More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0890 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0890  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
67 aa  139  9e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000324148  normal  0.0824036 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0979  cold-shock DNA-binding domain protein  80.3 
 
 
67 aa  116  9e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.327909 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07070  cold-shock DNA-binding protein family  73.44 
 
 
67 aa  103  7e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.85745  normal  0.273384 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1318  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0833029  normal  0.039104 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34450  cold-shock DNA-binding protein family  64.18 
 
 
68 aa  94.7  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1369  hypothetical protein  65.15 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.309276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0440  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.270892  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
66 aa  90.1  9e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 
67 aa  90.1  1e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 
67 aa  89  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
65 aa  88.2  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
67 aa  87.8  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  64.62 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  64.62 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
68 aa  87.8  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
67 aa  87.4  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.199562  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
65 aa  87.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
65 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
65 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
66 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
66 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
66 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
66 aa  86.7  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  63.64 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  61.19 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  59.7 
 
 
66 aa  86.3  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0817  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000123312  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
65 aa  85.9  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0833  cold-shock protein DNA-binding  61.19 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000457197  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
65 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 
68 aa  85.9  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  63.64 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1587  cold-shock DNA-binding protein family  64.18 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000012511  unclonable  7.72165e-24 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
66 aa  85.1  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 
65 aa  85.1  3e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
65 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
65 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  60 
 
 
66 aa  84.7  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0466  CSD family cold shock protein  59.7 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.281351  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 
67 aa  84.3  5e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
66 aa  84.3  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
66 aa  84  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  63.08 
 
 
65 aa  84  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 
67 aa  84  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
83 aa  84.3  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
67 aa  84  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
65 aa  84  7e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.21 
 
 
92 aa  84  7e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 
67 aa  84  7e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
66 aa  83.6  8e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0751  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.24 
 
 
67 aa  83.6  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.72 
 
 
66 aa  83.6  9e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2290  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
68 aa  83.6  9e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.388252  hitchhiker  0.00970612 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  66.67 
 
 
68 aa  83.2  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  59.7 
 
 
68 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2784  cold-shock protein DNA-binding  61.19 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
66 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  63.93 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.21 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
71 aa  82  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.76 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  69.64 
 
 
69 aa  82  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 
67 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.13 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  63.64 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  63.64 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  63.64 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  61.76 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  63.64 
 
 
66 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
67 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  61.76 
 
 
67 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>