85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3673 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3673  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  380  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  73.54 
 
 		 196 aa  273  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  62.43 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  62.43 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  62.43 
 
 		 178 aa  226  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  53.55 
 
 		 176 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  52.3 
 
 		 177 aa  175  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 192 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 183 aa  160  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 202 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 202 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 196 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 185 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  43.92 
 
 		 196 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 179 aa  154  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  47.93 
 
 		 185 aa  154  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  44.74 
 
 		 184 aa  143  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  39.67 
 
 		 189 aa  111  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  34.43 
 
 		 190 aa  104  8e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 183 aa  102  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 201 aa  99.8  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  36.72 
 
 		 181 aa  98.2  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  30.65 
 
 		 179 aa  94.7  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  31.72 
 
 		 179 aa  88.6  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 195 aa  82.4  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  32.63 
 
 		 185 aa  74.7  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  38.58 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  29.03 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  32.04 
 
 		 195 aa  69.7  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  28.49 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  30.86 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  34.91 
 
 		 172 aa  67  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 173 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 173 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 173 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  44.74 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  31.35 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  35.85 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 191 aa  62  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  24.86 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 175 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  36.26 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  34.26 
 
 		 210 aa  57  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2796  PadR-like family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 187 aa  57.8  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  28.87 
 
 		 305 aa  57  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 174 aa  55.5  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  52  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 204 aa  51.2  0.000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  33.33 
 
 		 175 aa  50.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1177  transcriptional regulator, PadR-like family  30.34 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0592255  hitchhiker  0.00870551 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  26.32 
 
 		 186 aa  48.9  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 168 aa  48.9  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  33.94 
 
 		 222 aa  48.9  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  47.8  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0865  hypothetical protein  32.69 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  31.48 
 
 		 200 aa  46.2  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 170 aa  45.4  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 175 aa  45.4  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0828  transcriptional regulator, PadR-like family  31.48 
 
 		 202 aa  45.4  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.845057 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4689  transcriptional regulator  30.68 
 
 		 177 aa  44.7  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.284032  normal  0.787552 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  37.21 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1343  transcriptional regulator PadR family protein  29.66 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  28.85 
 
 		 177 aa  43.5  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  27.5 
 
 		 179 aa  43.5  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  32.26 
 
 		 174 aa  43.1  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 174 aa  42.7  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0701  transcriptional regulator, PadR-like family  27.93 
 
 		 242 aa  42.4  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4568  PadR-like family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 227 aa  42.4  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.167049 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  22.43 
 
 		 325 aa  42.4  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  30.56 
 
 		 194 aa  42  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 174 aa  42  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  29.52 
 
 		 168 aa  42  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2526  PadR-like family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 183 aa  42  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0713427  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1999  transcriptional regulator, PadR-like family  29.36 
 
 		 198 aa  41.6  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.893773  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5624  transcriptional regulator, PadR-like family  25.69 
 
 		 191 aa  41.6  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.218719 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>