More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3139 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3139  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
125 aa  254  3e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111016  normal  0.558725 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4367  30S ribosomal protein S13  79.2 
 
 
125 aa  208  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.128251  normal  0.316218 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5763  30S ribosomal protein S13  77.6 
 
 
125 aa  202  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0626  ribosomal protein S13  76 
 
 
125 aa  201  3e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1639  ribosomal protein S13  68.8 
 
 
126 aa  188  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.43506  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1170  30S ribosomal protein S13  69.6 
 
 
124 aa  184  2e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.716485  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0374  30S ribosomal protein S13  71.2 
 
 
124 aa  181  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05835  30S ribosomal protein S13  68.8 
 
 
124 aa  177  4e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.147231  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0173  30S ribosomal protein S13  70.59 
 
 
126 aa  177  4e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.190252 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2399  30S ribosomal protein S13  64.23 
 
 
125 aa  172  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000797962  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2205  30S ribosomal protein S13  64.23 
 
 
125 aa  170  5e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000397378  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1914  30S ribosomal protein S13  71.54 
 
 
126 aa  164  2.9999999999999998e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0892  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 
122 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000337976  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0204  30S ribosomal protein S13  60.16 
 
 
125 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000318414  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1827  30S ribosomal protein S13  64.04 
 
 
125 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0866  ribosomal protein S13  58.4 
 
 
126 aa  161  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.336367  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1843  30S ribosomal protein S13  62.4 
 
 
126 aa  159  8.000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0511  30S ribosomal protein S13  60 
 
 
125 aa  158  2e-38  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0313  30S ribosomal protein S13  63.16 
 
 
125 aa  158  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000333021  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0784  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
122 aa  158  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0056634  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0725  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 
122 aa  157  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.848573  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1579  30S ribosomal protein S13  57.38 
 
 
124 aa  157  6e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743687  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0132  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 
121 aa  156  8e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2307  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 
122 aa  156  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00023627  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0447  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
123 aa  155  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.219651  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3642  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
122 aa  155  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195969  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4937  30S ribosomal protein S13  60.32 
 
 
127 aa  155  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000115792  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1742  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
122 aa  155  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0498579  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0650  30S ribosomal protein S13  59.84 
 
 
122 aa  154  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.221495  hitchhiker  0.00000484055 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1158  ribosomal protein S13  59.2 
 
 
125 aa  154  3e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000034359  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0240  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 
123 aa  154  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.696841  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1499  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 
123 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0338  ribosomal protein S13  62.3 
 
 
121 aa  153  6e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2042  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 
123 aa  153  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00070968  hitchhiker  0.000175358 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2040  30S ribosomal protein S13  60.53 
 
 
125 aa  153  7e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000297672  normal  0.161129 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0136  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
121 aa  153  8e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000207382  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5170  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  152  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000106186  unclonable  6.58795e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0166  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
121 aa  151  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000872047  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0135  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
121 aa  151  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000332211  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0957  30S ribosomal protein S13  59.84 
 
 
122 aa  152  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.787526  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0129  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
121 aa  151  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000082296  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0130  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  152  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000556039  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2666  30S ribosomal protein S13  59.84 
 
 
122 aa  152  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2434  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
123 aa  151  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0266  30S ribosomal protein S13  60.87 
 
 
116 aa  151  2e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2686  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 
122 aa  152  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000961805  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0730  30S ribosomal protein S13  57.76 
 
 
127 aa  151  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000175069  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3304  30S ribosomal protein S13  59.84 
 
 
122 aa  152  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0001925 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2834  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 
122 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.161157  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2929  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 
123 aa  151  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141788  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0590  30S ribosomal protein S13  58.4 
 
 
126 aa  150  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.635023  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0135  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  150  4e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000270668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0130  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  150  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  5.1035300000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0128  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  150  4e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000380498  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2234  30S ribosomal protein S13  57.38 
 
 
122 aa  150  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0135  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  150  4e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000525555  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1754  30S ribosomal protein S13  60.68 
 
 
122 aa  150  4e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0137496  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1011  30S ribosomal protein S13  60.68 
 
 
122 aa  150  4e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.452762  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0148  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  150  4e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.03785e-60 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0156  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  150  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000111603  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0092  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 
121 aa  150  4e-36  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0157087  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3982  30S ribosomal protein S13  55.37 
 
 
127 aa  150  5.9999999999999996e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0746926  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0683  30S ribosomal protein S13  57.38 
 
 
122 aa  150  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1764  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 
121 aa  150  7e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1945  30S ribosomal protein S13  59.17 
 
 
121 aa  150  7e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.260742  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0220  SSU ribosomal protein S13P  56.2 
 
 
121 aa  150  8e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.953183 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2988  30S ribosomal protein S13  56.8 
 
 
125 aa  149  8.999999999999999e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.24286  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0208  30S ribosomal protein S13  59.83 
 
 
127 aa  149  1e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.681731  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1945  30S ribosomal protein S13  57.38 
 
 
122 aa  148  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0102  30S ribosomal protein S13  56.56 
 
 
122 aa  148  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.158693 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2294  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  148  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0859  30S ribosomal protein S13  58.97 
 
 
118 aa  148  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2253  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 
121 aa  148  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025499  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2594  30S ribosomal protein S13  57.6 
 
 
126 aa  148  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0246557  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0672  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 
121 aa  148  3e-35  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1579  30S ribosomal protein S13  58.33 
 
 
121 aa  148  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0869  30S ribosomal protein S13  57.38 
 
 
122 aa  147  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000182214  hitchhiker  0.00600411 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4973  30S ribosomal protein S13  54.47 
 
 
124 aa  147  5e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2752  30S ribosomal protein S13  55.74 
 
 
123 aa  147  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0311  ribosomal protein S13  56.56 
 
 
123 aa  147  6e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.860174  normal  0.358609 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1089  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 
122 aa  147  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0717686  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0056  30S ribosomal protein S13  58.97 
 
 
122 aa  147  6e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1433  30S ribosomal protein S13  55.28 
 
 
124 aa  146  7e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.702882  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2272  30S ribosomal protein S13  57.02 
 
 
125 aa  146  8e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00112148  hitchhiker  0.00311978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4727  30S ribosomal protein S13  59.83 
 
 
118 aa  146  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478097  normal  0.348822 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1139  30S ribosomal protein S13  54.47 
 
 
124 aa  146  9e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.732173  normal  0.382275 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1110  30S ribosomal protein S13  54.47 
 
 
124 aa  146  9e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1127  30S ribosomal protein S13  54.47 
 
 
124 aa  146  9e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121764  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0505  30S ribosomal protein S13  58.97 
 
 
118 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00137785  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0476  30S ribosomal protein S13  58.97 
 
 
118 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000231121 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl148  30S ribosomal protein S13  59.02 
 
 
121 aa  145  1.0000000000000001e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142424  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0509  30S ribosomal protein S13  58.97 
 
 
118 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176791  hitchhiker  0.00957459 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0250  ribosomal protein S13  57.38 
 
 
123 aa  145  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000527618  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0290  30S ribosomal protein S13  59.52 
 
 
126 aa  145  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000353572  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06470  30S ribosomal protein S13  58.97 
 
 
118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0511  30S ribosomal protein S13  57.26 
 
 
118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0430719  normal  0.0101578 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5058  30S ribosomal protein S13  58.12 
 
 
118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000365808  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2529  30S ribosomal protein S13  57.38 
 
 
122 aa  145  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.186837  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0506  30S ribosomal protein S13  57.26 
 
 
118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00117339  normal  0.0273818 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09080  30S ribosomal protein S13  58.97 
 
 
118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.448669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>