More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1179 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 359 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  66.76 
 
 		 356 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4087  two component transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 350 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 355 aa  116  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  25.98 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  44.95 
 
 		 513 aa  99.4  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 533 aa  95.1  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  38.02 
 
 		 515 aa  94  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 529 aa  91.3  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 362 aa  89.7  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  31.32 
 
 		 537 aa  88.6  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 548 aa  89  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 1201 aa  87  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 252 aa  86.3  7e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 146 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 530 aa  85.9  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 542 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  32.03 
 
 		 507 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  36.79 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  36.79 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  36.79 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  36.79 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  36.79 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  31.5 
 
 		 507 aa  84  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  35.85 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 532 aa  82  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0314  two component transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 		 494 aa  81.3  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 517 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 508 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 519 aa  81.6  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  36.79 
 
 		 266 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 265 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 538 aa  80.5  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 		 502 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 519 aa  80.1  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  34.59 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 414 aa  79.3  0.00000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 544 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0868  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 291 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 118 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 291 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3531  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 291 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.24 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38 
 
 		 497 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1102  LuxR family DNA-binding response regulator  35.83 
 
 		 214 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1946  DNA-binding response regulator  39.17 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2024  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 		 517 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 272 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 532 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  30.83 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0919  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 546 aa  76.6  0.0000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 502 aa  77  0.0000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 		 509 aa  76.3  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 283 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1260  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  35.83 
 
 		 206 aa  75.5  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 283 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3152  sigma-54 factor, interaction region  28.19 
 
 		 440 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 292 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 766 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03839  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.05 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4032  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  41.49 
 
 		 278 aa  75.5  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4492  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.494011  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  28.65 
 
 		 251 aa  74.7  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5413  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03788  hypothetical protein  41.05 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4188  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  41.49 
 
 		 278 aa  75.5  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 278 aa  75.5  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4062  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4400  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.370971  normal  0.467233 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 532 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 215 aa  74.3  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  36.72 
 
 		 534 aa  73.9  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.24 
 
 		 415 aa  73.9  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 526 aa  73.6  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 330 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 522 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  33.67 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 503 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  35 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1826  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.86 
 
 		 455 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.048867  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 273 aa  73.2  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 409 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 409 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  28.46 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 535 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>