63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3083 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3083  putative outer membrane protein  100 
 
 		 203 aa  413  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.186031 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0849  putative outer membrane protein  32.85 
 
 		 199 aa  102  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1699  hypothetical protein  30.92 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.013391  normal  0.0555253 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2139  hypothetical protein  29.44 
 
 		 197 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.811527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  29.96 
 
 		 255 aa  75.1  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1376  putative outer membrane protein  32.1 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.19273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2718  outer membrane protein  32.1 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.700569  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  35.21 
 
 		 204 aa  71.6  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  35.68 
 
 		 205 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1908  hypothetical protein  31.19 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.807781  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1955  outer membrane protein, putative  31.14 
 
 		 207 aa  68.2  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.077824  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3182  outer membrane protein, putative  31.08 
 
 		 196 aa  65.5  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298877  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  28.29 
 
 		 261 aa  64.7  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  29.59 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  32.24 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  30.12 
 
 		 240 aa  62  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0284  putative outer membrane protein  28.93 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  30.12 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1247  hypothetical protein  29.61 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  29.83 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1284  hypothetical protein  29.61 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.40204  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  29.56 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  30.73 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0345  hypothetical protein  30.95 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  29.56 
 
 		 228 aa  54.7  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  27.83 
 
 		 254 aa  53.5  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  28.57 
 
 		 229 aa  52  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  27.27 
 
 		 258 aa  51.6  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  28.85 
 
 		 710 aa  51.2  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  32.31 
 
 		 206 aa  50.1  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  29.34 
 
 		 228 aa  49.7  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  24.38 
 
 		 232 aa  49.3  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1434  porin  30.28 
 
 		 215 aa  49.7  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  27.85 
 
 		 693 aa  49.7  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  26.47 
 
 		 692 aa  48.5  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  28.37 
 
 		 236 aa  48.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  31.48 
 
 		 680 aa  48.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0429  putative 31 kDa outer-membrane immunogenic protein precursor  30.68 
 
 		 219 aa  47.8  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  24.57 
 
 		 237 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  31.01 
 
 		 207 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2464  hypothetical protein  24.41 
 
 		 239 aa  46.6  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.541836  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.78 
 
 		 207 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.54 
 
 		 206 aa  45.8  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  30.97 
 
 		 212 aa  46.2  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  26.73 
 
 		 255 aa  45.8  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  33.08 
 
 		 206 aa  45.1  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  27.4 
 
 		 230 aa  45.1  0.0008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  27.4 
 
 		 230 aa  45.1  0.0008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  28.02 
 
 		 244 aa  44.7  0.0009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2978  outer membrane protein, putative  26.85 
 
 		 188 aa  44.7  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0242323  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  26.22 
 
 		 248 aa  44.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  26.27 
 
 		 237 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  27.71 
 
 		 239 aa  44.7  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  30.77 
 
 		 207 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3155  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  27.13 
 
 		 246 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  29.14 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  27.9 
 
 		 254 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  30.19 
 
 		 237 aa  42  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  22.84 
 
 		 237 aa  42  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4978  hypothetical protein  27.66 
 
 		 416 aa  42  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.156793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  29.38 
 
 		 234 aa  41.6  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  25.79 
 
 		 213 aa  41.6  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  24.7 
 
 		 250 aa  41.6  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>