More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0804 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  493  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3667  GntR domain-containing protein  49.57 
 
 		 245 aa  241  7e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0203377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1092  GntR family transcriptional regulator  50.22 
 
 		 238 aa  223  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.191594 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1284  GntR domain-containing protein  44.84 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0100582 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3532  GntR-like  42.22 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0746  GntR-like protein  45.81 
 
 		 241 aa  170  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49240  GntR family regulatory protein  38.03 
 
 		 240 aa  145  5e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2064  GntR domain-containing protein  35.51 
 
 		 238 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000113894  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  37.16 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2142  GntR domain protein  35.98 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.530271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1981  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 238 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000358345  normal  0.05165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1993  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 238 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000185576  unclonable  0.0000207183 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2414  GntR domain-containing protein  35.22 
 
 		 253 aa  138  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.493248  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2068  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 238 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000911573  hitchhiker  0.00000303995 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1994  GntR domain-containing protein  34.91 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.122046  normal  0.944631 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4214  GntR domain-containing protein  36.94 
 
 		 266 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.827392 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2217  GntR domain protein  35.78 
 
 		 239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3228  GntR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 239 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.542599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  33.63 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1327  GntR domain-containing protein  35.22 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190888  normal  0.291118 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0011  GntR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000398907  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0011  GntR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000019573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2718  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 		 252 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4206  GntR domain-containing protein  35.02 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000481189  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0434  GntR domain-containing protein  37.39 
 
 		 287 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0144479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4164  transcriptional regulator, GntR family  36.7 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000255806  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03641  predicted transcriptional regulator  36.7 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4212  GntR domain protein  36.7 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974871  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4271  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000161964  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03586  hypothetical protein  36.7 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000443765  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4239  GntR domain-containing protein  36.7 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  decreased coverage  0.00261992 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5191  transcriptional regulator, GntR family  36.7 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000012685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3974  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000445513  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4123  GntR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 230 aa  129  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000860554  normal  0.0423809 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 230 aa  130  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1908  GntR domain protein  35.5 
 
 		 261 aa  128  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287646  normal  0.900413 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3773  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38941  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1707  transcriptional regulator GntR  34.74 
 
 		 237 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0401914  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1724  GntR domain protein  34.82 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.308508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2590  GntR domain-containing protein  36.28 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3599  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 		 251 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3422  GntR domain protein  37.13 
 
 		 244 aa  121  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2982  transcriptional regulator  35.32 
 
 		 228 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6253  GntR domain protein  39.71 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3302  GntR domain protein  36.92 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.826091 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1867  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3460  GntR domain-containing protein  32.89 
 
 		 248 aa  118  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.612558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1899  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 241 aa  118  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.671252  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0901  GntR-like  32.86 
 
 		 246 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3616  GntR domain-containing protein  36.7 
 
 		 252 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.760095 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4912  GntR domain-containing protein  35.87 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5012  GntR domain protein  34.91 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.474023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2694  GntR domain-containing protein  35.79 
 
 		 192 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0657  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 261 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.483285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2054  GntR-like  35.79 
 
 		 192 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2665  GntR domain-containing protein  35.79 
 
 		 192 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1414  GntR domain-containing protein  35.37 
 
 		 250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455285  normal  0.0932364 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0885  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 239 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3641  GntR domain protein  35.16 
 
 		 238 aa  114  8.999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.716857 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1667  GntR domain-containing protein  32.09 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0248117 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3478  GntR domain protein  32.92 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.554366 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1414  GntR domain-containing protein  34.45 
 
 		 241 aa  112  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3614  GntR domain-containing protein  32.86 
 
 		 250 aa  112  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.661468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3975  transcriptional regulator  34.65 
 
 		 237 aa  111  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.198442  normal  0.201233 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4786  GntR domain protein  35.62 
 
 		 268 aa  111  9e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2198  GntR domain protein  35.85 
 
 		 241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000682007 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3766  GntR domain protein  33.5 
 
 		 251 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5704  GntR domain protein  35.09 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0046  GntR domain-containing protein  32.42 
 
 		 235 aa  110  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0894  GntR-like  33.04 
 
 		 253 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0123  regulatory protein GntR HTH  34.31 
 
 		 261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1472  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1451  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.34 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0008  GntR domain protein  31.34 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  31.34 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0008  GntR domain-containing protein  31.34 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  31.34 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  31.34 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1098  galactonate operon transcriptional repressor  31.34 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4060  galactonate operon transcriptional repressor  31.34 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0632  GntR domain-containing protein  36.08 
 
 		 222 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5993  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 192 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.127437 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 233 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4222  galactonate operon transcriptional repressor  30.56 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2512  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.289571  normal  0.109373 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4115  galactonate operon transcriptional repressor  30.56 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0006  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4164  galactonate operon transcriptional repressor  30.56 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.935326  normal  0.912647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1725  GntR domain protein  32.73 
 
 		 241 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1526  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.72314 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2131  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1550  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>