  0.99624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4776  ribosomal protein S13  88.52 
 
 
122 aa  221  4e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000216682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0331  30S ribosomal protein S13  86.07 
 
 
122 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352213  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1930  30S ribosomal protein S13  86.07 
 
 
122 aa  210  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1008  30S ribosomal protein S13  85.25 
 
 
122 aa  210  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.836667  normal  0.0493097 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0720  30S ribosomal protein S13  82.79 
 
 
122 aa  209  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.401773  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1452  30S ribosomal protein S13  84.43 
 
 
122 aa  209  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0642708  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2758  ribosomal protein S13  83.61 
 
 
122 aa  208  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.221978 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2989  30S ribosomal protein S13  86.89 
 
 
122 aa  208  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.183417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2194  30S ribosomal protein S13  85.25 
 
 
122 aa  207  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.122574  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1354  30S ribosomal protein S13  84.43 
 
 
122 aa  207  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0146999  normal  0.399807 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1978  30S ribosomal protein S13  86.07 
 
 
122 aa  207  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.234  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2142  30S ribosomal protein S13  85.25 
 
 
122 aa  207  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1656  30S ribosomal protein S13  86.07 
 
 
122 aa  206  8e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.819734  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2457  30S ribosomal protein S13  84.43 
 
 
122 aa  206  9e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2179  30S ribosomal protein S13  84.43 
 
 
122 aa  206  9e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.980549  normal  0.303897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2036  30S ribosomal protein S13  84.43 
 
 
122 aa  206  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.818597  normal  0.51135 
 
 
-
 
NC_004310  BR1211  30S ribosomal protein S13  85.25 
 
 
122 aa  204  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1174  30S ribosomal protein S13  85.25 
 
 
122 aa  204  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.119406  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1865  30S ribosomal protein S13  82.79 
 
 
122 aa  203  8e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1636  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 
122 aa  198  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556196  normal  0.0187712 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1773  30S ribosomal protein S13  81.97 
 
 
122 aa  197  5e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.540759  normal  0.275864 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2988  30S ribosomal protein S13  77.05 
 
 
125 aa  193  5.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.24286  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2666  30S ribosomal protein S13  75.41 
 
 
122 aa  189  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2529  30S ribosomal protein S13  77.05 
 
 
122 aa  189  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.186837  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0567  30S ribosomal protein S13  77.05 
 
 
122 aa  188  2e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.625639 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1328  30S ribosomal protein S13  78.69 
 
 
122 aa  187  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.74324 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2512  30S ribosomal protein S13  78.69 
 
 
122 aa  186  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0782  30S ribosomal protein S13  78.69 
 
 
122 aa  187  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.630132  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1737  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 
122 aa  185  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0383  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 
122 aa  185  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.087289  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1924  30S ribosomal protein S13  73.77 
 
 
125 aa  185  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38502  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0277  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 
122 aa  184  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.630615 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0615  30S ribosomal protein S13  76.23 
 
 
122 aa  184  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0307  30S ribosomal protein S13  72.13 
 
 
147 aa  176  7e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.322221 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0869  30S ribosomal protein S13  68.85 
 
 
122 aa  170  6.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000182214  hitchhiker  0.00600411 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0650  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
122 aa  167  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.221495  hitchhiker  0.00000484055 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0892  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 
122 aa  166  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000337976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0703  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
122 aa  166  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885174  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2834  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  165  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.161157  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1370  ribosomal protein S13  63.11 
 
 
122 aa  162  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0625987  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1579  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
124 aa  162  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743687  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3982  30S ribosomal protein S13  63.78 
 
 
127 aa  161  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0746926  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0220  SSU ribosomal protein S13P  61.16 
 
 
121 aa  160  5.0000000000000005e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.953183 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0784  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  160  5.0000000000000005e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0056634  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0957  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
122 aa  160  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.787526  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3304  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
122 aa  160  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0001925 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1843  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 
126 aa  160  6e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1089  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
122 aa  160  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0717686  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2686  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
122 aa  160  7e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000961805  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0591  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
123 aa  159  1e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000407723  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0430  30S ribosomal protein S13  65.85 
 
 
123 aa  159  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1158  ribosomal protein S13  63.11 
 
 
125 aa  158  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000034359  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0683  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  157  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2294  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
121 aa  156  9e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2253  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
121 aa  156  9e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025499  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1742  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  156  9e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0498579  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0447  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
123 aa  155  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.219651  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0725  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
122 aa  155  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.848573  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4937  30S ribosomal protein S13  61.79 
 
 
127 aa  155  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000115792  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0423  ribosomal protein S13  63.11 
 
 
125 aa  155  1e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2307  30S ribosomal protein S13  59.84 
 
 
122 aa  156  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00023627  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2929  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
123 aa  156  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141788  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2594  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
126 aa  155  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0246557  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2042  30S ribosomal protein S13  60.83 
 
 
128 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.643752  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1499  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
123 aa  155  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1957  30S ribosomal protein S13  61.54 
 
 
128 aa  154  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1922  30S ribosomal protein S13  61.54 
 
 
128 aa  154  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1935  30S ribosomal protein S13  62.5 
 
 
127 aa  154  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.610956 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1807  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
121 aa  154  4e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.258513  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2042  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
123 aa  154  5.0000000000000005e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00070968  hitchhiker  0.000175358 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0102  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
122 aa  154  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.158693 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3642  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 
122 aa  154  6e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195969  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2882  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
126 aa  153  7e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.617187  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0521  30S ribosomal protein S13  65.25 
 
 
118 aa  153  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.148461  unclonable  0.0000000000153746 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0351  30S ribosomal protein S13  65.25 
 
 
118 aa  153  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.069435  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2234  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
122 aa  153  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0240  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 
123 aa  152  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.696841  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0250  ribosomal protein S13  56.56 
 
 
123 aa  152  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000527618  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2399  30S ribosomal protein S13  60 
 
 
125 aa  150  5e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000797962  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1136  ribosomal protein S13  57.38 
 
 
122 aa  150  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000957458  normal  0.0444923 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1005  30S ribosomal protein S13  55.74 
 
 
124 aa  150  7e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000343576  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0311  ribosomal protein S13  56.56 
 
 
123 aa  149  8e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.860174  normal  0.358609 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0136  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  149  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000207382  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0132  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
121 aa  149  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2434  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 
123 aa  149  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0130  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
121 aa  149  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000556039  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0480  30S ribosomal protein S13  61.67 
 
 
119 aa  149  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2205  30S ribosomal protein S13  60.83 
 
 
125 aa  149  1e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000397378  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1170  30S ribosomal protein S13  56.56 
 
 
124 aa  148  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.716485  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5170  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
121 aa  147  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000106186  unclonable  6.58795e-26 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2752  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 
123 aa  147  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0374  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 
124 aa  147  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3672  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 
122 aa  147  4e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>