191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4130 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4130  cytochrome c class I  100 
 
 		 350 aa  695    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4127  hypothetical protein  51.08 
 
 		 199 aa  149  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.878957 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1082  hypothetical protein  39.5 
 
 		 266 aa  94.4  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15012e-18 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3996  hypothetical protein  36.15 
 
 		 256 aa  89.7  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000934888  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3997  hypothetical protein  35.29 
 
 		 265 aa  89  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000400018  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  41.51 
 
 		 112 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3254  hypothetical protein  37.29 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000163146  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  54.05 
 
 		 185 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  46.34 
 
 		 230 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  57.33 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  48.65 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  50 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  50 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  50 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  50 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  50 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  50 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  50 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  50 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  54.79 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2745  hypothetical protein  36.13 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1084  hypothetical protein  30.71 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.18348e-17 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  46.58 
 
 		 136 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  56.34 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  48.61 
 
 		 206 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  49.33 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  37.27 
 
 		 141 aa  74.7  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  49.33 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  52 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0917  cytochrome c-555  47.37 
 
 		 111 aa  72.8  0.000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  55.22 
 
 		 142 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69970  cytochrome c5  55.22 
 
 		 136 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2304  cytochrome c class I  45.12 
 
 		 107 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000896467  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  48 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  49.33 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  48 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  50.67 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  48 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  49.33 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  41.24 
 
 		 167 aa  70.9  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  50.67 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  41.98 
 
 		 137 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  43.68 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  45.83 
 
 		 147 aa  68.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  48.61 
 
 		 103 aa  68.6  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  35.09 
 
 		 116 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  53.25 
 
 		 294 aa  69.3  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2464  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 112 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.182087  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  43.9 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  40.23 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  45.83 
 
 		 148 aa  68.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  45.21 
 
 		 382 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  43.9 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2353  cytochrome c class I  39.51 
 
 		 101 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  41.89 
 
 		 135 aa  67.4  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  40.7 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  41.25 
 
 		 145 aa  67.8  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  45.57 
 
 		 294 aa  67  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  40.74 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  49.33 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  49.33 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0213  cytochrome c class I  46.05 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  43.14 
 
 		 97 aa  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47940  cytochrome c5 protein  52.24 
 
 		 134 aa  65.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2655  hypothetical protein  48.61 
 
 		 142 aa  65.5  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0152  cytochrome c-555  43.42 
 
 		 110 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110389  normal  0.576701 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2463  cytochrome c, class I  45 
 
 		 140 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.480155  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  44.44 
 
 		 99 aa  64.7  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  48.61 
 
 		 142 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  59.65 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0103  cytochrome c-555, membrane-bound  42.67 
 
 		 140 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0151549  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0315  cytochrome c class I  43.37 
 
 		 179 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  45.95 
 
 		 131 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0320  cytochrome c, class I  43.37 
 
 		 180 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.388168 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  45.45 
 
 		 161 aa  64.7  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  44.59 
 
 		 129 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0050  cytochrome c class I  39.51 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0246  cytochrome c  39.39 
 
 		 97 aa  64.3  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00117918  normal  0.0109237 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 99 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  42.67 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0083  putative cytochrome c  41.33 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4023  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 99 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000136046  hitchhiker  0.0000237935 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  37.5 
 
 		 99 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  43.84 
 
 		 137 aa  63.5  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  39.53 
 
 		 537 aa  63.5  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  39.53 
 
 		 537 aa  63.5  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0203  cytochrome c5  47.22 
 
 		 140 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.768078  hitchhiker  0.00155687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4983  cytochrome c, class I  43.59 
 
 		 183 aa  63.5  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5522  cytochrome c5  47.76 
 
 		 138 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0233  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 171 aa  63.2  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0215738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2352  cytochrome c class I  40 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  42.47 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0214  cytochrome c class I  42.31 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5319  cytochrome c5  47.22 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241325 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  40.28 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2303  cytochrome c class I  45.68 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165947  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  33.93 
 
 		 163 aa  62.4  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0213  hypothetical protein  43.06 
 
 		 173 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000412444  hitchhiker  0.00201322 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0249  cytochrome c5-like protein  47.22 
 
 		 136 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  36.46 
 
 		 99 aa  62.4  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>