200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2052 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2052  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  100 
 
 
268 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0637864  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3635  putative adenine-specific DNA methyltransferase  97.01 
 
 
268 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0650243  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3376  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  97.76 
 
 
268 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.684699  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3769  adenine-specific DNA methyltransferase  94.03 
 
 
268 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.307242  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1627  putative N-6 adenine-specific DNA methylase  93.28 
 
 
268 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3360  adenine specific DNA methyltransferase, D12 class  59.22 
 
 
262 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3004  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  58.8 
 
 
321 aa  293  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1401  DNA adenine methylase  43.7 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.990942  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1923  DNA adenine methylase  44.14 
 
 
323 aa  207  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595545  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1697  hypothetical protein  44.09 
 
 
262 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1068  DNA adenine methylase  43.7 
 
 
262 aa  205  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.859034  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0463  putative N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  42.31 
 
 
263 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2979  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  42.19 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1638  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  42.21 
 
 
264 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1850  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  42.21 
 
 
262 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000906575  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0690  type II DNA modification methyltransferase, putative  41.02 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2682  DNA adenine methylase  39.69 
 
 
263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3085  Site-specific DNA methylase protein  52.15 
 
 
251 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2158  DNA adenine methylase  41.18 
 
 
253 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000173496  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0181  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  38.67 
 
 
251 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0177  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  41.15 
 
 
263 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.044334 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2112  DNA adenine methylase  40.78 
 
 
253 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000292224  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2898  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  41.7 
 
 
263 aa  192  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.160115 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  41.7 
 
 
263 aa  192  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  hitchhiker  0.00000213835 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3728  DNA adenine methylase  40.77 
 
 
274 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1221  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  38.37 
 
 
265 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0898175  hitchhiker  0.0000277159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3388  DNA adenine methylase, putative  37.08 
 
 
264 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.352485  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0660  prophage PSPPH06, putative adenine modification methytransferase  39.71 
 
 
225 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3649  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.54 
 
 
291 aa  142  8e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0051  putative modification methylase dpniia  33.86 
 
 
259 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0481115  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0834  DNA adenine methylase  35.04 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000010943  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0220  DNA adenine methylase  34.88 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3396  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.92 
 
 
263 aa  122  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181939  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1475  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.24 
 
 
310 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2787  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.97 
 
 
305 aa  105  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113292  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0139  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  36.56 
 
 
296 aa  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3758  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.53 
 
 
275 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98981  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1279  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  36.56 
 
 
296 aa  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.230898  hitchhiker  0.0056893 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2747  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.17 
 
 
303 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.356078 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4407  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.77 
 
 
283 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.167881 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1568  methyltransferase, putative  36.08 
 
 
296 aa  103  4e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4452  DNA adenine methyltransferase  31.37 
 
 
296 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0670  DNA adenine methylase  35.67 
 
 
163 aa  96.7  4e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0429675  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0261  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.06 
 
 
264 aa  95.5  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205482  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2376  DNA adenine methyltransferase  30.8 
 
 
285 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00648987  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0465  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.74 
 
 
284 aa  92  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.821976  normal  0.340502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2646  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.43 
 
 
297 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.12 
 
 
673 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0647  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.17 
 
 
704 aa  90.1  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0179  DNA adenine methylase  26.69 
 
 
278 aa  89.4  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000431718  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1822  DNA adenine methylase  28.36 
 
 
273 aa  89  8e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2199  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.67 
 
 
288 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608262 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4115  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.8 
 
 
530 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4929  DNA adenine methylase  24.62 
 
 
275 aa  85.9  7e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.307357  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2470  DNA adenine methylase  27.55 
 
 
280 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5102  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.81 
 
 
301 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0836  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.05 
 
 
348 aa  84  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1989  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.52 
 
 
306 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3349  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.8 
 
 
284 aa  83.2  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1281  DNA adenine methylase  28.73 
 
 
288 aa  82.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329872  normal  0.126066 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2134  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.17 
 
 
289 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0629434  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1163  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.67 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0384  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.21 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.558909  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1093  DNA adenine methylase  31.83 
 
 
286 aa  79.7  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118835  hitchhiker  0.000226621 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2016  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.95 
 
 
306 aa  79.3  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.469174 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3043  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.3 
 
 
287 aa  79.7  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  0.895873 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4704  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.83 
 
 
286 aa  79.3  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0118751  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4215  DNA adenine methylase  27.2 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4254  DNA adenine methylase  27.2 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000556419 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3991  DNA adenine methylase  26.48 
 
 
280 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.075904  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3790  DNA adenine methylase  28.72 
 
 
278 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0828962  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1737  DNA adenine methylase  27.8 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00929025  normal  0.808648 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3852  DNA adenine methylase  28.72 
 
 
278 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.178341  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3681  DNA adenine methylase  28.72 
 
 
278 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3756  DNA adenine methylase  28.72 
 
 
278 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3683  DNA adenine methylase  28.72 
 
 
278 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00514879  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3837  DNA adenine methylase  24.01 
 
 
279 aa  75.9  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0663  DNA adenine methylase  29.41 
 
 
277 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04430  DNA adenine methylase  23.49 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2739  DNA adenine methylase  25.35 
 
 
279 aa  75.5  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3363  DNA adenine methylase  25.35 
 
 
279 aa  75.5  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.757208  normal  0.908618 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03239  DNA adenine methylase  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0326  DNA adenine methylase  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2663  DNA adenine methylase  26.29 
 
 
277 aa  75.1  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00294021  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3663  DNA adenine methylase  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.208265  normal  0.0250573 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3764  DNA adenine methylase  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0637881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0326  DNA adenine methylase  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.168189  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4691  DNA adenine methylase  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.368907  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03191  hypothetical protein  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.277924  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3583  DNA adenine methylase  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0033886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3857  DNA adenine methylase  29.56 
 
 
278 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00206502  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0151  DNA adenine methylase  26.85 
 
 
306 aa  75.1  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.851887  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3347  DNA adenine methylase  29.24 
 
 
303 aa  74.3  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.873533  normal  0.758382 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2028  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  24.64 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1749  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  24.81 
 
 
280 aa  74.3  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0183349  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3140  DNA adenine methylase  24.53 
 
 
638 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3755  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.51 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3351  DNA adenine methylase  27.04 
 
 
274 aa  72.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28151  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0847  DNA adenine methylase  27.31 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4006  DNA adenine methylase  28.02 
 
 
279 aa  72.4  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.081668 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>