292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1739 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1739  putative transmembrane ABC transporter protein  100 
 
 		 303 aa  584  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.210687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1462  inner-membrane translocator  90.76 
 
 		 302 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.263338  hitchhiker  0.000000733363 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1503  inner-membrane translocator  90.1 
 
 		 302 aa  507  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.26589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6160  ABC transporter, inner membrane subunit  84.62 
 
 		 298 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2841  inner-membrane translocator  83.61 
 
 		 298 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2217  inner-membrane translocator  83.61 
 
 		 298 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224996  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2830  inner-membrane translocator  83.61 
 
 		 298 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1314  inner-membrane translocator  82.61 
 
 		 298 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.506841  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0441  ABC transporter, permease protein  85.62 
 
 		 339 aa  484  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0285978  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1478  ABC transporter, permease protein  83.84 
 
 		 298 aa  481  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3141  ABC transporter, permease protein  83.84 
 
 		 298 aa  481  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0523  ABC transporter, permease protein  83.84 
 
 		 298 aa  481  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2906  ABC transporter, permease protein  83.84 
 
 		 298 aa  481  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.957713  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0506  ABC transporter, permease protein  83.84 
 
 		 298 aa  481  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.973872  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0110  ABC transporter, permease protein  83.84 
 
 		 298 aa  481  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0688  branched chain amino acid ABC transporter permease  84.93 
 
 		 336 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.489758  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0473  inner-membrane translocator  83.61 
 
 		 298 aa  477  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.994417 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1210  inner-membrane translocator  81.61 
 
 		 298 aa  471  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0487778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1276  ABC transporter permease  75 
 
 		 296 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14380  ABC transporter permease  75 
 
 		 296 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.515362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1749  inner-membrane translocator  73.1 
 
 		 295 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1948  inner-membrane translocator  73.1 
 
 		 295 aa  410  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418082  normal  0.372623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1950  inner-membrane translocator  75.26 
 
 		 296 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202411  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4312  inner-membrane translocator  73.7 
 
 		 294 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.953267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3142  inner-membrane translocator  72.41 
 
 		 293 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.407597  normal  0.74462 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2039  inner-membrane translocator  68.28 
 
 		 313 aa  377  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0264556 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0822  ABC transporter inner-membrane translocator  56.4 
 
 		 299 aa  332  5e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2105  inner-membrane translocator  61.46 
 
 		 312 aa  326  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1436  ABC transporter, inner membrane subunit  61.3 
 
 		 299 aa  326  4.0000000000000003e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.641737 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1600  inner-membrane translocator  61.3 
 
 		 299 aa  325  6e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.852679 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1713  inner-membrane translocator  60.54 
 
 		 299 aa  323  3e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.376915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1088  inner-membrane translocator  58.02 
 
 		 300 aa  308  5.9999999999999995e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2055  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.98 
 
 		 294 aa  291  9e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1975  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.98 
 
 		 294 aa  290  3e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237569  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0866  inner-membrane translocator  54.67 
 
 		 294 aa  288  6e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4045  inner-membrane translocator  56.79 
 
 		 292 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3066  inner-membrane translocator  54.86 
 
 		 292 aa  277  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3722  inner-membrane translocator  56.45 
 
 		 292 aa  275  8e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2162  inner-membrane translocator  51.19 
 
 		 295 aa  268  5.9999999999999995e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.596984 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02939  hypothetical protein  50.17 
 
 		 317 aa  264  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002971  ABC-type uncharacterized transport system permease component  50 
 
 		 311 aa  263  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2868  inner-membrane translocator  51.92 
 
 		 294 aa  263  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0631  inner-membrane translocator  49.14 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0289508  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0620  putative ABC transporter, permease protein  52.07 
 
 		 327 aa  259  5.0000000000000005e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.375886  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0658  inner-membrane translocator  48.67 
 
 		 325 aa  252  7e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.812733  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19980  inner-membrane translocator  49.47 
 
 		 306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000156701  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03820  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  50.18 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2861  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 313 aa  239  4e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2855  inner-membrane translocator  48.99 
 
 		 330 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0048  ABC transporter, permease protein  46.02 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0324  hypothetical protein  45.13 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000706535  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2585  inner-membrane translocator  49.14 
 
 		 302 aa  230  3e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000114262  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1474  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 330 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4552  inner-membrane translocator  45.16 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.131035  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1570  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2829  inner-membrane translocator  42.11 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.127019  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2226  inner-membrane translocator  43.45 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0342549  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1119  ABC transporter, inner membrane subunit  41.98 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1110  ABC transporter, inner membrane subunit  42.7 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1505  hypothetical protein  47.12 
 
 		 640 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0078  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  41.67 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0076  inner-membrane translocator  42.01 
 
 		 306 aa  201  9e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1946  inner-membrane translocator  44.96 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.463281  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0268  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  40.07 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.603653  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0211  ABC transporter, permease protein, putative  41.49 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193865  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0259  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  43.02 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0510641  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2077  ABC transporter, permease protein  39.3 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.251592  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1818  inner-membrane translocator  41.89 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000219565  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0043  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.963469  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2363  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 365 aa  179  4.999999999999999e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000240422  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1154  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  41.43 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000049546  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1188  ABC transporter, permease protein  39.64 
 
 		 287 aa  176  5e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0206  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 363 aa  168  1e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1099  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0724  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 299 aa  155  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0261015  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0737  inner-membrane translocator  39.47 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000122382 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0249  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  39.82 
 
 		 584 aa  147  3e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4372  inner-membrane translocator  38.21 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2839  ABC transporter permease  55.1 
 
 		 120 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000198537  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08790  inner-membrane translocator  28.76 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000274602  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  27.48 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  27.48 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  27.63 
 
 		 334 aa  58.9  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0968  inner-membrane translocator  29.03 
 
 		 345 aa  58.9  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02612  hypothetical protein  25.44 
 
 		 276 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02651  Ribose transport system permease protein rbsC  25.44 
 
 		 327 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  27.23 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  25.75 
 
 		 334 aa  57  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  25 
 
 		 341 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  24.08 
 
 		 345 aa  55.8  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0638  monosaccharide-transporting ATPase  27.49 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0715262  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0074  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  30.5 
 
 		 373 aa  55.1  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6356  inner-membrane translocator  26.64 
 
 		 314 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420004  normal  0.20423 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2042  monosaccharide-transporting ATPase  27.4 
 
 		 328 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0809219  normal  0.224374 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2116  monosaccharide-transporting ATPase  30.73 
 
 		 340 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.326273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2513  inner-membrane translocator  29.44 
 
 		 328 aa  54.7  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587124  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  28.09 
 
 		 311 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  28.09 
 
 		 311 aa  53.9  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  24.67 
 
 		 338 aa  53.9  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2977  putative ribose ABC transporter, permease protein  26.86 
 
 		 329 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>