186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3360 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3360  adenine specific DNA methyltransferase, D12 class  100 
 
 
262 aa  532  1e-150  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3004  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  94.78 
 
 
321 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3635  putative adenine-specific DNA methyltransferase  60 
 
 
268 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0650243  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2052  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  59.22 
 
 
268 aa  280  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0637864  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3769  adenine-specific DNA methyltransferase  58.43 
 
 
268 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.307242  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3376  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  58.82 
 
 
268 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.684699  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1627  putative N-6 adenine-specific DNA methylase  58.04 
 
 
268 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2979  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  44.92 
 
 
254 aa  226  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0690  type II DNA modification methyltransferase, putative  42.97 
 
 
253 aa  218  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2158  DNA adenine methylase  42.8 
 
 
253 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000173496  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3085  Site-specific DNA methylase protein  54.4 
 
 
251 aa  217  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2112  DNA adenine methylase  42.41 
 
 
253 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000292224  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1923  DNA adenine methylase  44.75 
 
 
323 aa  215  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595545  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1697  hypothetical protein  44.36 
 
 
262 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1068  DNA adenine methylase  43.97 
 
 
262 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.859034  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3728  DNA adenine methylase  41.92 
 
 
274 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1401  DNA adenine methylase  42.64 
 
 
253 aa  208  6e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.990942  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0463  putative N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  43.02 
 
 
263 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2898  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  42.59 
 
 
263 aa  205  6e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.160115 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  42.59 
 
 
263 aa  205  6e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  hitchhiker  0.00000213835 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1850  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  43.41 
 
 
262 aa  204  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000906575  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0181  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  40.31 
 
 
251 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1638  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  42.69 
 
 
264 aa  198  9e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2682  DNA adenine methylase  39.3 
 
 
263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0177  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  41.09 
 
 
263 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.044334 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3388  DNA adenine methylase, putative  38.78 
 
 
264 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.352485  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1221  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  39.3 
 
 
265 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0898175  hitchhiker  0.0000277159 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3649  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.72 
 
 
291 aa  161  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0660  prophage PSPPH06, putative adenine modification methytransferase  41.18 
 
 
225 aa  160  2e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0834  DNA adenine methylase  33.98 
 
 
251 aa  143  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000010943  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0051  putative modification methylase dpniia  32.03 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0481115  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0220  DNA adenine methylase  32.69 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3396  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.08 
 
 
263 aa  110  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181939  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0465  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.48 
 
 
284 aa  97.8  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.821976  normal  0.340502 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1475  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.27 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1568  methyltransferase, putative  36.07 
 
 
296 aa  95.1  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0139  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.52 
 
 
296 aa  94.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1279  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.52 
 
 
296 aa  94.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.230898  hitchhiker  0.0056893 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0670  DNA adenine methylase  29.88 
 
 
163 aa  90.9  2e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0429675  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1989  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.89 
 
 
306 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0647  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.16 
 
 
704 aa  89.4  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2016  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.89 
 
 
306 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.469174 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4407  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.77 
 
 
283 aa  86.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.167881 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2028  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.89 
 
 
292 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2787  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  24.91 
 
 
305 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113292  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4452  DNA adenine methyltransferase  36.41 
 
 
296 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0261  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.39 
 
 
264 aa  82  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205482  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0384  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.54 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.558909  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.21 
 
 
673 aa  79.7  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5102  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.43 
 
 
301 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2470  DNA adenine methylase  25.82 
 
 
280 aa  77  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4006  DNA adenine methylase  24.36 
 
 
279 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.081668 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2376  DNA adenine methyltransferase  33.16 
 
 
285 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00648987  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2747  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.04 
 
 
303 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.356078 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3991  DNA adenine methylase  25.99 
 
 
280 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.075904  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3043  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.92 
 
 
287 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  0.895873 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1281  DNA adenine methylase  24.72 
 
 
288 aa  75.9  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329872  normal  0.126066 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4115  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.87 
 
 
530 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1163  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.62 
 
 
277 aa  74.7  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0179  DNA adenine methylase  24.36 
 
 
278 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000431718  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1264  hypothetical protein  70.21 
 
 
274 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3140  DNA adenine methylase  26.19 
 
 
638 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4929  DNA adenine methylase  25.74 
 
 
275 aa  72.8  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.307357  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3758  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.91 
 
 
275 aa  72.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98981  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0344  DNA adenine methylase  32 
 
 
277 aa  72.4  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3349  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.84 
 
 
284 aa  72.8  0.000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04430  DNA adenine methylase  24.32 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3837  DNA adenine methylase  26.3 
 
 
279 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0836  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.34 
 
 
348 aa  72  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2134  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.77 
 
 
289 aa  71.6  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0629434  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0677  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.63 
 
 
271 aa  70.1  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4215  DNA adenine methylase  25.98 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4254  DNA adenine methylase  25.98 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000556419 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2739  DNA adenine methylase  24.26 
 
 
279 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3363  DNA adenine methylase  24.26 
 
 
279 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.757208  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1822  DNA adenine methylase  27.34 
 
 
273 aa  68.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2199  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.97 
 
 
288 aa  68.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608262 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1749  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  24.33 
 
 
280 aa  67.8  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0183349  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1737  DNA adenine methylase  26.42 
 
 
270 aa  67.4  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00929025  normal  0.808648 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5496  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.28 
 
 
286 aa  67  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1835  DNA adenine methylase  26.12 
 
 
302 aa  66.6  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2150  DNA adenine methylase  26.99 
 
 
307 aa  65.9  0.0000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.184116  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4704  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.85 
 
 
286 aa  65.5  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0118751  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2636  DNA adenine methylase  27.41 
 
 
280 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0410463  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1499  DNA adenine methylase  25.18 
 
 
280 aa  63.5  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.142483 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1477  DNA adenine methylase  25.77 
 
 
283 aa  63.2  0.000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1897  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.27 
 
 
294 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.743533 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1464  DNA adenine methylase  27.39 
 
 
266 aa  62  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000122278  normal  0.830812 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5555  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.1 
 
 
304 aa  61.6  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000602778 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2646  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.77 
 
 
297 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0837  N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.58 
 
 
354 aa  61.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1093  DNA adenine methylase  28.41 
 
 
286 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118835  hitchhiker  0.000226621 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3347  DNA adenine methylase  24.72 
 
 
303 aa  60.1  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.873533  normal  0.758382 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2663  DNA adenine methylase  22.26 
 
 
277 aa  60.1  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00294021  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3755  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.83 
 
 
307 aa  60.1  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0151  DNA adenine methylase  23.29 
 
 
306 aa  60.1  0.00000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.851887  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0743  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.84 
 
 
291 aa  58.9  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0512045  hitchhiker  0.00111999 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3545  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  22.36 
 
 
280 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164224  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1787  hypothetical protein  37.37 
 
 
93 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3043  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.97 
 
 
273 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0103783  normal  0.290519 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>