168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0261 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0261  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  100 
 
 		 264 aa  538  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4115  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  65.91 
 
 		 530 aa  355  5e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5102  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  64.77 
 
 		 301 aa  344  8.999999999999999e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3758  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  62.06 
 
 		 275 aa  329  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98981  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4452  DNA adenine methyltransferase  59.7 
 
 		 296 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2376  DNA adenine methyltransferase  60.38 
 
 		 285 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00648987  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2646  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  54.92 
 
 		 297 aa  290  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5496  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  53.96 
 
 		 286 aa  285  7e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2199  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  54.95 
 
 		 288 aa  281  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608262 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4704  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  52.42 
 
 		 286 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0118751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3755  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  48.31 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2747  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  48.46 
 
 		 303 aa  245  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.356078 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1897  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  47.69 
 
 		 294 aa  226  4e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.743533 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2173  DNA adenine methyltransferase  46.4 
 
 		 232 aa  191  8e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.134955 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1163  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  40.15 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0743  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  39.31 
 
 		 291 aa  165  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0512045  hitchhiker  0.00111999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  36.64 
 
 		 673 aa  159  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5555  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  39.54 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000602778 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3043  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  41.38 
 
 		 273 aa  149  6e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0103783  normal  0.290519 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0677  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  39.21 
 
 		 271 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1279  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.97 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.230898  hitchhiker  0.0056893 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0139  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.97 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1568  methyltransferase, putative  35.97 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3349  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.45 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0465  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.19 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.821976  normal  0.340502 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3649  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.47 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3396  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.56 
 
 		 263 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0177  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.47 
 
 		 263 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.044334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1401  DNA adenine methylase  34.38 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.990942  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0220  DNA adenine methylase  30 
 
 		 271 aa  98.2  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2979  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.11 
 
 		 254 aa  96.7  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2112  DNA adenine methylase  29.96 
 
 		 253 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000292224  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2158  DNA adenine methylase  29.96 
 
 		 253 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000173496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0463  putative N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  31.19 
 
 		 263 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0834  DNA adenine methylase  31.68 
 
 		 251 aa  93.6  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000010943  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0690  type II DNA modification methyltransferase, putative  30.42 
 
 		 253 aa  91.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1627  putative N-6 adenine-specific DNA methylase  30.68 
 
 		 268 aa  90.1  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3376  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.06 
 
 		 268 aa  90.1  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.684699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3728  DNA adenine methylase  28.21 
 
 		 274 aa  89.7  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2052  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  30.68 
 
 		 268 aa  89  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0637864  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3769  adenine-specific DNA methyltransferase  30.3 
 
 		 268 aa  89  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.307242  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3635  putative adenine-specific DNA methyltransferase  30.68 
 
 		 268 aa  88.6  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0650243  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1923  DNA adenine methylase  29.39 
 
 		 323 aa  87.4  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595545  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1638  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.42 
 
 		 264 aa  87.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1697  hypothetical protein  29.15 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1068  DNA adenine methylase  29.15 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.859034  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3004  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.62 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0051  putative modification methylase dpniia  28 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0481115  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2898  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.83 
 
 		 263 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160115 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.83 
 
 		 263 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  hitchhiker  0.00000213835 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2682  DNA adenine methylase  28.83 
 
 		 263 aa  84  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1850  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.38 
 
 		 262 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000906575  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3388  DNA adenine methylase, putative  28.7 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.352485  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3360  adenine specific DNA methyltransferase, D12 class  34.39 
 
 		 262 aa  82  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0181  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.57 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0647  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.39 
 
 		 704 aa  79  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4275  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.96 
 
 		 274 aa  78.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.020773  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0836  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.77 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1221  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.84 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0898175  hitchhiker  0.0000277159 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1475  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.76 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4258  phage DNA methylase  48.28 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0105966 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2787  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.51 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113292  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4254  DNA adenine methylase  25.98 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556419 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4215  DNA adenine methylase  25.98 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6518  phage DNA methylase  38.05 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3991  DNA adenine methylase  28.77 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.075904  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2656  DNA adenine methylase  26.46 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.119155  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1281  DNA adenine methylase  26.74 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329872  normal  0.126066 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2663  DNA adenine methylase  25.93 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00294021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1090  DNA adenine methylase  22.18 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4006  DNA adenine methylase  29.59 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.081668 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1822  DNA adenine methylase  28 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4929  DNA adenine methylase  24.36 
 
 		 275 aa  59.3  0.00000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.307357  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3140  DNA adenine methylase  27.92 
 
 		 638 aa  58.9  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3837  DNA adenine methylase  27.35 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2016  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.5 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.469174 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3363  DNA adenine methylase  29.65 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.757208  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3085  Site-specific DNA methylase protein  35.53 
 
 		 251 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2739  DNA adenine methylase  29.65 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3839  DNA adenine methylase  26.59 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.236937  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0241  DNA adenine methylase  29.46 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.808773  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2470  DNA adenine methylase  29.35 
 
 		 280 aa  55.5  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1835  DNA adenine methylase  26.32 
 
 		 302 aa  54.7  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1989  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.5 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0166  DNA adenine methylase  23.08 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1513  DNA adenine methylase  24.59 
 
 		 313 aa  54.3  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000971855  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0343  DNA adenine methylase  24.74 
 
 		 279 aa  53.9  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0660  prophage PSPPH06, putative adenine modification methytransferase  29.79 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3351  DNA adenine methylase  25.63 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0663  DNA adenine methylase  24.78 
 
 		 277 aa  53.9  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3800  DNA adenine methylase  24.02 
 
 		 288 aa  53.9  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.669504  normal  0.175069 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0179  DNA adenine methylase  26.48 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000431718  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4602  DNA adenine methylase  25.12 
 
 		 270 aa  52.8  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0997785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4262  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  24.21 
 
 		 279 aa  52.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0349455 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0326  DNA adenine methylase  25.26 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0344  DNA adenine methylase  26.84 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2150  DNA adenine methylase  21.77 
 
 		 307 aa  52  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.184116  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3583  DNA adenine methylase  25.26 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0033886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3857  DNA adenine methylase  25.26 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00206502  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0326  DNA adenine methylase  25.26 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.168189  normal  0.120721 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>