More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0689 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
409 aa  780    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.8 
 
 
430 aa  248  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  48.3 
 
 
412 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.93 
 
 
412 aa  245  9e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.31 
 
 
417 aa  242  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.16 
 
 
422 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.42 
 
 
412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.4 
 
 
443 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.13 
 
 
434 aa  158  1e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  45.31 
 
 
346 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  26.15 
 
 
433 aa  151  2e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.8 
 
 
345 aa  146  6e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  30.14 
 
 
431 aa  145  1e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  41.58 
 
 
371 aa  145  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  35.52 
 
 
454 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.41 
 
 
342 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.98 
 
 
368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.12 
 
 
342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.71 
 
 
347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.4 
 
 
491 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.84 
 
 
450 aa  127  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.34 
 
 
346 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.72 
 
 
326 aa  124  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  41.2 
 
 
358 aa  123  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.79 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.78 
 
 
453 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.28 
 
 
345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.86 
 
 
492 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.7 
 
 
347 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.44 
 
 
446 aa  117  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.93 
 
 
377 aa  112  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.93 
 
 
346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.18 
 
 
321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.29 
 
 
524 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.78 
 
 
339 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  45.33 
 
 
284 aa  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.24 
 
 
344 aa  106  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.96 
 
 
335 aa  106  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.53 
 
 
509 aa  106  9e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  42.25 
 
 
462 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.81 
 
 
456 aa  103  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.09 
 
 
335 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.44 
 
 
320 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.91 
 
 
326 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  37.64 
 
 
448 aa  100  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.59 
 
 
448 aa  100  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.61 
 
 
325 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2323  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.48 
 
 
347 aa  99  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.368291  hitchhiker  0.0000894002 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.27 
 
 
487 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.58 
 
 
349 aa  98.2  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.1 
 
 
521 aa  97.4  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.25 
 
 
440 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.77 
 
 
308 aa  97.1  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.46 
 
 
462 aa  96.7  7e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4424  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.33 
 
 
455 aa  95.9  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.26 
 
 
400 aa  95.5  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.43 
 
 
459 aa  95.1  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.94 
 
 
436 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  36.63 
 
 
445 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.1 
 
 
334 aa  94.7  3e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.16 
 
 
480 aa  94  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.33 
 
 
442 aa  94  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.3 
 
 
472 aa  94.4  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.12 
 
 
451 aa  94.4  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  35.83 
 
 
442 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  38.39 
 
 
462 aa  93.6  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.28 
 
 
435 aa  93.2  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0255  PP-loop family protein  31.91 
 
 
330 aa  92.4  1e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.765354  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.86 
 
 
388 aa  92.4  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
464 aa  92  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
471 aa  91.7  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3449  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.05 
 
 
325 aa  92  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.41 
 
 
449 aa  91.7  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.41 
 
 
449 aa  92  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2890  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.92 
 
 
328 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  0.0327552 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.51 
 
 
464 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.67 
 
 
334 aa  91.3  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.51 
 
 
464 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.11 
 
 
468 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.51 
 
 
423 aa  91.3  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  36.23 
 
 
434 aa  91.3  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.11 
 
 
473 aa  90.9  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35710  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.6 
 
 
324 aa  90.9  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.165906  normal  0.743005 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  37.97 
 
 
471 aa  90.5  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.23 
 
 
426 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.77 
 
 
472 aa  90.1  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.3 
 
 
473 aa  89.7  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.88 
 
 
442 aa  89.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  26.54 
 
 
476 aa  89.4  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  32.97 
 
 
431 aa  89  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.86 
 
 
338 aa  89.4  1e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
429 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.54 
 
 
476 aa  89.4  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.27 
 
 
427 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  32.97 
 
 
431 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  46.67 
 
 
337 aa  88.6  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.97 
 
 
427 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.64 
 
 
450 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.79 
 
 
476 aa  88.6  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0149  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.71 
 
 
376 aa  88.6  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>