More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0097 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_4341  L-threonine 3-dehydrogenase  93.84 
 
 
341 aa  673  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4094  L-threonine 3-dehydrogenase  87.98 
 
 
341 aa  636  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3939  L-threonine 3-dehydrogenase  92.96 
 
 
341 aa  670  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27746  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3902  L-threonine 3-dehydrogenase  93.84 
 
 
341 aa  675  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00646337  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3993  L-threonine 3-dehydrogenase  94.13 
 
 
341 aa  675  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00526956  normal  0.0228585 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3907  L-threonine 3-dehydrogenase  87.98 
 
 
341 aa  636  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.305957 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3901  L-threonine 3-dehydrogenase  93.84 
 
 
341 aa  674  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00409651  normal  0.55097 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3710  L-threonine 3-dehydrogenase  94.13 
 
 
341 aa  674  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.187743  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0097  L-threonine 3-dehydrogenase  100 
 
 
341 aa  702  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0317813  hitchhiker  0.00132916 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3926  L-threonine 3-dehydrogenase  87.98 
 
 
341 aa  636  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03425  hypothetical protein  88.27 
 
 
341 aa  634  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0106  L-threonine 3-dehydrogenase  92.96 
 
 
341 aa  671  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.588963  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0092  L-threonine 3-dehydrogenase  88.27 
 
 
341 aa  634  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.212636  normal  0.425053 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3953  L-threonine 3-dehydrogenase  88.27 
 
 
341 aa  634  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0503034  normal  0.824331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3988  L-threonine 3-dehydrogenase  87.98 
 
 
341 aa  636  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4286  L-threonine 3-dehydrogenase  93.84 
 
 
341 aa  673  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  5.88728e-07 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3616  L-threonine 3-dehydrogenase  91.79 
 
 
342 aa  654  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00121447  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4481  L-threonine 3-dehydrogenase  93.84 
 
 
341 aa  673  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.155025  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4033  L-threonine 3-dehydrogenase  87.98 
 
 
341 aa  636  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03474  L-threonine 3-dehydrogenase  88.27 
 
 
341 aa  634  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0601715  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0089  L-threonine 3-dehydrogenase  88.56 
 
 
341 aa  635  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0100  L-threonine 3-dehydrogenase  92.08 
 
 
341 aa  664  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.173553 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0064  L-threonine 3-dehydrogenase  93.55 
 
 
341 aa  672  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353875  unclonable  1.4689e-08 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4044  L-threonine 3-dehydrogenase  88.27 
 
 
341 aa  634  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4673  L-threonine 3-dehydrogenase  93.55 
 
 
341 aa  671  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4105  L-threonine 3-dehydrogenase  93.84 
 
 
341 aa  674  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000287848  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0057  L-threonine 3-dehydrogenase  93.84 
 
 
341 aa  673  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0451496  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3828  L-threonine 3-dehydrogenase  88.27 
 
 
341 aa  634  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0267024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4989  L-threonine 3-dehydrogenase  87.98 
 
 
341 aa  630  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.014  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0119  L-threonine 3-dehydrogenase  87.39 
 
 
341 aa  631  1e-180  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001213  L-threonine 3-dehydrogenase  86.51 
 
 
343 aa  628  1e-179  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4823  L-threonine 3-dehydrogenase  85.34 
 
 
341 aa  629  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204753 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4144  L-threonine 3-dehydrogenase  85.34 
 
 
341 aa  628  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.498759  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0072  L-threonine 3-dehydrogenase  85.34 
 
 
341 aa  628  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4120  L-threonine 3-dehydrogenase  87.68 
 
 
341 aa  630  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.357417  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0066  L-threonine 3-dehydrogenase  85.04 
 
 
341 aa  626  1e-178  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05001  L-threonine 3-dehydrogenase  85.92 
 
 
360 aa  625  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0353  L-threonine 3-dehydrogenase  87.06 
 
 
343 aa  626  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0121  L-threonine 3-dehydrogenase  84.41 
 
 
341 aa  620  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0837  L-threonine 3-dehydrogenase  84.46 
 
 
343 aa  616  1e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  84.16 
 
 
343 aa  611  1e-174  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0062  L-threonine 3-dehydrogenase  85 
 
 
340 aa  613  1e-174  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4086  L-threonine 3-dehydrogenase  84.16 
 
 
343 aa  612  1e-174  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0175  L-threonine 3-dehydrogenase  80.35 
 
 
341 aa  604  1e-172  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.348381  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00067  L-threonine 3-dehydrogenase  83.24 
 
 
341 aa  604  1e-172  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3944  L-threonine 3-dehydrogenase  79.18 
 
 
342 aa  589  1e-167  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1853  L-threonine 3-dehydrogenase  82.35 
 
 
344 aa  576  1e-163  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.981388  normal  0.0441816 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7003  L-threonine 3-dehydrogenase  79.12 
 
 
343 aa  574  1e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1152  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
343 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1432  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
343 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.263737  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0006  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
343 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0006  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
343 aa  568  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.936478  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3020  L-threonine 3-dehydrogenase  78.53 
 
 
343 aa  569  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0007  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
343 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.237262  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0006  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
343 aa  568  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1512  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
343 aa  568  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0841527  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4973  L-threonine 3-dehydrogenase  77.65 
 
 
342 aa  564  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554494  normal  0.41171 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4160  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
342 aa  566  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5702  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
342 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495023 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3116  L-threonine 3-dehydrogenase  77.35 
 
 
342 aa  564  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.717555 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5320  L-threonine 3-dehydrogenase  77.65 
 
 
342 aa  567  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4535  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
342 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0006  L-threonine 3-dehydrogenase  77.35 
 
 
343 aa  566  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5157  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
342 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3178  L-threonine 3-dehydrogenase  77.94 
 
 
342 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0530  L-threonine 3-dehydrogenase  78.01 
 
 
345 aa  562  1e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3793  L-threonine 3-dehydrogenase  76.25 
 
 
341 aa  557  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00257874  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0449  L-threonine 3-dehydrogenase  75.44 
 
 
361 aa  551  1e-156  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.333655 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2931  L-threonine 3-dehydrogenase  73.9 
 
 
343 aa  541  1e-153  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.217588  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1783  L-threonine 3-dehydrogenase  73.9 
 
 
345 aa  542  1e-153  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2095  L-threonine 3-dehydrogenase  73.61 
 
 
345 aa  538  1e-152  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1862  L-threonine 3-dehydrogenase  73.61 
 
 
345 aa  540  1e-152  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.494321  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2686  L-threonine 3-dehydrogenase  72.14 
 
 
345 aa  529  1e-149  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00603723  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0739  L-threonine 3-dehydrogenase  70 
 
 
340 aa  519  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1995  L-threonine 3-dehydrogenase  70.09 
 
 
348 aa  514  1e-145  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.271324  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0201  L-threonine 3-dehydrogenase  70.09 
 
 
342 aa  514  1e-145  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0757  L-threonine 3-dehydrogenase  69.71 
 
 
340 aa  516  1e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2958  L-threonine 3-dehydrogenase  69.12 
 
 
345 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.108215  normal  0.634974 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2700  L-threonine 3-dehydrogenase  67.94 
 
 
345 aa  493  1e-138  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0444  L-threonine 3-dehydrogenase  67.06 
 
 
344 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2224  L-threonine 3-dehydrogenase  67.06 
 
 
344 aa  487  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2076  L-threonine 3-dehydrogenase  65.4 
 
 
342 aa  475  1e-133  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0654334  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1594  L-threonine 3-dehydrogenase  62.57 
 
 
342 aa  464  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.073313  normal  0.583452 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02513  L-threonine 3-dehydrogenase  62.76 
 
 
344 aa  460  1e-128  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0806  L-threonine 3-dehydrogenase  63.05 
 
 
345 aa  458  1e-128  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.384791  normal  0.0311544 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2661  L-threonine 3-dehydrogenase  61.58 
 
 
346 aa  455  1e-127  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0050  L-threonine 3-dehydrogenase  60 
 
 
347 aa  445  1e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2797  L-threonine 3-dehydrogenase  60 
 
 
343 aa  446  1e-124  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.242425  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2377  L-threonine 3-dehydrogenase  60.59 
 
 
341 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0049  L-threonine 3-dehydrogenase  60 
 
 
347 aa  443  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.60501e-07 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2923  L-threonine 3-dehydrogenase  61 
 
 
349 aa  442  1e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3023  L-threonine 3-dehydrogenase  62.65 
 
 
348 aa  443  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473403  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1037  L-threonine 3-dehydrogenase  60.59 
 
 
341 aa  443  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.210217  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1899  L-threonine 3-dehydrogenase  59.71 
 
 
341 aa  438  1e-122  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198837  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0233  L-threonine 3-dehydrogenase  59.71 
 
 
345 aa  430  1e-119  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.43371 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8852  L-threonine 3-dehydrogenase  58.24 
 
 
342 aa  427  1e-118  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7063  L-threonine 3-dehydrogenase  57.94 
 
 
344 aa  409  1e-113  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1310  L-threonine 3-dehydrogenase  56.52 
 
 
348 aa  404  1e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0613769  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1353  L-threonine 3-dehydrogenase  55.94 
 
 
348 aa  404  1e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.13951e-12 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1028  L-threonine 3-dehydrogenase  53.33 
 
 
347 aa  385  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>