More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1332 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1332  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 377 aa  712    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 330 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  35.56 
 
 		 336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 		 353 aa  178  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.42 
 
 		 342 aa  176  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.34 
 
 		 335 aa  172  6.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.05 
 
 		 337 aa  172  9e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  34.02 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  38.23 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 339 aa  169  6e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  37.33 
 
 		 351 aa  169  6e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.39 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  35.12 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.13 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.86 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  37.28 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.63 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  34.24 
 
 		 347 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 338 aa  163  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.33 
 
 		 341 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.33 
 
 		 341 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.33 
 
 		 341 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.33 
 
 		 341 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.33 
 
 		 341 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  38.05 
 
 		 331 aa  162  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.34 
 
 		 332 aa  161  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.19 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 349 aa  160  3e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.63 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  32.64 
 
 		 342 aa  159  6e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  30.21 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.04 
 
 		 332 aa  159  8e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  32.34 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  37.39 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  36.45 
 
 		 338 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.34 
 
 		 332 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.43 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.43 
 
 		 342 aa  158  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.28 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  32.34 
 
 		 332 aa  158  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0186  transcriptional regulator, LacI family  37.97 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.41 
 
 		 348 aa  158  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  29.91 
 
 		 332 aa  158  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  32.04 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.44 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  32.04 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.83 
 
 		 329 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  32.04 
 
 		 332 aa  157  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  32.04 
 
 		 332 aa  157  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.5 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.74 
 
 		 332 aa  155  8e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 336 aa  155  9e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  37.43 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  34.9 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.51 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.78 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.23 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  35.42 
 
 		 337 aa  153  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.23 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.23 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 339 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 		 346 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.82 
 
 		 337 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  29.85 
 
 		 332 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23440  transcriptional regulator, LacI family  36.13 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.769589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  35.59 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  36.98 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.4 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.02 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.21 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 		 346 aa  150  5e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 		 379 aa  149  5e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 348 aa  149  7e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.18 
 
 		 336 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  29.34 
 
 		 331 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.91 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  33.23 
 
 		 334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.08 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  34.93 
 
 		 391 aa  147  3e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.83 
 
 		 332 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  31.85 
 
 		 338 aa  146  5e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0742  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.13843  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  35.1 
 
 		 337 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  34.03 
 
 		 332 aa  146  7.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3688  LacI family transcription regulator  34.43 
 
 		 332 aa  146  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3955  transcriptional regulator, LacI family  35.37 
 
 		 364 aa  145  8.000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.337972  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  28.92 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>