234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3815 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 132 aa  264  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  78.12 
 
 		 136 aa  202  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  70.45 
 
 		 135 aa  188  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  53.73 
 
 		 136 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  53.44 
 
 		 137 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  52.31 
 
 		 137 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  54.69 
 
 		 145 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  52.99 
 
 		 135 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  50.38 
 
 		 138 aa  135  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  52.34 
 
 		 145 aa  134  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  52.34 
 
 		 145 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  53.33 
 
 		 146 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  52.31 
 
 		 137 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  51.52 
 
 		 135 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  53.91 
 
 		 142 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  50.76 
 
 		 139 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  55.56 
 
 		 151 aa  128  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  50.75 
 
 		 150 aa  127  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  52.54 
 
 		 141 aa  120  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  51.67 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  50.82 
 
 		 197 aa  118  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  45.31 
 
 		 134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  51.3 
 
 		 164 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  45.31 
 
 		 134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  47.24 
 
 		 141 aa  109  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 		 137 aa  107  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 134 aa  107  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  45.97 
 
 		 140 aa  103  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  43.22 
 
 		 155 aa  101  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  46.55 
 
 		 133 aa  100  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  49.18 
 
 		 148 aa  97.4  6e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  36 
 
 		 164 aa  95.5  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  43.2 
 
 		 140 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  42.31 
 
 		 165 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  42.4 
 
 		 137 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  42.5 
 
 		 140 aa  92  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  40.83 
 
 		 145 aa  89  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  36.92 
 
 		 143 aa  88.2  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  39.17 
 
 		 131 aa  87.8  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 		 135 aa  87.4  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 139 aa  72  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 138 aa  72  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  40.54 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  35.48 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 123 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 		 121 aa  68.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  33.88 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 116 aa  67  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  38.1 
 
 		 116 aa  67  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 123 aa  66.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  35.09 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  38.66 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 117 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  34.96 
 
 		 134 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 121 aa  64.7  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  33.9 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  35.51 
 
 		 119 aa  64.3  0.0000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  36.89 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 137 aa  62  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 118 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  28.04 
 
 		 119 aa  59.7  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  32.41 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 119 aa  59.7  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  37.14 
 
 		 126 aa  59.7  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  30.17 
 
 		 119 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  32.2 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 116 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 118 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  31.78 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 118 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  34.58 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  30.84 
 
 		 118 aa  58.2  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 116 aa  57.8  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_854  ribosome-binding factor A  31.19 
 
 		 118 aa  57  0.00000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000358033  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  32.97 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1105  ribosome-binding factor A  30.08 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.657587  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  33.98 
 
 		 123 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1413  ribosome-binding factor A  33.96 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>