39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4997 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4997  amine dehydrogenase  100 
 
 
385 aa  799    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5222  amine dehydrogenase  89.39 
 
 
385 aa  673    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3809  amine dehydrogenase  80.78 
 
 
385 aa  669    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.623781 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3580  amine dehydrogenase  84.66 
 
 
385 aa  660    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643394  normal  0.58903 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0601  amine dehydrogenase  90.91 
 
 
385 aa  716    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5062  amine dehydrogenase  90.11 
 
 
385 aa  689    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3305  amine dehydrogenase  90.11 
 
 
385 aa  689    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4472  amine dehydrogenase  97.92 
 
 
385 aa  751    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3254  amine dehydrogenase  39.69 
 
 
385 aa  244  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000080765  decreased coverage  0.00024338 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4080  amine dehydrogenase  36.05 
 
 
401 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655857  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2224  amine dehydrogenase  37.05 
 
 
383 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0160  amine dehydrogenase  35.59 
 
 
383 aa  209  8e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3818  methylamine dehydrogenase heavy subunit  34.17 
 
 
405 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.55568  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2335  Amine dehydrogenase  35.57 
 
 
409 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4363  methylamine dehydrogenase heavy subunit  35.41 
 
 
387 aa  177  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.382707  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0035  Amine dehydrogenase  31.83 
 
 
408 aa  176  7e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.137586  normal  0.0109788 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0557  amine dehydrogenase  32.31 
 
 
386 aa  172  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1685  amine dehydrogenase  34.87 
 
 
391 aa  168  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.664981  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4730  methylamine dehydrogenase heavy chain  33.44 
 
 
417 aa  159  7e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0932481  normal  0.201487 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0565  methylamine dehydrogenase heavy chain  31.93 
 
 
410 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0548  amine dehydrogenase  27.12 
 
 
400 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0316966  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  35.04 
 
 
362 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  35.04 
 
 
362 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30 
 
 
328 aa  49.7  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  29.41 
 
 
329 aa  46.2  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.63 
 
 
348 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.33 
 
 
329 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.33 
 
 
329 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.9 
 
 
324 aa  44.7  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.68 
 
 
314 aa  43.9  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  25 
 
 
1667 aa  43.9  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.78 
 
 
340 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.78 
 
 
340 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.78 
 
 
340 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.5 
 
 
329 aa  43.1  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.17 
 
 
312 aa  43.5  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.08 
 
 
377 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.54 
 
 
316 aa  43.1  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  26.27 
 
 
334 aa  42.7  0.01  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>