79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3085 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3085  Site-specific DNA methylase protein  100 
 
 		 251 aa  517  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3360  adenine specific DNA methyltransferase, D12 class  54.4 
 
 		 262 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3004  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  55.19 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2052  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  52.15 
 
 		 268 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0637864  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3635  putative adenine-specific DNA methyltransferase  53.23 
 
 		 268 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0650243  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3376  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  52.69 
 
 		 268 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.684699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3769  adenine-specific DNA methyltransferase  51.61 
 
 		 268 aa  189  5e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.307242  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1627  putative N-6 adenine-specific DNA methylase  51.61 
 
 		 268 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2979  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  46.74 
 
 		 254 aa  160  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1923  DNA adenine methylase  47.25 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595545  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1697  hypothetical protein  46.7 
 
 		 262 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1068  DNA adenine methylase  46.7 
 
 		 262 aa  155  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.859034  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1850  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  45.41 
 
 		 262 aa  151  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000906575  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2898  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  44.62 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160115 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3728  DNA adenine methylase  42.47 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  44.62 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  hitchhiker  0.00000213835 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2112  DNA adenine methylase  41.08 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000292224  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2158  DNA adenine methylase  41.08 
 
 		 253 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000173496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0181  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  42.47 
 
 		 251 aa  146  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0463  putative N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  43.24 
 
 		 263 aa  144  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0690  type II DNA modification methyltransferase, putative  40.54 
 
 		 253 aa  144  9e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1638  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  41.4 
 
 		 264 aa  143  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0177  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  43.24 
 
 		 263 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.044334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1401  DNA adenine methylase  40.22 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.990942  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2682  DNA adenine methylase  39.25 
 
 		 263 aa  132  6e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1221  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  38.5 
 
 		 265 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0898175  hitchhiker  0.0000277159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3388  DNA adenine methylase, putative  37.97 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.352485  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0660  prophage PSPPH06, putative adenine modification methytransferase  37.63 
 
 		 225 aa  125  5e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3649  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.2 
 
 		 291 aa  113  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0051  putative modification methylase dpniia  32.29 
 
 		 259 aa  102  8e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0481115  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0834  DNA adenine methylase  34.43 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000010943  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0220  DNA adenine methylase  34.03 
 
 		 271 aa  89  7e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3396  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.76 
 
 		 263 aa  86.3  4e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0670  DNA adenine methylase  36.42 
 
 		 163 aa  82.4  0.000000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0429675  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1475  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.69 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2787  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.73 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113292  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1568  methyltransferase, putative  36.52 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0139  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.65 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1279  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.65 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.230898  hitchhiker  0.0056893 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0647  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  33.12 
 
 		 704 aa  62.4  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1989  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.37 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1246  hypothetical protein  50.79 
 
 		 87 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2016  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.37 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.469174 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1973  hypothetical protein  50.79 
 
 		 87 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2345  hypothetical protein  49.21 
 
 		 73 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4452  DNA adenine methyltransferase  33.33 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2500  hypothetical protein  49.21 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4407  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.27 
 
 		 283 aa  58.5  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.167881 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0836  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.38 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3349  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.97 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1822  DNA adenine methylase  29.19 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2028  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.03 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0261  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.29 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0465  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.95 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.821976  normal  0.340502 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2376  DNA adenine methyltransferase  34.44 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00648987  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2134  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.5 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0629434  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0384  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.23 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.558909  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1897  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.48 
 
 		 294 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.743533 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0837  N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.87 
 
 		 354 aa  52.4  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2747  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.72 
 
 		 303 aa  51.6  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.356078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3758  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.95 
 
 		 275 aa  52  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98981  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3043  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.74 
 
 		 287 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.106098  normal  0.895873 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1787  hypothetical protein  40.96 
 
 		 93 aa  50.4  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1749  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.51 
 
 		 280 aa  48.9  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0183349  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04430  DNA adenine methylase  26.32 
 
 		 306 aa  48.5  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3706  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  34.23 
 
 		 248 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1737  DNA adenine methylase  23.74 
 
 		 270 aa  47.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00929025  normal  0.808648 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3755  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.32 
 
 		 307 aa  47  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4704  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.38 
 
 		 286 aa  45.8  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0118751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4254  DNA adenine methylase  22.16 
 
 		 319 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556419 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4215  DNA adenine methylase  22.16 
 
 		 319 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  27.56 
 
 		 673 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3351  DNA adenine methylase  29.67 
 
 		 274 aa  43.9  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0743  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  31.72 
 
 		 291 aa  44.3  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0512045  hitchhiker  0.00111999 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3991  DNA adenine methylase  25.74 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.075904  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3299  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.54 
 
 		 280 aa  43.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1281  DNA adenine methylase  31.36 
 
 		 288 aa  43.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329872  normal  0.126066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7315  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  23.6 
 
 		 314 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.0000824248  hitchhiker  0.000000113371 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1163  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.21 
 
 		 277 aa  42.4  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>