144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0249 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0249  cytochrome c5-like protein  100 
 
 		 136 aa  267  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5319  cytochrome c5  75.18 
 
 		 140 aa  201  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5522  cytochrome c5  74.26 
 
 		 138 aa  199  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0203  cytochrome c5  73.72 
 
 		 140 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.768078  hitchhiker  0.00155687 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5177  cytochrome c5  73.72 
 
 		 140 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.129919  normal  0.155967 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47940  cytochrome c5 protein  70.15 
 
 		 134 aa  179  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5267  cytochrome c5  71.9 
 
 		 121 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  71.94 
 
 		 142 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69970  cytochrome c5  70.73 
 
 		 136 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0106  cytochrome c5  66.28 
 
 		 107 aa  124  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0239  cytochrome c5  65.12 
 
 		 107 aa  120  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  47.01 
 
 		 137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  48.12 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  41.35 
 
 		 136 aa  103  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  42.86 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  42.96 
 
 		 135 aa  94.4  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  40.15 
 
 		 145 aa  93.6  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  35.25 
 
 		 142 aa  90.1  9e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2655  hypothetical protein  35.25 
 
 		 142 aa  89.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  49.41 
 
 		 112 aa  86.7  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  45.13 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  38.97 
 
 		 137 aa  84  6e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0180  cytochrome c, class I  46.15 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.245077  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  40 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  34.62 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  47.22 
 
 		 97 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4983  cytochrome c, class I  41.23 
 
 		 183 aa  72  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0191  cytochrome c, class I  43.59 
 
 		 97 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000235852  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  43.04 
 
 		 99 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3568  cytochrome c, class I  39.76 
 
 		 97 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.199847  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4023  cytochrome c class I  40.51 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000136046  hitchhiker  0.0000237935 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  40.51 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  40.51 
 
 		 99 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0246  cytochrome c  40.45 
 
 		 97 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00117918  normal  0.0109237 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  38.32 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  38.94 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  37.61 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0232  cytochrome c class I  40.51 
 
 		 99 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000496502  normal  0.108907 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  40.51 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0232  cytochrome c, class I  40.51 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113447  unclonable  0.0000000000238576 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0227  cytochrome c, class I  40.51 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.495989  hitchhiker  0.00493696 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0232  cytochrome c, class I  40.51 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0199425  unclonable  0.0000000000331566 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  40.26 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  34.51 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  34.58 
 
 		 273 aa  65.9  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5103  cytochrome c-type protein  36.67 
 
 		 100 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.100412 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2849  cytochrome c family protein  31.82 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000128252  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2981  cytochrome c-type protein  39.51 
 
 		 95 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  44.44 
 
 		 97 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  42.25 
 
 		 230 aa  63.9  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2493  cytochrome c(mono-heme type)  38.14 
 
 		 120 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0117122  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 297 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  36.84 
 
 		 298 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1307  cytochrome c class I  38.18 
 
 		 174 aa  63.5  0.0000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0125  cytochrome c-type protein  34.44 
 
 		 100 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0350268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  45.83 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0142  cytochrome c5-like protein  34.44 
 
 		 100 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  33.64 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  46.27 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  40.28 
 
 		 97 aa  62.4  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  30.99 
 
 		 302 aa  62  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3332  cytochrome c-type protein  37.21 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0208  cytochrome c, class I  35.05 
 
 		 180 aa  62  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  30.99 
 
 		 302 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0286  putative cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 111 aa  62  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.721199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0140  cytochrome c-type protein  33.33 
 
 		 100 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4130  cytochrome c class I  47.22 
 
 		 350 aa  61.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  29.37 
 
 		 298 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  37.04 
 
 		 382 aa  60.5  0.000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  38.1 
 
 		 537 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  38.1 
 
 		 537 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  41.67 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  28.87 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0095  cytochrome c family protein  36.11 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  56.14 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3542  putative cytochrome  38.17 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.510228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0156  cytochrome c5-like protein  34.62 
 
 		 96 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  51.47 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  39.08 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6290  putative cytochrome  38.03 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.594105  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  28.87 
 
 		 297 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72470  putative cytochrome  38.03 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.240625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  39.56 
 
 		 319 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0083  putative cytochrome c  48.33 
 
 		 184 aa  57  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  35.65 
 
 		 297 aa  57  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0054  cytochrome c-type protein  33.73 
 
 		 90 aa  57  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  33.9 
 
 		 167 aa  56.6  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  28.87 
 
 		 296 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  34.04 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  30.99 
 
 		 300 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0498  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0971  hypothetical protein  36.14 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  40.85 
 
 		 295 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  33.04 
 
 		 294 aa  53.9  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  40.85 
 
 		 295 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  40.85 
 
 		 295 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  30.28 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  30.28 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  30.28 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>