More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1406 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_1100  Glutamate--putrescine ligase  76.78 
 
 		 458 aa  674    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.2027 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1406  glutamine synthetase  100 
 
 		 451 aa  923    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483277  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0951  glutamine synthetase catalytic region  76.78 
 
 		 450 aa  695    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.771272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0777  glutamine synthetase  53.44 
 
 		 456 aa  440  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3524  glutamate--putrescine ligase  42 
 
 		 444 aa  343  2.9999999999999997e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.435958  normal  0.190458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2336  glutamine synthetase catalytic region  44.27 
 
 		 466 aa  341  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1181  L-glutamine synthetase  39.91 
 
 		 451 aa  325  1e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00464  gamma-glutamylputrescine synthetase  42.59 
 
 		 459 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.446878  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0546  glutamine synthetase, catalytic region  40.83 
 
 		 453 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0387  glutamine synthetase  38.57 
 
 		 458 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03860  putative glutamine synthetase  38.57 
 
 		 458 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2122  L-glutamine synthetase  38.19 
 
 		 458 aa  297  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0668807  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3702  glutamate--ammonia ligase  39.29 
 
 		 443 aa  296  4e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5091  glutamate--putrescine ligase  37.04 
 
 		 458 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5408  L-glutamine synthetase  37.27 
 
 		 458 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.532857  hitchhiker  0.00182517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0279  glutamate--putrescine ligase  37.04 
 
 		 458 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5184  glutamine synthetase, putative  37.04 
 
 		 458 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.92577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3247  glutamine synthetase  38.34 
 
 		 458 aa  293  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0955  glutamine synthetase catalytic region  36.57 
 
 		 461 aa  292  7e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5244  glutamate--putrescine ligase  36.81 
 
 		 458 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0174  glutamate--putrescine ligase  38.32 
 
 		 460 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3952  glutamine synthetase catalytic region  37.47 
 
 		 459 aa  291  1e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0296195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38140  putative glutamine synthetase  38.34 
 
 		 458 aa  292  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0019966 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5310  glutamine synthetase  36.81 
 
 		 458 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4868  glutamate--ammonia ligase  37.04 
 
 		 458 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5299  glutamine synthetase, putative  37.87 
 
 		 460 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.802661  normal  0.238566 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2416  glutamine synthetase catalytic region  38.27 
 
 		 455 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.175652 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1118  glutamate--ammonia ligase  37.03 
 
 		 463 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.770456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0341  L-glutamine synthetase  37.11 
 
 		 459 aa  286  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0727612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48880  glutamine synthetase  37.7 
 
 		 458 aa  286  8e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5347  glutamate--putrescine ligase  37.64 
 
 		 460 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107252 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5208  glutamate--putrescine ligase  37.64 
 
 		 460 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.179896  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0375  L-glutamine synthetase  39.91 
 
 		 445 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2019  glutamate--ammonia ligase  39.91 
 
 		 445 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0866  glutamate--putrescine ligase  40.14 
 
 		 445 aa  277  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2068  glutamate--putrescine ligase  36.49 
 
 		 472 aa  275  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1174  glutamate--ammonia ligase  35.45 
 
 		 455 aa  271  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6323  glutamine synthetase  36.08 
 
 		 455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72850  putative glutamine synthetase  36.53 
 
 		 455 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1412  glutamate--putrescine ligase  35.65 
 
 		 472 aa  266  8e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01274  gamma-Glu-putrescine synthase  35.65 
 
 		 472 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.798701  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2349  glutamine synthetase catalytic region  35.65 
 
 		 472 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.582872  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1825  glutamate--putrescine ligase  35.65 
 
 		 472 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0546478 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01285  hypothetical protein  35.65 
 
 		 472 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.904201  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2328  glutamine synthetase catalytic region  35.65 
 
 		 472 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1506  glutamate--putrescine ligase  35.65 
 
 		 472 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3216  glutamine synthetase catalytic region  36.95 
 
 		 472 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0110604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4525  L-glutamine synthetase  36.08 
 
 		 455 aa  265  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1939  glutamate--putrescine ligase  35.42 
 
 		 472 aa  264  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.23252 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1836  L-glutamine synthetase  37.1 
 
 		 439 aa  262  8e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.406794 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2717  glutamine synthetase catalytic region  38.27 
 
 		 455 aa  262  8.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.648356 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1533  glutamate--putrescine ligase  35.19 
 
 		 472 aa  260  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4677  glutamine synthetase family protein  31.92 
 
 		 456 aa  258  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1127  L-glutamine synthetase  39.95 
 
 		 479 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.278504  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1342  glutamate--putrescine ligase  35.86 
 
 		 459 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738876  normal  0.165008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3764  hypothetical protein  36.14 
 
 		 454 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4054  glutamine synthetase catalytic region  35.86 
 
 		 454 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4547  glutamine synthetase, putative  36.09 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0219  glutamine synthetase, catalytic region  36.64 
 
 		 464 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3049  glutamine synthetase, catalytic region  35.98 
 
 		 464 aa  256  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.486199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1568  L-glutamine synthetase  36.42 
 
 		 468 aa  256  8e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.719328  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2143  L-glutamine synthetase  35.86 
 
 		 454 aa  255  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4366  glutamine synthetase, catalytic region  36.78 
 
 		 471 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3842  glutamate--putrescine ligase  35.63 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44240  putative glutamine synthetase  35.94 
 
 		 454 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0887  glutamine synthetase catalytic region  34.92 
 
 		 459 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2380  Glutamate--putrescine ligase  32.79 
 
 		 456 aa  226  6e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0068155  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1107  glutamate--putrescine ligase  33.1 
 
 		 445 aa  223  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0907011  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2178  glutamine synthetase, putative  34.48 
 
 		 448 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1845  glutamine synthetase catalytic region  34.7 
 
 		 451 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.561959  hitchhiker  0.00870398 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3572  glutamate--putrescine ligase  32.95 
 
 		 444 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.701465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1785  glutamine synthetase catalytic region  34.86 
 
 		 448 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3559  glutamine synthetase, catalytic region  34.86 
 
 		 448 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.610228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1946  glutamine synthetase family protein  33.03 
 
 		 444 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0912905  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4806  glutamine synthetase catalytic region  35.08 
 
 		 448 aa  221  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2654  glutamine synthetase  32.34 
 
 		 444 aa  221  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2711  glutamine synthetase catalytic domain  32.57 
 
 		 444 aa  220  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0942  L-glutamine synthetase  33.26 
 
 		 444 aa  220  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0110461  normal  0.691188 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0584  glutamine synthetase catalytic region  33.02 
 
 		 465 aa  219  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2788  glutamine synthetase family protein  32.57 
 
 		 490 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289948  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4666  Glutamate--putrescine ligase  33.26 
 
 		 444 aa  219  7e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0656  glutamine synthetase family protein  32.41 
 
 		 456 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5473  L-glutamine synthetase  32.64 
 
 		 445 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.393385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1669  glutamine synthetase family protein  32.41 
 
 		 444 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2355  glutamine synthetase family protein  32.41 
 
 		 444 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2930  glutamine synthetase family protein  32.41 
 
 		 444 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1340  Glutamate--putrescine ligase  32.61 
 
 		 464 aa  218  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1828  glutamine synthetase family protein  32.34 
 
 		 456 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0728  glutamine synthetase catalytic domain  32.34 
 
 		 444 aa  218  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2022  glutamine synthetase family protein  32.11 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0636  glutamine synthetase catalytic domain  32.11 
 
 		 444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.961715  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2031  glutamate--ammonia ligase  34.03 
 
 		 451 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.794004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0377  L-glutamine synthetase  34.03 
 
 		 451 aa  216  5e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2181  glutamate--putrescine ligase  32.41 
 
 		 445 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5914  glutamate--ammonia ligase  32.41 
 
 		 445 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2163  glutamate--ammonia ligase  32.41 
 
 		 445 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.699868  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2079  glutamate--putrescine ligase  32.8 
 
 		 445 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0114961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2201  glutamate--ammonia ligase  32.8 
 
 		 445 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4278  glutamine synthetase, catalytic region  35.23 
 
 		 448 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  0.233785 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00463  glutamine synthetase  32.49 
 
 		 461 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>