More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0239 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0239  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
323 aa  656    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000144523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.34 
 
 
314 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
320 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.64 
 
 
345 aa  129  9.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
318 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  25.31 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  27.64 
 
 
317 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  27.02 
 
 
317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  27.86 
 
 
318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.95 
 
 
320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.78 
 
 
319 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
316 aa  104  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  23.53 
 
 
338 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 
338 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  25 
 
 
319 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.47 
 
 
319 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.83 
 
 
316 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
319 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.69 
 
 
319 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.69 
 
 
319 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
353 aa  99.4  8e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  25.08 
 
 
319 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.52 
 
 
321 aa  99  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
320 aa  99  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.7 
 
 
321 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
322 aa  97.8  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.77 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.12 
 
 
321 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  29.74 
 
 
321 aa  95.9  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
381 aa  95.9  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  27.81 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.57 
 
 
328 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.8 
 
 
328 aa  95.1  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.67 
 
 
389 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  25.49 
 
 
328 aa  92.4  9e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  25.47 
 
 
336 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.67 
 
 
329 aa  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  27.99 
 
 
389 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  25.16 
 
 
328 aa  90.5  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
321 aa  90.9  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  25.86 
 
 
319 aa  89.4  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  25.86 
 
 
319 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  25.86 
 
 
319 aa  89.4  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  25.86 
 
 
319 aa  89.4  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  25.23 
 
 
319 aa  89  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  27.34 
 
 
320 aa  88.2  2e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  27.67 
 
 
389 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.86 
 
 
319 aa  87.4  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  27.13 
 
 
340 aa  87.4  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.58 
 
 
308 aa  86.3  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.09 
 
 
291 aa  85.9  9e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  26.86 
 
 
320 aa  85.9  9e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.95 
 
 
295 aa  85.9  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  26.17 
 
 
322 aa  85.9  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  26.05 
 
 
412 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.05 
 
 
320 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.67 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  28.99 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.31 
 
 
326 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.92 
 
 
327 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  25.8 
 
 
312 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  28.36 
 
 
327 aa  84  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.36 
 
 
294 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.66 
 
 
294 aa  82.8  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.57 
 
 
298 aa  82.4  0.000000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
305 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.75 
 
 
298 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.38 
 
 
295 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.38 
 
 
326 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  27.5 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
349 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  25.71 
 
 
340 aa  80.1  0.00000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.66 
 
 
381 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.73 
 
 
306 aa  80.1  0.00000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.3 
 
 
323 aa  79.3  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.25 
 
 
316 aa  78.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  25.87 
 
 
326 aa  79  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.93 
 
 
294 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.02 
 
 
286 aa  77.4  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.26 
 
 
312 aa  77  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
439 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  23.64 
 
 
328 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.64 
 
 
328 aa  75.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2058  NmrA family protein  25.65 
 
 
506 aa  75.9  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.584993  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  24.8 
 
 
332 aa  75.1  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.86 
 
 
302 aa  75.5  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.6 
 
 
296 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.41 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  24.89 
 
 
366 aa  73.9  0.000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3376  NmrA family protein  22.79 
 
 
513 aa  73.9  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.388935  normal  0.205054 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  24.18 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  25.87 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.3 
 
 
309 aa  72.4  0.000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>