More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4741 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4741  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 350 aa  711    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00115423 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2373  LacI family transcription regulator  56.05 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3243  LacI family transcription regulator  56.6 
 
 		 344 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  53.96 
 
 		 360 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4339  LacI family transcription regulator  53.37 
 
 		 373 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2027  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.52 
 
 		 346 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.571384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1962  transcriptional regulator, LacI family  45.7 
 
 		 352 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4598  transcriptional regulator, LacI family  45.4 
 
 		 367 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0429  LacI family transcription regulator  38.95 
 
 		 336 aa  219  7.999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.75563  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  39.48 
 
 		 340 aa  212  7.999999999999999e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3715  transcriptional regulator, LacI family  38.82 
 
 		 329 aa  212  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000372976 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0397  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 		 371 aa  206  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002664  LacI-family regulatory protein  33.83 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7053  LacI family transcription regulator  37.68 
 
 		 350 aa  202  7e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0052  LacI family transcription regulator  38.1 
 
 		 364 aa  202  9e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3799  transcriptional regulator, LacI family  40.23 
 
 		 356 aa  199  6e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17860  transcriptional regulator  37.39 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.6068  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2507  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  32.34 
 
 		 338 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.445797  normal  0.20531 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 		 361 aa  192  7e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3846  transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 348 aa  192  7e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00500845  normal  0.20128 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2898  transcriptional regulator, LacI family  39.37 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0707  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  33.73 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0779  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1359  LacI family transcription regulator  35.59 
 
 		 350 aa  180  4e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.343694 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  38.02 
 
 		 342 aa  179  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  36.95 
 
 		 348 aa  179  5.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.38 
 
 		 337 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2894  transcriptional regulator, LacI family  37.1 
 
 		 350 aa  176  6e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3267  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 361 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.52 
 
 		 335 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  36.8 
 
 		 337 aa  172  6.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  35.88 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.03 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3139  LacI family transcription regulator  36.33 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7040  LacI family transcription regulator  41.53 
 
 		 353 aa  169  7e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0313  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 334 aa  166  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.05 
 
 		 355 aa  163  4.0000000000000004e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.74 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 344 aa  159  5e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.33 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23440  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.769589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.94 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.23 
 
 		 341 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  35.57 
 
 		 339 aa  156  6e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.16 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  32.16 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.16 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.16 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.16 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  32.16 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.16 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.16 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.16 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  35.26 
 
 		 355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.23 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 340 aa  153  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2557  LacI family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000811694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5743  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 349 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.41 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4680  transcriptional regulator, LacI family  32.91 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  36.01 
 
 		 379 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0825  transcriptional regulator, LacI family  35.26 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.129888 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  35.16 
 
 		 351 aa  150  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4611  transcriptional regulator, LacI family  33.82 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.5 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.5 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.5 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4415  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 342 aa  149  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.3 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3366  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.621773  hitchhiker  0.000736287 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.01 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  32.28 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.15 
 
 		 342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.95 
 
 		 346 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.77 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.15 
 
 		 342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 343 aa  146  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.77 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  33.44 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.47 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  34.06 
 
 		 332 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.12 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  34.66 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 		 337 aa  145  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>