83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0006 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.226998  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0066  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0773482 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0002  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  50.1  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_626  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0029  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.578587  hitchhiker  0.00382784 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.3235  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0010  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.812149  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0046  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-2  tRNA-OTHER  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.520192  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0936822 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0038  tRNA-Met  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.719761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>