138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3387 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3387  negative transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  429  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0027  FMN-binding negative transcriptional regulator  66.51 
 
 		 209 aa  262  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.467521 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6076  FMN-binding negative transcriptional regulator  53.33 
 
 		 214 aa  231  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4337  FMN-binding negative transcriptional regulator  52.86 
 
 		 216 aa  228  4e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0910  transcriptional regulator  51.27 
 
 		 212 aa  210  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2223  FMN-binding negative transcriptional regulator  52.06 
 
 		 227 aa  209  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128259 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09790  putative transcriptional regulator  51.27 
 
 		 212 aa  208  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4524  negative transcriptional regulator  48.82 
 
 		 216 aa  202  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00396175 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3744  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 214 aa  201  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0131  FMN-binding negative transcriptional regulator  50.74 
 
 		 210 aa  201  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0091  negative transcriptional regulator  50.48 
 
 		 205 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5634  negative transcriptional regulator  52.6 
 
 		 217 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166021  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2039  hypothetical protein  50 
 
 		 210 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4597  FMN-binding negative transcriptional regulator  49.52 
 
 		 212 aa  197  7.999999999999999e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.300981  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0662  FMN-binding negative transcriptional regulator  49.76 
 
 		 208 aa  197  9e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0275  negative transcriptional regulator  46.08 
 
 		 214 aa  196  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.594714  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5057  negative transcriptional regulator  47.85 
 
 		 212 aa  194  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0073129  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01760  hypothetical protein  48.97 
 
 		 212 aa  193  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.233372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5505  transcriptional regulator, putative  49.27 
 
 		 212 aa  193  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4171  negative transcriptional regulator  48.73 
 
 		 213 aa  192  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6596  FMN-binding negative transcriptional regulator  51.32 
 
 		 211 aa  192  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127183  normal  0.105964 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8096  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.34 
 
 		 207 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1557  transcriptional regulator PaiB-like protein  47.72 
 
 		 253 aa  186  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204051  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3464  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.94 
 
 		 212 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.272985 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4536  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.94 
 
 		 212 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.856573 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3062  transcriptional regulator, putative  47.72 
 
 		 212 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1228  putative transcriptional regulator  47.72 
 
 		 212 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0639  putative transcriptional regulator  47.72 
 
 		 212 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1423  FMN-binding domain-containing protein  47.72 
 
 		 212 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.607978  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1455  FMN-binding domain-containing protein  47.72 
 
 		 212 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0514  putative transcriptional regulator  47.72 
 
 		 212 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1673  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.83 
 
 		 219 aa  182  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2006  transcriptional regulator, putative  46.83 
 
 		 219 aa  182  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5850  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.91 
 
 		 212 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.827228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2821  transcriptional regulator, putative  46.19 
 
 		 212 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2807  transcriptional regulator, putative  46.34 
 
 		 218 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.233937  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2433  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.34 
 
 		 218 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00303402  hitchhiker  0.0000000627876 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2763  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.34 
 
 		 218 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.124259 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2937  negative transcriptional regulator  46.8 
 
 		 223 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4832  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.97 
 
 		 212 aa  178  4.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0396  negative transcriptional regulator  45.18 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3110  negative transcriptional regulator  45.88 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5257  negative transcriptional regulator  45.88 
 
 		 212 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4616  negative transcriptional regulator  45.18 
 
 		 212 aa  175  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.19 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5392  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.57 
 
 		 209 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104323 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5016  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.19 
 
 		 212 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.213786  normal  0.76718 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5075  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.31 
 
 		 207 aa  174  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3864  negative transcriptional regulator  45.85 
 
 		 208 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5118  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.5 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000184887  normal  0.127923 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5144  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.69 
 
 		 212 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.081926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2440  negative transcriptional regulator  44.1 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0623285  normal  0.532082 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6892  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.45 
 
 		 216 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199077  normal  0.214366 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3668  negative transcriptional regulator  38.57 
 
 		 251 aa  171  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4176  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.37 
 
 		 208 aa  171  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00181829  normal  0.167994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5343  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.08 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.85549  unclonable  0.000000472337 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1405  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.59 
 
 		 206 aa  170  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5252  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.08 
 
 		 209 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.593041 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1155  negative transcriptional regulator  44.29 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3644  transcriptional regulator protein  43.27 
 
 		 212 aa  169  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3490  Negative transcriptional regulator  45.36 
 
 		 216 aa  168  6e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1332  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.06 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2930  FMN-binding negative transcriptional regulator  40.78 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3457  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.15 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.693471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3707  negative transcriptional regulator  40.4 
 
 		 202 aa  165  4e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0908965 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2719  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.5 
 
 		 211 aa  160  9e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.73362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0134  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.36 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.435875 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2455  negative transcriptional regulator  45.33 
 
 		 207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.361522  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.9 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0243  FMN-binding negative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 209 aa  150  2e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1141  FMN-binding negative transcriptional regulator  45 
 
 		 212 aa  150  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101905 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0395  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.45 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4787  FMN-binding negative transcriptional regulator  42.63 
 
 		 218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0976  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.58 
 
 		 200 aa  141  9e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0091  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.9 
 
 		 205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0096  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.42 
 
 		 205 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2380  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.74 
 
 		 202 aa  135  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4259  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.94 
 
 		 205 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0092  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 205 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50195  predicted protein  36.04 
 
 		 221 aa  132  3.9999999999999996e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.273335  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3311  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.3 
 
 		 199 aa  123  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.262888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3571  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.3 
 
 		 199 aa  123  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3526  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.82 
 
 		 199 aa  122  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.02519 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0083  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 200 aa  120  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0621  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.65 
 
 		 196 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.609776 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3225  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  33.33 
 
 		 199 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3512  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3223  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.85 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.690612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3532  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  32.06 
 
 		 219 aa  118  6e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3511  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.85 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0853  negative transcriptional regulator  34.45 
 
 		 205 aa  116  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3371  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.65 
 
 		 207 aa  116  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.721094  normal  0.299438 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1658  negative transcriptional regulator  36.41 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05600  Negative transcriptional regulator  29.63 
 
 		 203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.592075  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06510  conserved hypothetical protein  30.74 
 
 		 247 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.962435  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10108  Uncharacterized protein AN0679 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P0C154]  31.69 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.254579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0835  negative transcriptional regulator  35.47 
 
 		 205 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971312  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1997  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  30.92 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3937  hypothetical protein  32.23 
 
 		 222 aa  106  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479682  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0823  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.5 
 
 		 217 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00293061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>