More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6680 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1767  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  81.09 
 
 
402 aa  677    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3947  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  79.75 
 
 
401 aa  666    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.292669  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6680  Acyl-coenzyme A transferase  100 
 
 
402 aa  826    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.822383  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1337  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.7 
 
 
400 aa  654    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3708  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  80 
 
 
421 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.716563 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.26 
 
 
408 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.232318  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2695  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.82 
 
 
398 aa  244  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.96055  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4703  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.32 
 
 
406 aa  240  4e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00871383  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2229  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.37 
 
 
396 aa  233  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.135907  normal  0.368689 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4730  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.92 
 
 
404 aa  230  3e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3650  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.9 
 
 
399 aa  229  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.794582  normal  0.980563 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4116  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.4 
 
 
396 aa  228  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
389 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.312064  normal  0.826665 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2058  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.02 
 
 
389 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514677  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2012  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.02 
 
 
389 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3573  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.55 
 
 
389 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0615  Formyl-CoA transferase  34.99 
 
 
411 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3312  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.75 
 
 
406 aa  219  7e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.410057 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0580  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
405 aa  216  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4320  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.45 
 
 
468 aa  216  5.9999999999999996e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.548307  normal  0.65534 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2717  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.33 
 
 
404 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.455998  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.09 
 
 
423 aa  204  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.76 
 
 
395 aa  202  6e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
398 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4082  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.43 
 
 
409 aa  195  9e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
426 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4177  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.25 
 
 
409 aa  193  4e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.558724 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.34 
 
 
411 aa  192  8e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4315  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.41 
 
 
453 aa  191  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  33.17 
 
 
402 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
398 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.59 
 
 
403 aa  189  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.648976 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.16 
 
 
404 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  32.92 
 
 
402 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4341  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.14 
 
 
407 aa  186  5e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.563704  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.19 
 
 
416 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2997  Alpha-methylacyl-CoA racemase  33.91 
 
 
419 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3486  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.75 
 
 
420 aa  183  6e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.290572 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.75 
 
 
407 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.3 
 
 
418 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5761  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.72 
 
 
393 aa  182  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.878418  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4587  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.54 
 
 
410 aa  182  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.187372  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  32.67 
 
 
405 aa  182  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  33.5 
 
 
412 aa  182  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
415 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34 
 
 
406 aa  182  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.5 
 
 
429 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  33.5 
 
 
407 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
413 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  33.33 
 
 
413 aa  181  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4039  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.83 
 
 
407 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194141  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.15 
 
 
405 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  33.82 
 
 
411 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.34 
 
 
412 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.29 
 
 
418 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.71 
 
 
407 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5552  putative formyl-coenzyme A transferase  32.1 
 
 
429 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1850  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.83 
 
 
436 aa  180  4e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.263908  normal  0.861601 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.43 
 
 
415 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  33.25 
 
 
406 aa  179  5.999999999999999e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.31 
 
 
433 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  34.48 
 
 
406 aa  179  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08720  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  29.21 
 
 
413 aa  179  9e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.372982 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.66 
 
 
404 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.515972  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1827  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.66 
 
 
404 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.86666  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.18 
 
 
407 aa  179  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.05 
 
 
418 aa  179  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  33.5 
 
 
416 aa  179  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1780  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.66 
 
 
404 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.33552  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.41 
 
 
413 aa  179  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.5 
 
 
419 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0901  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.64 
 
 
410 aa  178  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.51715  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.56 
 
 
406 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.81 
 
 
396 aa  177  4e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.140864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  32.92 
 
 
411 aa  177  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.68 
 
 
406 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  29.5 
 
 
418 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  32.1 
 
 
393 aa  176  7e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.52 
 
 
396 aa  176  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3097  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.53 
 
 
423 aa  176  9e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00319785 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  32.84 
 
 
418 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.71 
 
 
399 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1357  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.44 
 
 
227 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77249  normal  0.914113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  30.17 
 
 
408 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  33.85 
 
 
385 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.96 
 
 
399 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2503  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.36 
 
 
402 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.683735  normal  0.664809 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.58 
 
 
406 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.99 
 
 
391 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09320  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  29.7 
 
 
410 aa  173  5e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0179723  normal  0.324686 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
406 aa  173  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.94 
 
 
426 aa  173  5e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.41 
 
 
406 aa  173  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.57 
 
 
424 aa  173  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  32.2 
 
 
425 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.93 
 
 
395 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  31.51 
 
 
405 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  29.4 
 
 
418 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.85 
 
 
397 aa  172  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.71 
 
 
413 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>