59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6445 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 244 aa  500  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  95.95 
 
 		 222 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  70.89 
 
 		 222 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  68.54 
 
 		 222 aa  295  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  61.16 
 
 		 225 aa  267  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  60.26 
 
 		 230 aa  262  4e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  58.69 
 
 		 226 aa  251  8.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  67.21 
 
 		 192 aa  248  6e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  51.17 
 
 		 219 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.45 
 
 		 232 aa  192  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  46.26 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.54 
 
 		 224 aa  181  7e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.51 
 
 		 227 aa  179  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.64 
 
 		 222 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.39 
 
 		 222 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.87 
 
 		 235 aa  176  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.86 
 
 		 222 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.73 
 
 		 220 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.44 
 
 		 220 aa  169  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.12 
 
 		 228 aa  168  7e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.69 
 
 		 228 aa  167  9e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  46.3 
 
 		 223 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  41.89 
 
 		 223 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.25 
 
 		 234 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  41.1 
 
 		 218 aa  158  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  41.98 
 
 		 220 aa  156  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.81 
 
 		 222 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.74 
 
 		 218 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.72 
 
 		 212 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.53 
 
 		 221 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.99 
 
 		 221 aa  144  9e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.99 
 
 		 221 aa  144  9e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.53 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.39 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  37.56 
 
 		 214 aa  139  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.98 
 
 		 236 aa  139  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  37.21 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.23 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.85 
 
 		 214 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  37.89 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.2 
 
 		 224 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  36.36 
 
 		 150 aa  68.2  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.54 
 
 		 117 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.54 
 
 		 117 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  34.57 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  38.1 
 
 		 114 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  28.74 
 
 		 132 aa  48.9  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  34.48 
 
 		 226 aa  48.5  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.48 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.08 
 
 		 235 aa  47.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.78 
 
 		 125 aa  46.6  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.98 
 
 		 206 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  31.33 
 
 		 230 aa  45.8  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 228 aa  44.7  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.78 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  36.51 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  29.85 
 
 		 228 aa  43.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.76 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  37.04 
 
 		 223 aa  42  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>