More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7018 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7018  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
300 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.435721  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.36 
 
 
281 aa  349  3e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.845548  normal  0.850534 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.36 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  37.36 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  37.36 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  37.36 
 
 
299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  37.36 
 
 
299 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
300 aa  212  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  41.42 
 
 
867 aa  212  7.999999999999999e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.38 
 
 
293 aa  209  6e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
293 aa  207  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  40.26 
 
 
300 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
300 aa  205  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.11 
 
 
469 aa  204  2e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.66 
 
 
300 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
300 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  40 
 
 
300 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
305 aa  202  5e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  42.16 
 
 
301 aa  201  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.76 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  39.06 
 
 
298 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
297 aa  198  7.999999999999999e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  38.69 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2358  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.71 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0041111  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1080  peptide ABC transporter, permease protein  44.19 
 
 
281 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0826305  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
359 aa  196  4.0000000000000005e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
303 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
313 aa  195  6e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
287 aa  195  7e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.22 
 
 
305 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
301 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.43 
 
 
306 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
291 aa  194  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0926789  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
295 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
300 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
307 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.38 
 
 
298 aa  193  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
300 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
307 aa  192  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
298 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39 
 
 
298 aa  192  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
355 aa  192  6e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
302 aa  192  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
301 aa  192  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  39 
 
 
298 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  39 
 
 
298 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39 
 
 
298 aa  192  8e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
301 aa  192  8e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
312 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
304 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39 
 
 
298 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
301 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
299 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
294 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2349  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  39.22 
 
 
295 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
302 aa  191  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00686598  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  40.07 
 
 
276 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
285 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
285 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.61 
 
 
298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.91 
 
 
303 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
299 aa  189  7e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
290 aa  189  7e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.59 
 
 
289 aa  188  7e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.73 
 
 
299 aa  189  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.35 
 
 
291 aa  188  9e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
296 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
287 aa  188  9e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  39.71 
 
 
288 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
290 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
287 aa  188  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
303 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
319 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
289 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
279 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
280 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
303 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 
310 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
304 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
305 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
280 aa  186  5e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  37.59 
 
 
299 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.15 
 
 
282 aa  185  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
299 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
289 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  38.27 
 
 
286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.47 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
280 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2420  dipeptide ABC transport system inner membrane binding component DppC  36.82 
 
 
288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767733 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  38.18 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.27 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>