164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3225 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_43030  hypothetical protein  65.4 
 
 
491 aa  689  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3225  EvpB family type VI secretion protein  100 
 
 
496 aa  1035  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3904  hypothetical protein  66.19 
 
 
493 aa  718  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1123  putative type VI secretion protein VasR  63.34 
 
 
491 aa  668  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.34753  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5594  hypothetical protein  65.89 
 
 
491 aa  693  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0239  hypothetical protein  67.44 
 
 
491 aa  707  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0237  hypothetical protein  67.44 
 
 
491 aa  707  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05862  hypothetical protein  64.57 
 
 
491 aa  686  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0314  hypothetical protein  66.19 
 
 
493 aa  718  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3614  hypothetical protein  65.82 
 
 
491 aa  693  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.227382  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1197  hypothetical protein  67.96 
 
 
493 aa  733  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.73618  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2126  hypothetical protein  93.15 
 
 
496 aa  979  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0030  hypothetical protein  67.51 
 
 
492 aa  728  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.599961  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3732  hypothetical protein  69.39 
 
 
493 aa  757  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0046  hypothetical protein  66.26 
 
 
492 aa  721  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0091  hypothetical protein  67.09 
 
 
492 aa  702  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0387  EvpB family type VI secretion protein  66.19 
 
 
493 aa  718  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2806  type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108 family  65.42 
 
 
492 aa  710  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2623  hypothetical protein  92.74 
 
 
496 aa  978  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1110  type VI secretion protein, EvpB/family  67.86 
 
 
490 aa  701  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3254  type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108 family  66.88 
 
 
492 aa  711  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5432  hypothetical protein  63.29 
 
 
492 aa  689  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.682692  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2544  hypothetical protein  61.76 
 
 
491 aa  679  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00544949  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1071  type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108 family  64.83 
 
 
492 aa  710  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000440  uncharacterized protein ImpC  64.78 
 
 
491 aa  689  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1229  hypothetical protein  67.86 
 
 
490 aa  700  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.159101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2528  EvpB family type VI secretion protein  68.67 
 
 
491 aa  728  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0743  hypothetical protein  59.83 
 
 
499 aa  631  1e-180  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0585282  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2124  hypothetical protein  59.83 
 
 
499 aa  631  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2026  hypothetical protein  59.83 
 
 
499 aa  631  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.383781  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0716  hypothetical protein  59.83 
 
 
508 aa  632  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1673  hypothetical protein  59.83 
 
 
508 aa  632  1e-180  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393568  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0534  hypothetical protein  59.83 
 
 
760 aa  632  1e-180  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.897456  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0605  hypothetical protein  59.83 
 
 
508 aa  632  1e-180  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0869  hypothetical protein  59.7 
 
 
508 aa  627  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0279  hypothetical protein  59.66 
 
 
492 aa  625  1e-178  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3173  hypothetical protein  60.04 
 
 
494 aa  624  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1182  EvpB family type VI secretion protein  56.54 
 
 
482 aa  611  1e-173  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0012  hypothetical protein  54.07 
 
 
482 aa  553  1e-156  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2815  hypothetical protein  44.99 
 
 
513 aa  429  1e-119  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0624  hypothetical protein  44 
 
 
525 aa  415  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0350498 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0160  hypothetical protein  44.83 
 
 
504 aa  409  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.586065  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5265  hypothetical protein  44.22 
 
 
515 aa  407  1e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0778  hypothetical protein  42.98 
 
 
517 aa  407  1e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2915  hypothetical protein  42.32 
 
 
535 aa  403  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.376798 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0799  EvpB family type VI secretion protein  42.54 
 
 
514 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.380485  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0727  hypothetical protein  42.32 
 
 
516 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2510  hypothetical protein  42.32 
 
 
516 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3650  EvpB family type VI secretion protein  42.95 
 
 
516 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.453281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1784  hypothetical protein  42.32 
 
 
515 aa  405  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.170054  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0175  hypothetical protein  42.54 
 
 
512 aa  400  1e-110  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.653266  hitchhiker  1.00045e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3260  EvpB family type VI secretion protein  43.3 
 
 
512 aa  399  1e-110  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177977  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3124  hypothetical protein  41.43 
 
 
512 aa  391  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02046  EvpB  38.37 
 
 
498 aa  377  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422176  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3042  type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108 family  41.46 
 
 
495 aa  373  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1477  hypothetical protein  42.33 
 
 
499 aa  366  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.640314  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1208  type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108 family  40.77 
 
 
495 aa  369  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3851  EvpB family type VI secretion protein  40.44 
 
 
497 aa  363  6e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.538189  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0403  EvpB family type VI secretion protein  38.05 
 
 
496 aa  360  4e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  5.70497e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3643  hypothetical protein  37.68 
 
 
496 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.012047  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3634  hypothetical protein  37.68 
 
 
496 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0294891  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3659  hypothetical protein  37.68 
 
 
496 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233212  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0382  hypothetical protein  38.05 
 
 
496 aa  360  4e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000637648  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2929  EvpB family type VI secretion protein  38.08 
 
 
496 aa  359  5e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0212184  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0134  hypothetical protein  40.09 
 
 
499 aa  359  6e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.831371  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0158  hypothetical protein  40.09 
 
 
499 aa  359  6e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1606  hypothetical protein  40.09 
 
 
499 aa  359  6e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.128756  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2963  hypothetical protein  37.68 
 
 
496 aa  358  8e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0468  hypothetical protein  37.84 
 
 
496 aa  358  1e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  2.82714e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2638  hypothetical protein  37.84 
 
 
496 aa  358  1e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000879955  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0446  EvpB family type VI secretion protein  37.84 
 
 
496 aa  358  1e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0234232  normal  0.56571 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3560  hypothetical protein  37.84 
 
 
496 aa  358  1e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00109925  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3004  hypothetical protein  41.4 
 
 
501 aa  358  1e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26660  hypothetical protein  41.4 
 
 
500 aa  358  1e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.930343  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2176  hypothetical protein  37.74 
 
 
494 aa  358  1e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.22545e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2269  hypothetical protein  37.26 
 
 
499 aa  357  2e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.256541  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0122  hypothetical protein  39.66 
 
 
499 aa  357  2e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4090  EvpB family type VI secretion protein  41.24 
 
 
498 aa  357  3e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.005e-08 
 
 
-
 
NC_003296  RS01964  hypothetical protein  37.74 
 
 
496 aa  356  5e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470165  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2460  type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108 family  41.3 
 
 
499 aa  356  5e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34050  hypothetical protein  39.56 
 
 
494 aa  355  7e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.27646  normal  0.0910485 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2895  hypothetical protein  39.56 
 
 
494 aa  355  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50810  DUF877 family protein  40.24 
 
 
493 aa  352  6e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0194  type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108 family  39.74 
 
 
502 aa  351  1e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0259  hypothetical protein  41.4 
 
 
502 aa  352  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2959  hypothetical protein  41.16 
 
 
502 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1784  hypothetical protein  41.16 
 
 
502 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0404  hypothetical protein  41.16 
 
 
502 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2834  hypothetical protein  41.16 
 
 
502 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1601  hypothetical protein  41.16 
 
 
502 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0454  hypothetical protein  41.16 
 
 
502 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1199  hypothetical protein  41.16 
 
 
502 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2323  hypothetical protein  40.84 
 
 
498 aa  350  3e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0970803  normal  0.0167765 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3407  hypothetical protein  39.16 
 
 
494 aa  350  3e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1587  hypothetical protein  40.97 
 
 
502 aa  350  4e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.261509  normal  0.190607 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1682  type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108 family  40.23 
 
 
497 aa  349  5e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.509952  normal  0.0159997 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1480  EvpB family type VI secretion protein  40.14 
 
 
500 aa  350  5e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1368  hypothetical protein  40.14 
 
 
500 aa  350  5e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2872  hypothetical protein  40.14 
 
 
500 aa  350  5e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3908  EvpB family type VI secretion protein  40.42 
 
 
497 aa  346  7e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.38023 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>