53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3782 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3782  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 378 aa  755    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4866  ABC-2 type transporter  78.55 
 
 		 387 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4462  ABC-2 type transporter  78.53 
 
 		 382 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.510043 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4192  ABC-2 type transporter  73.49 
 
 		 381 aa  584  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.148286  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0071  transport protein, putative  71.5 
 
 		 379 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0069  transport protein, putative  71.5 
 
 		 379 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0074  transport protein, putative  70.98 
 
 		 379 aa  556  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4280  transport protein, putative  70.71 
 
 		 379 aa  557  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0072  transport protein, putative  71.5 
 
 		 379 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.177811 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0074  transport protein, putative  71.5 
 
 		 379 aa  552  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000331098 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0055  transport protein, putative  72.03 
 
 		 379 aa  554  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0069  transport protein, putative  70.98 
 
 		 379 aa  550  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0070  transport protein, putative  70.98 
 
 		 379 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.277541 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3979  ABC-2 type transporter  71.93 
 
 		 377 aa  545  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.508382  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0066  transport protein, putative  69.52 
 
 		 378 aa  529  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3577  transport protein, putative  66.4 
 
 		 378 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0724  protein NatB  35.77 
 
 		 396 aa  232  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3872  ABC transporter sodium permease  32.13 
 
 		 394 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02800  ABC transporter sodium permease  29.97 
 
 		 397 aa  142  9e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1500  ABC transporter sodium permease  31.88 
 
 		 394 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.809114  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1445  ABC transporter sodium permease  31.62 
 
 		 394 aa  138  1e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.757965  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0364  ABC-2 type transporter  29.2 
 
 		 394 aa  113  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0341  ABC-2 type transporter  29.86 
 
 		 394 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3799  Na+ ABC transporter permease protein  28.21 
 
 		 397 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.578241  normal  0.0174839 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2943  ABC-2 type transporter  27.03 
 
 		 405 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1676  ABC-2 type transporter  23.71 
 
 		 413 aa  91.3  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.333655 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0112  ABC-type Na+ efflux pump permease component-like protein  26.57 
 
 		 403 aa  88.6  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2950  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  24.01 
 
 		 397 aa  88.6  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404593  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1790  putative sodium ABC transporter permease protein  26.67 
 
 		 395 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1529  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  25.22 
 
 		 409 aa  85.5  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.508402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0115  ABC-2 type transporter  26.98 
 
 		 405 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03077  putative ABC-type Na+ efflux pump, permease component  26.78 
 
 		 398 aa  75.1  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1131  ABC-2 type transporter  30.63 
 
 		 390 aa  74.3  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.315475  hitchhiker  0.00237195 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1957  ABC-2 type transporter  28.62 
 
 		 388 aa  70.1  0.00000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0574803  normal  0.493307 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3735  heavy metal efflux pump CzcA  25.06 
 
 		 392 aa  61.2  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3144  Abortive infection protein  26.88 
 
 		 830 aa  60.5  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.569126  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0769  Abortive infection protein  34.76 
 
 		 775 aa  57.8  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1150  ABC-2 type transporter  23.18 
 
 		 377 aa  56.2  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.950793  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3223  ABC-2 type transporter  26.06 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0649112  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3308  ABC-2 type transporter  26.06 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3273  ABC-2 type transporter  23.92 
 
 		 377 aa  54.7  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1766  ABC-2 type transporter  22.52 
 
 		 370 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.174884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0976  ABC-2 type transporter  23.53 
 
 		 377 aa  54.3  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3114  ABC transporter, inner membrane subunit  27.9 
 
 		 380 aa  53.5  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2906  ABC-2 type transporter  22.35 
 
 		 378 aa  50.8  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0113  ABC-2 type transporter  22.55 
 
 		 376 aa  50.8  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.816984  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3196  ABC-type Na+ efflux pump, permease component  26.32 
 
 		 408 aa  49.7  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.109527 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1917  hypothetical protein  28.64 
 
 		 381 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0857  hypothetical protein  21.7 
 
 		 377 aa  45.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1660  ABC-2 type transporter  28.31 
 
 		 381 aa  44.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.102355  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1867  hypothetical protein  23.54 
 
 		 381 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.205494  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0895  ABC-2 type transporter  23.97 
 
 		 378 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0393  hypothetical protein  25.36 
 
 		 360 aa  43.5  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.628295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>