More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0177 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
340 aa  676  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  82.06 
 
 
340 aa  552  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  57.35 
 
 
334 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  57.35 
 
 
334 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  56.77 
 
 
334 aa  358  1e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  48.53 
 
 
317 aa  306  4e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  48.53 
 
 
317 aa  305  7e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  49.56 
 
 
318 aa  303  3e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.26 
 
 
319 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  49.1 
 
 
319 aa  284  2e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.26 
 
 
319 aa  283  2e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.1 
 
 
319 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.1 
 
 
319 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  47.49 
 
 
319 aa  268  9e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.9 
 
 
319 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  46.11 
 
 
319 aa  252  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  47.34 
 
 
319 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  47.34 
 
 
319 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.34 
 
 
319 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  47.34 
 
 
319 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.36 
 
 
314 aa  250  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  47.34 
 
 
320 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  47.34 
 
 
319 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.57 
 
 
318 aa  249  4e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.61 
 
 
318 aa  249  5e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.73 
 
 
302 aa  248  1e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  47.76 
 
 
312 aa  246  3e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.57 
 
 
312 aa  239  5e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.57 
 
 
318 aa  237  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  46.58 
 
 
316 aa  233  3e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.94 
 
 
229 aa  224  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.12 
 
 
320 aa  224  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  40.31 
 
 
320 aa  224  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  43.86 
 
 
321 aa  222  6e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.99 
 
 
319 aa  220  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  38.42 
 
 
345 aa  217  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  38.86 
 
 
338 aa  209  6e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.86 
 
 
338 aa  209  6e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.32 
 
 
321 aa  209  7e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  2.70425e-05 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.58 
 
 
320 aa  208  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.23 
 
 
320 aa  204  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.87 
 
 
316 aa  193  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.89 
 
 
320 aa  172  8e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  36.29 
 
 
389 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  36 
 
 
389 aa  159  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  35.53 
 
 
389 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  40.77 
 
 
307 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
381 aa  156  5e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  34.2 
 
 
340 aa  154  3e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  34.2 
 
 
321 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.43 
 
 
329 aa  147  4e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.04 
 
 
321 aa  147  4e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.73 
 
 
312 aa  145  7e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.43 
 
 
412 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.98 
 
 
298 aa  144  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.47 
 
 
328 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  6.12217e-07 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.65 
 
 
316 aa  142  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.31 
 
 
349 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  37.86 
 
 
318 aa  140  4e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.23 
 
 
321 aa  140  4e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  34.1 
 
 
321 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
294 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.83 
 
 
294 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.33 
 
 
328 aa  137  3e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.33 
 
 
328 aa  137  3e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.82 
 
 
309 aa  137  3e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  3.70596e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.66 
 
 
308 aa  135  1e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
353 aa  134  2e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  33.45 
 
 
294 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.01 
 
 
309 aa  132  8e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
321 aa  132  8e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.23 
 
 
327 aa  132  1e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.87 
 
 
309 aa  131  1e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  26.79 
 
 
316 aa  131  2e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  39.91 
 
 
312 aa  131  2e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
326 aa  130  2e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
306 aa  130  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.52 
 
 
326 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 
308 aa  130  4e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.18 
 
 
336 aa  129  5e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  31.93 
 
 
328 aa  128  1e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  30.09 
 
 
327 aa  129  1e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
291 aa  127  3e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 
322 aa  127  4e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  32.92 
 
 
322 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  29.15 
 
 
320 aa  125  1e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
328 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.81 
 
 
381 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  29.79 
 
 
366 aa  122  9e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.04 
 
 
295 aa  122  9e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.58 
 
 
330 aa  122  1e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 
323 aa  122  1e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
296 aa  121  2e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  29.06 
 
 
328 aa  120  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  29.06 
 
 
328 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.53 
 
 
294 aa  119  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.52 
 
 
325 aa  117  2e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
295 aa  116  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.34 
 
 
287 aa  115  7e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  1.6396e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.8 
 
 
326 aa  115  1e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>