More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1916 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1916  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
432 aa  871    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346956  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2285  D-amino-acid dehydrogenase  92.82 
 
 
432 aa  791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.242978 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1021  D-amino-acid dehydrogenase  73.15 
 
 
433 aa  579  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1938  D-amino-acid dehydrogenase  65.13 
 
 
433 aa  566  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6164  D-amino-acid dehydrogenase  64.9 
 
 
433 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244436  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1915  D-amino-acid dehydrogenase  64.9 
 
 
433 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.108571  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5216  D-amino-acid dehydrogenase  64.43 
 
 
433 aa  560  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.386059 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1833  D-amino-acid dehydrogenase  64.2 
 
 
434 aa  557  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.529299 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1903  D-amino-acid dehydrogenase  63.97 
 
 
434 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.612686  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1359  D-amino-acid dehydrogenase  64.43 
 
 
434 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385904  normal  0.690046 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2134  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  64.67 
 
 
434 aa  536  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0270937  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1447  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  63.51 
 
 
434 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2344  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  63.51 
 
 
434 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2464  putative D-amino acid dehydrogenase small subunit  63.51 
 
 
506 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1212  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  63.51 
 
 
434 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1939  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  63.51 
 
 
434 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3366  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  63.51 
 
 
434 aa  518  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462302  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2305  D-amino-acid dehydrogenase  63.51 
 
 
434 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  31.11 
 
 
421 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1877  FAD dependent oxidoreductase  32.65 
 
 
429 aa  201  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000325686  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  30.23 
 
 
424 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2597  D-amino-acid dehydrogenase  30.32 
 
 
417 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1981  D-amino-acid dehydrogenase  33.4 
 
 
463 aa  189  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.95 
 
 
434 aa  189  8e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0309  D-amino-acid dehydrogenase  29.68 
 
 
430 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.34 
 
 
416 aa  187  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.59 
 
 
434 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.59 
 
 
434 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.59 
 
 
434 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.36 
 
 
428 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.64 
 
 
432 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  28.64 
 
 
432 aa  181  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  29.72 
 
 
419 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.64 
 
 
434 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.64 
 
 
432 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.64 
 
 
432 aa  181  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.64 
 
 
432 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.64 
 
 
434 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  28.64 
 
 
432 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.13 
 
 
428 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.06 
 
 
428 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.64 
 
 
432 aa  180  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  30.11 
 
 
421 aa  180  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.13 
 
 
428 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.13 
 
 
428 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.28 
 
 
416 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.67 
 
 
417 aa  178  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1987  D-amino-acid dehydrogenase  31.11 
 
 
408 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0385  D-amino-acid dehydrogenase  28.8 
 
 
433 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2697  D-amino-acid dehydrogenase  29.63 
 
 
419 aa  176  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.402587  normal  0.380863 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2701  D-amino-acid dehydrogenase  28.12 
 
 
433 aa  176  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0406  D-amino-acid dehydrogenase  28.12 
 
 
433 aa  176  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
432 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
432 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.31 
 
 
432 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.97 
 
 
416 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.14 
 
 
428 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.97 
 
 
416 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.08 
 
 
429 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.98 
 
 
417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
428 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
428 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
428 aa  173  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.75 
 
 
436 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.29 
 
 
416 aa  172  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  26.8 
 
 
419 aa  172  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.21 
 
 
433 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  27.88 
 
 
417 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.86 
 
 
417 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.16 
 
 
429 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.25 
 
 
428 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.41 
 
 
436 aa  170  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.71 
 
 
429 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.08 
 
 
428 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.57 
 
 
433 aa  170  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.1 
 
 
416 aa  170  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.59 
 
 
432 aa  169  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3504  D-amino-acid dehydrogenase  28.25 
 
 
438 aa  169  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  27.59 
 
 
418 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.98 
 
 
416 aa  167  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.52 
 
 
428 aa  166  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  28.37 
 
 
421 aa  166  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4507  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.57 
 
 
439 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.251273 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.38 
 
 
429 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.43 
 
 
441 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.91 
 
 
416 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.43 
 
 
428 aa  164  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.5 
 
 
432 aa  162  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.84 
 
 
432 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  26.5 
 
 
417 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2587  D-amino-acid dehydrogenase  29.64 
 
 
415 aa  161  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.701907  normal  0.227233 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1221  D-amino-acid dehydrogenase  29.86 
 
 
415 aa  161  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  28.27 
 
 
421 aa  161  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>