More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3855 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  450  1e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  84.96 
 
 
226 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  85.4 
 
 
226 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  84.96 
 
 
226 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1675  two component heavy metal response transcriptional regulator  86.73 
 
 
226 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294903  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  79.91 
 
 
226 aa  363  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  79.02 
 
 
228 aa  361  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  76.13 
 
 
226 aa  333  1e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.07 
 
 
225 aa  331  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.07 
 
 
225 aa  331  5e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  71.62 
 
 
225 aa  331  5e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.07 
 
 
225 aa  331  5e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  75.23 
 
 
226 aa  328  3e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  70.72 
 
 
225 aa  326  2e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  72.97 
 
 
228 aa  325  4e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.42 
 
 
225 aa  324  7e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  72 
 
 
227 aa  323  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  69.91 
 
 
228 aa  322  4e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  69.91 
 
 
228 aa  322  4e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  70.27 
 
 
228 aa  321  5e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  71.62 
 
 
228 aa  321  5e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  2.22676e-06 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  70.8 
 
 
228 aa  321  6e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  73.45 
 
 
242 aa  321  7e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  70.85 
 
 
228 aa  319  2e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  69.64 
 
 
223 aa  317  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2234  two component heavy metal response transcriptional regulator  71.62 
 
 
225 aa  315  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.162422  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  76.13 
 
 
226 aa  315  4e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  72.07 
 
 
227 aa  314  7e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2725  two component heavy metal response transcriptional regulator  71.62 
 
 
227 aa  312  2e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  69.03 
 
 
232 aa  313  2e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  72.97 
 
 
227 aa  311  4e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  68.14 
 
 
230 aa  310  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  68.47 
 
 
227 aa  305  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  68.95 
 
 
219 aa  305  4e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00315  probable two component response regulator transcription regulator protein  67.58 
 
 
227 aa  303  1e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15530  heavy metal response regulator, two-component  74.11 
 
 
227 aa  303  1e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5672  DNA-binding response regulator  71.24 
 
 
228 aa  302  3e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  66.67 
 
 
227 aa  300  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  66.67 
 
 
227 aa  300  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  66.67 
 
 
227 aa  300  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  66.67 
 
 
227 aa  300  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  66.67 
 
 
227 aa  300  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  66.22 
 
 
227 aa  298  4e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  66.22 
 
 
227 aa  298  4e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  66.22 
 
 
227 aa  298  4e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2490  heavy metal response regulator  70.27 
 
 
228 aa  298  5e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.289616  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  63.96 
 
 
226 aa  298  5e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6111  regulator protein CopR  69.47 
 
 
228 aa  295  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110686  normal  0.158568 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1742  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  71.17 
 
 
228 aa  295  5e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  63.06 
 
 
226 aa  293  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.52174e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  63.06 
 
 
226 aa  293  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1948  response regulator receiver domain-containing protein  64.86 
 
 
226 aa  293  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  65.33 
 
 
229 aa  291  8e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  65.33 
 
 
229 aa  291  8e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1028  DNA-binding response regulator IrlR  65.33 
 
 
229 aa  291  8e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0282692  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  65.33 
 
 
229 aa  291  8e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  65.33 
 
 
229 aa  291  8e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0402  transcriptional activator IrlR  65.33 
 
 
229 aa  291  8e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0800763  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1524  transcriptional activator protein IrlR  65.33 
 
 
229 aa  291  8e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1510  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  64.89 
 
 
227 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.89 
 
 
228 aa  288  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.89 
 
 
228 aa  288  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.89 
 
 
227 aa  288  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.89 
 
 
227 aa  288  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.89 
 
 
228 aa  288  6e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2960  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.89 
 
 
227 aa  287  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.88 
 
 
225 aa  286  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.88 
 
 
225 aa  286  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.88 
 
 
225 aa  286  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  64.44 
 
 
229 aa  286  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1751  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.5 
 
 
224 aa  285  3e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0784096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  64.16 
 
 
226 aa  285  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3412  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.67 
 
 
226 aa  284  1e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  63.11 
 
 
225 aa  282  3e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1103  DNA-binding response regulator IrlR  61.95 
 
 
230 aa  282  4e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0630149  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2716  DNA-binding heavy metal response regulator  61.95 
 
 
230 aa  282  4e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.558922  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2869  transcriptional activator protein IrlR  61.95 
 
 
230 aa  282  4e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.354021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  62.83 
 
 
225 aa  282  4e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  63.23 
 
 
225 aa  282  4e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  60 
 
 
224 aa  281  5e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  59.56 
 
 
238 aa  281  5e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  62.22 
 
 
224 aa  281  5e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.95 
 
 
224 aa  281  6e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.78 
 
 
225 aa  281  6e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4389  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  63.72 
 
 
226 aa  281  8e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.71 
 
 
223 aa  280  2e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.67 
 
 
225 aa  279  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0376  DNA-binding response regulator IrlR  61.06 
 
 
230 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.083776  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0202  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.61 
 
 
226 aa  277  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3615  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  58.67 
 
 
224 aa  276  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  61.88 
 
 
225 aa  276  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  59.38 
 
 
223 aa  275  4e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  61.43 
 
 
229 aa  275  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  57.14 
 
 
230 aa  275  6e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  58.67 
 
 
226 aa  274  7e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  59.01 
 
 
225 aa  273  1e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  62.01 
 
 
232 aa  272  2e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0102  two component heavy metal response transcriptional regulator  60.44 
 
 
223 aa  272  4e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.753235  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  59.01 
 
 
225 aa  270  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  2.69255e-05  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  57.78 
 
 
223 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>