41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4163 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4163  hypothetical protein  100 
 
 		 556 aa  1088    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.868125  normal  0.304031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4942  peptidoglycan-binding LysM  54.56 
 
 		 558 aa  489  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1005  Peptidoglycan-binding LysM  42.96 
 
 		 559 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0784845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0940  Peptidoglycan-binding LysM  42.31 
 
 		 559 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.147374 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  40.15 
 
 		 568 aa  355  8.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  29.75 
 
 		 566 aa  191  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  33.88 
 
 		 446 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  35.22 
 
 		 453 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  34.28 
 
 		 453 aa  179  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  34.28 
 
 		 453 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  34.28 
 
 		 453 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0923  LysM domain-containing protein  31.98 
 
 		 454 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0737  LysM domain-containing protein  31.98 
 
 		 448 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.990238  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1687  lysM domain-containing protein  31.98 
 
 		 454 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.482886  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1665  lysM domain-containing protein  31.98 
 
 		 454 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0426  LysM domain-containing protein  31.98 
 
 		 448 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.718442  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1456  LysM domain-containing protein  31.98 
 
 		 448 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1842  LysM domain-containing protein  31.98 
 
 		 454 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1317  peptidoglycan-binding LysM  33.65 
 
 		 453 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1356  peptidoglycan-binding LysM  33.65 
 
 		 453 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2637  LysM domain-containing protein  31.47 
 
 		 454 aa  174  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5417  peptidoglycan-binding LysM  26.41 
 
 		 591 aa  153  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  29.06 
 
 		 543 aa  143  8e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2531  peptidoglycan-binding LysM  27.85 
 
 		 548 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.796598  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1660  putative peptidoglycan-binding LysM  29.48 
 
 		 484 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0342216 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4992  putative peptidoglycan-binding LysM  29.83 
 
 		 484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911035  normal  0.0172735 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0582  hypothetical protein  27.98 
 
 		 463 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000319564  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4741  peptidoglycan-binding LysM  30.77 
 
 		 394 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  26.31 
 
 		 554 aa  115  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11650  hypothetical protein  26.88 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1070  hypothetical protein  25.98 
 
 		 335 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  38.98 
 
 		 407 aa  52.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  51.06 
 
 		 954 aa  51.6  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0038  putative periplasmic protein  27.83 
 
 		 290 aa  49.3  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0958409  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  39.22 
 
 		 380 aa  47  0.0009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  34.57 
 
 		 338 aa  46.6  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  39.74 
 
 		 307 aa  45.1  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  35.8 
 
 		 335 aa  44.3  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1460  fibronectin, type III  30.77 
 
 		 429 aa  43.9  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.882646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0893  Peptidoglycan-binding LysM  38.89 
 
 		 137 aa  43.9  0.007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2109  Spore coat protein CotH  37.5 
 
 		 835 aa  43.5  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00013644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>