80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1387 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1387  hypothetical protein  100 
 
 		 128 aa  256  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1517  DoxX family protein  71.65 
 
 		 138 aa  187  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000129276  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3329  hypothetical protein  70 
 
 		 129 aa  162  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517461  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2327  DoxX  39.05 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0405527  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  37.72 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  36.84 
 
 		 137 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3205  DoxX family protein  34.51 
 
 		 137 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3706  DoxX family protein  31.62 
 
 		 137 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2360  DoxX family protein  35.34 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.233009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3552  DoxX family protein  39.22 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.583897  normal  0.164311 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2500  hypothetical protein  35.04 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  0.0755951 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2498  DoxX  36.67 
 
 		 149 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2341  DoxX  27.34 
 
 		 152 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.201028  normal  0.120907 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  33.61 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2109  DoxX  26.57 
 
 		 150 aa  53.9  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1209  hypothetical protein  31.93 
 
 		 137 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0177047  normal  0.393618 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5841  DoxX  26.32 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4045  DoxX family protein  30 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0512358 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4810  DoxX  30.17 
 
 		 147 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  28.21 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3877  hypothetical protein  28.17 
 
 		 151 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52615  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4096  DoxX family protein  35.92 
 
 		 174 aa  51.2  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0554855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3122  DoxX family protein  33.61 
 
 		 139 aa  51.2  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461418  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2764  DoxX family protein  30.77 
 
 		 136 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  30.09 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2945  DoxX  33.75 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2930  DoxX family protein  31.36 
 
 		 137 aa  48.9  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1200  DoxX  27.43 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5848  DoxX family protein  28.21 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4440  DoxX family protein  35.64 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3976  DoxX family protein  35.64 
 
 		 174 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603426  decreased coverage  0.00896237 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6086  DoxX family protein  28.21 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0786046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1454  DoxX family protein  31.82 
 
 		 136 aa  47.8  0.00006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  29.57 
 
 		 164 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  29.57 
 
 		 164 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1386  DoxX family protein  27.07 
 
 		 137 aa  47  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.42391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  29.57 
 
 		 155 aa  47  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  29.57 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  29.57 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4554  DoxX family protein  25.64 
 
 		 143 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  29.57 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  29.57 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  29.57 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3035  DoxX family protein  28.57 
 
 		 140 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.156785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0556  DoxX family protein  35 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  29.17 
 
 		 146 aa  45.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2900  DoxX  30.58 
 
 		 136 aa  45.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290679  normal  0.557329 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5222  DoxX family protein  31.62 
 
 		 144 aa  44.7  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6046  DoxX family protein  26.5 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.392213 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0867  membrane protein yphA  25.64 
 
 		 152 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.271535 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5591  DoxX family protein  30.83 
 
 		 148 aa  44.3  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1308  DoxX family protein  30.84 
 
 		 148 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.369686  normal  0.451433 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5807  DoxX family protein  30.56 
 
 		 148 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.723019 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4540  membrane protein, DoxX  28.3 
 
 		 151 aa  43.5  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1274  DoxX family protein  30.84 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4121  DoxX  23.39 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.575367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1295  DoxX family membrane protein  33.98 
 
 		 178 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174807  normal  0.980217 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3451  DoxX family protein  26.77 
 
 		 145 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182426  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3707  DoxX family protein  27.19 
 
 		 149 aa  41.6  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4935  DoxX family protein  29.2 
 
 		 136 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3132  DoxX family protein  29.91 
 
 		 143 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2151  transporter  30.28 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.447191  normal  0.895246 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2205  DoxX  29.51 
 
 		 124 aa  41.6  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000990864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1542  DoxX  26.32 
 
 		 129 aa  41.2  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294668  normal  0.482647 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0915  DoxX  28.3 
 
 		 150 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714989  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5753  DoxX  27.27 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1397  DoxX family protein  28.3 
 
 		 150 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.995352  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2221  DoxX family protein  27.27 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.631105 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6117  DoxX family protein  27.27 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.111641 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6600  DoxX family protein  27.27 
 
 		 137 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.563715 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7619  DoxX  27.27 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3817  DoxX  33.01 
 
 		 139 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2136  DoxX family protein  28.43 
 
 		 164 aa  40.8  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.289686 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5753  DoxX family protein  33.01 
 
 		 139 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4551  DoxX family protein  33.01 
 
 		 139 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4094  hypothetical protein  28.45 
 
 		 140 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.887917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1375  DoxX family protein  27.36 
 
 		 150 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196615  normal  0.0938107 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1718  DoxX family protein  28.69 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2087  DoxX  29.09 
 
 		 119 aa  40.4  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3522  DoxX family protein  28.92 
 
 		 125 aa  40.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0254213  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>