170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1307 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1307  cytochrome c class I  100 
 
 		 174 aa  344  4e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466199 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0208  cytochrome c, class I  60.65 
 
 		 180 aa  189  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4983  cytochrome c, class I  58.9 
 
 		 183 aa  185  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0315  cytochrome c class I  57.23 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0320  cytochrome c, class I  57.23 
 
 		 180 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.388168 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3542  putative cytochrome  64.63 
 
 		 181 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.510228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  61.45 
 
 		 288 aa  175  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0498  cytochrome c class I  57.41 
 
 		 180 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  53.57 
 
 		 298 aa  165  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  53.57 
 
 		 297 aa  165  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  52.76 
 
 		 297 aa  161  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  58.43 
 
 		 293 aa  157  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  52.53 
 
 		 300 aa  155  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4834  cytochrome c class I  54.12 
 
 		 202 aa  155  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62683  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  51.81 
 
 		 294 aa  155  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  50.62 
 
 		 298 aa  154  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  56.36 
 
 		 299 aa  152  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  52.29 
 
 		 295 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  52.29 
 
 		 295 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  52.29 
 
 		 295 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  49.38 
 
 		 319 aa  149  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  51.63 
 
 		 302 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  50.98 
 
 		 302 aa  148  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  50.33 
 
 		 296 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  49.67 
 
 		 297 aa  142  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  51.19 
 
 		 294 aa  135  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  49.07 
 
 		 167 aa  134  6.0000000000000005e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  48.19 
 
 		 163 aa  134  9e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  51.92 
 
 		 299 aa  130  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  51.92 
 
 		 299 aa  130  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  51.92 
 
 		 299 aa  130  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  51.92 
 
 		 299 aa  130  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  51.92 
 
 		 299 aa  130  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  51.92 
 
 		 300 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  51.28 
 
 		 299 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  51.09 
 
 		 275 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  37.17 
 
 		 185 aa  104  6e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  46.36 
 
 		 148 aa  94.4  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  40.15 
 
 		 147 aa  90.1  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  43.81 
 
 		 223 aa  85.9  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  37.86 
 
 		 145 aa  83.6  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  42.45 
 
 		 137 aa  84  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  40.95 
 
 		 225 aa  82.4  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  48.75 
 
 		 266 aa  79  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  41.59 
 
 		 134 aa  79  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  32.19 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2655  hypothetical protein  31.51 
 
 		 142 aa  73.6  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  45.78 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  43.14 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  28.48 
 
 		 273 aa  72  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  49.32 
 
 		 103 aa  72  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  37.04 
 
 		 216 aa  71.2  0.000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  39.02 
 
 		 206 aa  70.9  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  36.3 
 
 		 137 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  44.83 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0840  putative cytochrome c5  40.91 
 
 		 157 aa  68.9  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.674138  normal  0.844917 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0917  cytochrome c-555  41.25 
 
 		 111 aa  68.6  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  43.59 
 
 		 112 aa  68.2  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4170  cytochrome c class I  49.33 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4058  cytochrome c class I  49.33 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  40.2 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  37.76 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0362  cytochrome c5-like protein  43.66 
 
 		 195 aa  66.2  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000104978  hitchhiker  0.00044408 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  40.4 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  36.36 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0213  cytochrome c class I  38.75 
 
 		 111 aa  64.7  0.0000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2000  cytochrome c, class I  41.33 
 
 		 192 aa  64.3  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0804521  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0214  cytochrome c class I  39.76 
 
 		 144 aa  64.3  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02091  lipoprotein  45.33 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  46.05 
 
 		 161 aa  63.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2304  cytochrome c class I  40.74 
 
 		 107 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000896467  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0152  cytochrome c-555  40 
 
 		 110 aa  63.5  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110389  normal  0.576701 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  45 
 
 		 159 aa  63.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2463  cytochrome c, class I  40.96 
 
 		 140 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.480155  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  45 
 
 		 159 aa  63.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0213  hypothetical protein  38.89 
 
 		 173 aa  63.5  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000412444  hitchhiker  0.00201322 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2352  cytochrome c class I  37.93 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0103  cytochrome c-555, membrane-bound  41.25 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0151549  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3197  cytochrome c, class I  46.15 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0233  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0215738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0249  cytochrome c5-like protein  38.18 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4918  putative cytochrome c family protein  43.75 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.840892  hitchhiker  0.00914524 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0083  putative cytochrome c  35 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  41.33 
 
 		 97 aa  61.6  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  36.61 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69970  cytochrome c5  36.61 
 
 		 136 aa  61.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3568  cytochrome c, class I  39.47 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.199847  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47940  cytochrome c5 protein  37.88 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  35.24 
 
 		 287 aa  60.8  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  38.16 
 
 		 97 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0180  cytochrome c, class I  38.67 
 
 		 97 aa  60.1  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.245077  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2303  cytochrome c class I  40.24 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165947  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  36.71 
 
 		 116 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2464  cytochrome c, class I  37.66 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.182087  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 97 aa  59.3  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  35.53 
 
 		 537 aa  58.9  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2118  cytochrome c class I  36.47 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000343097  normal  0.41454 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  35.53 
 
 		 537 aa  58.9  0.00000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  37.66 
 
 		 99 aa  58.2  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  37.66 
 
 		 99 aa  58.2  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>